264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_R0001 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0008  tRNA-Gln  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.865665  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0029  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0035  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.446482  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0041  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0069  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476746  normal  0.206288 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0008  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.970868  normal  0.737558 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0064  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0022  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.598023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0515  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4346  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.850854  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0074  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.181678 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0007  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.791549  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t06  tRNA-Gln  93.06 
 
 		 72 bp  103  6e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0022  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.827155  normal  0.0599368 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0021  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0591367 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4327  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4559  tRNA-Gln  92 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA16  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0004  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.40819e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0016  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0168  tRNA-Gln  93.22 
 
 		 72 bp  85.7  0.000000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0049  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.296013  normal  0.0255901 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0010  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.277758  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0012  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12185  normal  0.483393 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0003  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0012  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0053  tRNA-Gln  94.44 
 
 		 72 bp  83.8  0.000000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000068806  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0016  tRNA-Gln  94.44 
 
 		 72 bp  83.8  0.000000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000000363551  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0037  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0225857  normal  0.764291 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0025  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0028  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0068  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0493446  normal  0.903824 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0058  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.429092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0016  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.160581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0008  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.629298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0073  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0767991 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0019  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0011  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.305007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0008  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0014  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6012  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0051  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0048  tRNA-Gln  90.32 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509197 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0008  tRNA-Gln  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.825941  normal  0.0317691 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  90.41 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0048  tRNA-Gln  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.807187  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0018  tRNA-Gln  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0025  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0037  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000269489  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0052  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0017  tRNA-Gln  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000220842  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0079  tRNA-Gln  89.71 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0032  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000308987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0236  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0012758  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1924  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00590264  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0047  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0019    86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.255939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0018  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000387356  hitchhiker  0.0000000187085 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0043  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.394082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1847  tRNA-Gln  94.12 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2765  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.114736  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0019  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349932  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0014  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.474255  normal  0.24378 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0067  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963096  normal  0.0255259 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t18  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0029  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0044  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.275376 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA19  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.488771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R46  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856686  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R75  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0688488  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0070  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.374652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0055  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0015  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365427  normal  0.400071 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0033  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5319  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.11036  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0029  tRNA-Gln  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0419  tRNA-Gln  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0333429  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60300  tRNA-Gln  86.96 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.18805  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60290  tRNA-Gln  86.96 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.184905  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t18  tRNA-Gln  86.96 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3091  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t54  tRNA-Gln  86.96 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0869713 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0003  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.402253 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0004  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.39756 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61760  tRNA-Gln  86.96 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.486139  hitchhiker  0.00483017 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0005  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.400107 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlnVIMSS1309367  tRNA-Gln  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>