215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_2488 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_2488  ribosome-binding factor A  100 
 
 
135 aa  268  2e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.266682  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3815  ribosome-binding factor A  70.45 
 
 
132 aa  188  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.104911  normal  0.0213018 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0613  ribosome-binding factor A  71.43 
 
 
136 aa  186  1e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.440259  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0481  ribosome-binding factor A  51.15 
 
 
137 aa  124  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.214856  normal  0.376721 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0439  ribosome-binding factor A  48.8 
 
 
137 aa  122  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0230  ribosome-binding factor A  49.6 
 
 
136 aa  120  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00202036  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1046  ribosome-binding factor A  49.57 
 
 
141 aa  118  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12886  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0601  ribosome-binding factor A  48.06 
 
 
135 aa  118  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2818  ribosome-binding factor A  49.22 
 
 
145 aa  116  9e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259467  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0058  ribosome-binding factor A  48.72 
 
 
138 aa  114  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.649534  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2696  ribosome-binding factor A  46.88 
 
 
145 aa  112  2e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.674256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2922  ribosome-binding factor A  46.88 
 
 
145 aa  112  2e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0301917  normal  0.0601013 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2610  ribosome-binding factor A  47.97 
 
 
139 aa  112  2e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4619  ribosome-binding factor A  50 
 
 
135 aa  110  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0032  ribosome-binding factor A  46.03 
 
 
137 aa  109  1e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0746  ribosome-binding factor A  48.8 
 
 
150 aa  108  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321784  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0025  ribosome-binding factor A  48.72 
 
 
146 aa  108  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.129398 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0292  ribosome-binding factor A  45.97 
 
 
151 aa  107  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.887654  normal  0.0167928 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3726  ribosome-binding factor A  46.88 
 
 
142 aa  105  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.879451  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3782  ribosome-binding factor A  46.77 
 
 
164 aa  105  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0911878  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2166  ribosome-binding factor A  48.31 
 
 
150 aa  104  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2294  ribosome-binding factor A  42.98 
 
 
155 aa  104  4e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.121706 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2078  ribosome-binding factor A  48.31 
 
 
197 aa  103  6e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0263191  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4066  ribosome-binding factor A  43.55 
 
 
134 aa  100  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4036  ribosome-binding factor A  40.3 
 
 
143 aa  99.8  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4386  ribosome-binding factor A  41.94 
 
 
134 aa  95.5  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.4784 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2799  ribosome-binding factor A  41.86 
 
 
138 aa  95.9  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285538  normal  0.747306 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0226  ribosome-binding factor A  44.17 
 
 
140 aa  95.1  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.435446  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0170  ribosome-binding factor A  40.98 
 
 
137 aa  93.6  9e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0610976  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3442  ribosome-binding factor A  39.26 
 
 
134 aa  92.4  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.728771  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3046  ribosome-binding factor A  39.86 
 
 
141 aa  90.9  5e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1255  ribosome-binding factor A  45.08 
 
 
148 aa  88.2  3e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3931  ribosome-binding factor A  41.38 
 
 
133 aa  87.4  6e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.627477  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2924  ribosome-binding factor A  37.21 
 
 
165 aa  87  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332986  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0086  ribosome-binding factor A  39.5 
 
 
131 aa  85.5  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.744834  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2071  ribosome-binding factor A  40.87 
 
 
145 aa  85.1  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.573719 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1106  ribosome-binding factor A  36.43 
 
 
140 aa  84.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2768  ribosome-binding factor A  35.66 
 
 
137 aa  82.8  2e-15  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3629  ribosome-binding factor A  40.98 
 
 
140 aa  82  3e-15  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.445652  normal  0.0497582 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3041  ribosome-binding factor A  38.21 
 
 
135 aa  80.5  7e-15  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.603703  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0038  ribosome-binding factor A  31.08 
 
 
164 aa  79.3  1e-14  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623045  normal  0.446494 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  41.07 
 
