248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3706 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3706  NupC family protein  100 
 
 		 422 aa  822    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4915  nucleoside transporter  83.89 
 
 		 422 aa  692    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.105963 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3851  nucleoside transporter  85.07 
 
 		 422 aa  720    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0616  putative sodium-dependent nucleoside transporter protein  61.12 
 
 		 427 aa  526  1e-148  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.552208  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0111  nucleoside transporter  60.33 
 
 		 420 aa  513  1e-144  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0659  nucleoside transporter  60.71 
 
 		 425 aa  498  1e-140  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.987509 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03378  hypothetical protein  60.51 
 
 		 427 aa  498  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002628  nucleoside permease NupC  60.71 
 
 		 427 aa  498  1e-140  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000361858  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1931  NupC family protein  60.19 
 
 		 418 aa  479  1e-134  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124283  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1023  nucleoside transporter  56.21 
 
 		 420 aa  476  1e-133  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000239256  n/a   
 
 
 
NC_009708  YpsIP31758_3499  NupC family nucleoside transporter  59.81 
 
 		 423 aa  468  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0832  NupC family nucleoside transporter  60.05 
 
 		 423 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3628  nucleoside transporter  59.81 
 
 		 423 aa  468  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1000  nucleoside transporter  55.5 
 
 		 420 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000184803  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3050  nucleoside transporter  57.75 
 
 		 419 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000162905  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0289  transport system permease  56.4 
 
 		 419 aa  456  1e-127  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1138  nucleoside transporter  57.68 
 
 		 419 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000131174  unclonable  0.00000000000578399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3232  nucleoside transporter  56.57 
 
 		 419 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000294256  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3368  nucleoside transporter  56.57 
 
 		 419 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000590778  hitchhiker  0.00789316 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2861  nucleoside transporter  56 
 
 		 417 aa  451  1.0000000000000001e-126  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2817  nucleoside transporter  54.69 
 
 		 419 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000683947  hitchhiker  0.0000493259 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2824  nucleoside transporter  57.04 
 
 		 419 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000097854  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1035  nucleoside transporter  56.81 
 
 		 419 aa  450  1e-125  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000565727  hitchhiker  0.000000000517288 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1100  nucleoside transporter  56.81 
 
 		 419 aa  449  1e-125  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000101153  unclonable  0.0000254337 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1039  Na+ dependent nucleoside transporter  56.81 
 
 		 419 aa  450  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000852943  unclonable  0.000000000104739 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3229  nucleoside transporter  56.57 
 
 		 419 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000798644  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0458  nucleoside transporter  57.51 
 
 		 425 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3551  nucleoside transporter  55.16 
 
 		 419 aa  443  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000301741  unclonable  0.0000000473709 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0556  nucleoside transporter  57.04 
 
 		 425 aa  439  9.999999999999999e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3380  nucleoside transporter  54.93 
 
 		 419 aa  435  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000393425  hitchhiker  0.00583621 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1214  NupC family protein  54.21 
 
 		 432 aa  436  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1503  nucleoside transporter  56.47 
 
 		 414 aa  435  1e-121  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.570754  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0971  nucleoside transporter  55.63 
 
 		 419 aa  436  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000546598  decreased coverage  0.000216747 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1973  NupC family nucleoside transporter  54.63 
 
 		 414 aa  432  1e-120  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.826575  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4420  nucleoside transporter  51.3 
 
 		 425 aa  433  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0740  concentrative nucleoside/H+ symporter  51.67 
 
 		 425 aa  431  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0887086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1587  sodium-dependent nucleoside transporter  50 
 
 		 406 aa  422  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0436928  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0109  nucleoside transporter  52.59 
 
 		 424 aa  423  1e-117  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1069  nucleoside transporter  52.59 
 
 		 424 aa  423  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000803  nucleoside permease NupC  50.36 
 
 		 402 aa  422  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000113486  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1270  nucleoside transporter  52.59 
 
 		 424 aa  423  1e-117  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2812  Na+ dependent nucleoside transporter family protein  52.59 
 
 		 424 aa  421  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0409  nucleoside transporter  51.65 
 
 		 426 aa  418  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00729  putative Na+ dependent nucleoside transporter  53.22 
 
 		 403 aa  421  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.103666  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2667  Na+ dependent nucleoside transporter family protein  52.36 
 
 		 566 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0472301  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0129  nucleoside transporter  52.36 
 
 		 424 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2501  nucleoside transport protein (nucleoside permease NupC)  49.53 
 
 		 404 aa  417  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6659  Na+ dependent nucleoside transporter  51.42 
 
 		 424 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0207815  normal  0.0527742 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3189  nucleoside transporter  48.58 
 
 		 402 aa  410  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.549787 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0634  Na+ dependent nucleoside transporter  51.89 
 
 		 408 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0532  nucleoside transporter  51.31 
 
 		 402 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1541  NupC family protein  50.83 
 
 		 405 aa  405  1.0000000000000001e-112  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0424261  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1487  putative NupC family protein (permease)  47.87 
 
 		 403 aa  404  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2763  nucleoside transporter  49.64 
 
 		 402 aa  404  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1098  NupC family protein  49.05 
 
 		 402 aa  404  1e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1717  nucleoside transporter  51.79 
 
 		 420 aa  395  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3405  Na+ dependent nucleoside transporter  48.44 
 
 		 415 aa  397  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01390  hypothetical protein  49.4 
 
 		 399 aa  394  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0998  Na+ dependent nucleoside transporter  48.81 
 
 		 402 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2675  Na+ dependent nucleoside transporter  49.05 
 
 		 401 aa  392  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0963  Na+ dependent nucleoside transporter  48.81 
 
 		 402 aa  391  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0983  Na+ dependent nucleoside transporter domain protein  48.81 
 
 		 402 aa  391  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3380  Na+ dependent nucleoside transporter  49.05 
 
 		 402 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0093  NupC family protein  47.28 
 
 		 406 aa  390  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1234  sodium-dependent nucleoside transport protein  49.16 
 
 		 401 aa  390  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.114582  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2308  NupC family nucleoside transporter  47.52 
 
 		 416 aa  382  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.903484  hitchhiker  0.000933793 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1592  Na+ dependent nucleoside transporter-like  50.47 
 
 		 424 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6239  Na+ dependent nucleoside transporter  50.47 
 
 		 424 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.320065  normal  0.255767 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2458  NupC family nucleoside transporter  47.52 
 
 		 416 aa  382  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1497  nucleoside transporter  47.28 
 
 		 416 aa  381  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000293356  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2297  NupC family nucleoside transporter  47.28 
 
 		 416 aa  380  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0296  Na+ dependent nucleoside transporter domain protein  47.38 
 
 		 413 aa  379  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0763703  normal  0.616931 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3546  nucleoside transporter  49.88 
 
 		 408 aa  379  1e-104  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6715  Na+ dependent nucleoside transporter  50.47 
 
 		 424 aa  381  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2461  NupC family nucleoside transporter  47.75 
 
 		 416 aa  380  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.766388  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3297  nucleoside transporter, NupC family  47.04 
 
 		 416 aa  380  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0458092  normal  0.103773 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2247  Na+ dependent nucleoside transporter domain protein  49.88 
 
 		 416 aa  377  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00577659  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02090  predicted nucleoside transporter  47.04 
 
 		 416 aa  375  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1971  Na+ dependent nucleoside transporter  49.63 
 
 		 416 aa  374  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0805  nucleoside transporter, NupC family  46.81 
 
 		 415 aa  372  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02049  hypothetical protein  47.04 
 
 		 416 aa  375  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0801  nucleoside transporter, NupC family  47.75 
 
 		 416 aa  370  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1494  nucleoside transporter  47.75 
 
 		 416 aa  370  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.432303  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2311  NupC family nucleoside transporter  47.75 
 
 		 416 aa  369  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0705452  decreased coverage  0.000255025 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1926  Na+ dependent nucleoside transporter domain protein  49.5 
 
 		 416 aa  370  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.146383 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1484  nucleoside transporter  47.75 
 
 		 416 aa  370  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.125327  hitchhiker  0.000367127 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3885  Na+ dependent nucleoside transporter  52.36 
 
 		 408 aa  370  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412566 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02093  predicted nucleoside transporter  47.52 
 
 		 416 aa  367  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02052  hypothetical protein  47.52 
 
 		 416 aa  367  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.913245  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3295  Na+ dependent nucleoside transporter-like  45.52 
 
 		 418 aa  367  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0945024  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5028  nucleoside transporter  47.24 
 
 		 403 aa  364  2e-99  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000645183  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5354  NupC family nucleoside transporter  46.28 
 
 		 403 aa  360  3e-98  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000134447  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0289  Na+ dependent nucleoside transporter  50.5 
 
 		 416 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.632547  hitchhiker  0.00705419 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5501  Na+ dependent nucleoside transporter domain protein  48.69 
 
 		 416 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.692361  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5407  nucleoside transporter, NupC family  46.28 
 
 		 403 aa  358  9.999999999999999e-98  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000223055  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3769  nucleoside transporter  47 
 
 		 403 aa  357  2.9999999999999997e-97  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000231054  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5453  Na+ dependent nucleoside transporter  48.13 
 
 		 415 aa  356  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.655554 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3300  nucleoside transporter, NupC family  47.75 
 
 		 416 aa  355  8.999999999999999e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00807637  normal  0.0252399 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4296  NupC family protein  47.23 
 
 		 401 aa  354  2e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004082  NupC family protein  47.56 
 
 		 371 aa  353  4e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.117555  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>