 
121 aa  66.6  1e-10  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 
127 aa  65.5  2e-10  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  38.1 
 
 
116 aa  65.9  2e-10  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  38.1 
 
 
116 aa  65.9  2e-10  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  38.26 
 
 
138 aa  65.1  3e-10  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  36.59 
 
 
131 aa  65.1  3e-10  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  1.45103e-05  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  38.52 
 
 
121 aa  64.7  4e-10  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  33.87 
 
 
122 aa  64.3  5e-10  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  37.39 
 
 
139 aa  64.3  5e-10  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  37.39 
 
 
138 aa  64.3  6e-10  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  32.41 
 
 
123 aa  63.9  8e-10  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  36.7 
 
 
118 aa  63.5  1e-09  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  3.6841e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  36.59 
 
 
119 aa  62.4  2e-09  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 
126 aa  62.4  2e-09  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  8.26248e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  36.59 
 
 
119 aa  62.4  2e-09  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  35.24 
 
 
119 aa  62  3e-09  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 
118 aa  62  3e-09  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 
118 aa  61.6  3e-09  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  35.77 
 
 
130 aa  61.6  3e-09  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 
118 aa  61.6  4e-09  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.32995e-63 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 
118 aa  61.6  4e-09  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 
118 aa  61.6  4e-09  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4876  ribosome-binding factor A  30.4 
 
 
127 aa  61.6  4e-09  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.26776 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 
118 aa  60.5  7e-09  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 
118 aa  60.5  7e-09  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  34.29 
 
 
119 aa  60.5  9e-09  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  34.29 
 
 
118 aa  60.1  1e-08  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 
118 aa  59.3  2e-08  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  28.32 
 
 
123 aa  59.3  2e-08  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 
118 aa  59.3  2e-08  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  29.25 
 
 
132 aa  59.3  2e-08  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  1.64371e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 
118 aa  59.3  2e-08  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0982  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 
118 aa  59.3  2e-08  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.385895  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_854  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 
118 aa  58.9  2e-08  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000358033  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1217  ribosome-binding factor A  31.86 
 
 
128 aa  58.5  3e-08  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1247  ribosome-binding factor A  31.86 
 
 
128 aa  58.5  3e-08  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0254008 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  34.58 
 
 
141 aa  57.8  4e-08  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  39.24 
 
 
119 aa  58.2  4e-08  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  29.31 
 
 
118 aa  57.4  6e-08  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  30.25 
 
 
133 aa  57  9e-08  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2815  ribosome-binding factor A  33.02 
 
 
122 aa  56.6  1e-07  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473664  hitchhiker  0.00211169 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 
122 aa  56.2  1e-07  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  5.70949e-12  hitchhiker  1.54001e-07 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  34.29 
 
 
119 aa  55.5  2e-07  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.52845e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0873  ribosome-binding factor A  33.03 
 
 
118 aa  55.1  4e-07  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.31797e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  28.46 
 
 
132 aa  55.1  4e-07  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01271  ribosome-binding factor A  27.42 
 
 
130 aa  55.1  4e-07  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1069  ribosome-binding factor A  30.83 
 
 
130 aa  54.7  4e-07  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  30.63 
 
 
116 aa  54.3  5e-07  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1413  ribosome-binding factor A  34.07 
 
 
122 aa  54.7  5e-07  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  33.87 
 
 
127 aa  54.3  6e-07  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  24.79 
 
 
119 aa  53.9  7e-07  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  28.7 
 
 
137 aa  53.5  9e-07  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1383  ribosome-binding factor A  28.15 
 
 
132 aa  53.1  1e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  29.63 
 
 
131 aa  53.1  1e-06  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  35 
 
 
125 aa  53.1  1e-06  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1423  ribosome-binding factor A  28.15 
 
 
132 aa  53.1  1e-06  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.02264 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  28.23 
 
 
134 aa  53.1  1e-06  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  28.57 
 
 
117 aa  53.1  1e-06  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  30.77 
 
 
147 aa  53.1  1e-06  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>