248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1000 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_1138  nucleoside transporter  88.97 
 
 
419 aa  686    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000131174  unclonable  0.00000000000578399 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3380  nucleoside transporter  87.38 
 
 
419 aa  677    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000393425  hitchhiker  0.00583621 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3232  nucleoside transporter  87.86 
 
 
419 aa  682    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000294256  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1214  NupC family protein  84.49 
 
 
432 aa  671    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3551  nucleoside transporter  87.86 
 
 
419 aa  686    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000301741  unclonable  0.0000000473709 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3368  nucleoside transporter  87.86 
 
 
419 aa  682    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000590778  hitchhiker  0.00789316 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3050  nucleoside transporter  88.33 
 
 
419 aa  699    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000162905  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1023  nucleoside transporter  92.86 
 
 
420 aa  748    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000239256  n/a   
 
 
 
NC_008321  Shewmr4_1035  nucleoside transporter  89.52 
 
 
419 aa  687    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000565727  hitchhiker  0.000000000517288 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1100  nucleoside transporter  89.52 
 
 
419 aa  687    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000101153  unclonable  0.0000254337 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1000  nucleoside transporter  100 
 
 
420 aa  820    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000184803  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1039  Na+ dependent nucleoside transporter  89.05 
 
 
419 aa  684    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000852943  unclonable  0.000000000104739 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0971  nucleoside transporter  88.81 
 
 
419 aa  671    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000546598  decreased coverage  0.000216747 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3229  nucleoside transporter  87.62 
 
 
419 aa  676    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000798644  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2817  nucleoside transporter  89.76 
 
 
419 aa  721    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000683947  hitchhiker  0.0000493259 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2824  nucleoside transporter  89.52 
 
 
419 aa  689    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000097854  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0616  putative sodium-dependent nucleoside transporter protein  69.39 
 
 
427 aa  575  1.0000000000000001e-163  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.552208  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0111  nucleoside transporter  67.45 
 
 
420 aa  567  1e-160  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03378  hypothetical protein  69.16 
 
 
427 aa  555  1e-157  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002628  nucleoside permease NupC  68.22 
 
 
427 aa  549  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000361858  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1931  NupC family protein  67.06 
 
 
418 aa  527  1e-148  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124283  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0659  nucleoside transporter  66.05 
 
 
425 aa  515  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.987509 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0289  transport system permease  63.15 
 
 
419 aa  513  1e-144  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0832  NupC family nucleoside transporter  66.12 
 
 
423 aa  496  1e-139  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3499  NupC family nucleoside transporter  66.12 
 
 
423 aa  496  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3628  nucleoside transporter  66.12 
 
 
423 aa  496  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1973  NupC family nucleoside transporter  62.95 
 
 
414 aa  494  9.999999999999999e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.826575  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0532  nucleoside transporter  62.11 
 
 
402 aa  489  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0458  nucleoside transporter  65.12 
 
 
425 aa  487  1e-136  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0556  nucleoside transporter  64.42 
 
 
425 aa  487  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2861  nucleoside transporter  58.28 
 
 
417 aa  486  1e-136  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1503  nucleoside transporter  62.47 
 
 
414 aa  481  1e-134  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.570754  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3851  nucleoside transporter  55.04 
 
 
422 aa  478  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3706  NupC family protein  55.5 
 
 
422 aa  476  1e-133  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00729  putative Na+ dependent nucleoside transporter  61.87 
 
 
403 aa  478  1e-133  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.103666  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1587  sodium-dependent nucleoside transporter  55.45 
 
 
406 aa  473  1e-132  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0436928  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4915  nucleoside transporter  55.5 
 
 
422 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.105963 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4420  nucleoside transporter  55.76 
 
 
425 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0740  concentrative nucleoside/H+ symporter  53.88 
 
 
425 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0887086  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0634  Na+ dependent nucleoside transporter  58.91 
 
 
408 aa  450  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0109  nucleoside transporter  54.8 
 
 
424 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1069  nucleoside transporter  54.8 
 
 
424 aa  449  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1270  nucleoside transporter  54.8 
 
 
424 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2812  Na+ dependent nucleoside transporter family protein  54.57 
 
 
424 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3546  nucleoside transporter  57.32 
 
 
408 aa  445  1.0000000000000001e-124  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0409  nucleoside transporter  54.57 
 
 
426 aa  444  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2667  Na+ dependent nucleoside transporter family protein  54.33 
 
 
566 aa  444  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0472301  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0129  nucleoside transporter  54.57 
 
 
424 aa  444  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2501  nucleoside transport protein (nucleoside permease NupC)  53.81 
 
 
404 aa  437  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1717  nucleoside transporter  55.24 
 
 
420 aa  433  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1541  NupC family protein  54.98 
 
 
405 aa  434  1e-120  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0424261  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000803  nucleoside permease NupC  53.81 
 
 
402 aa  431  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000113486  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3189  nucleoside transporter  53.44 
 
 
402 aa  431  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.549787 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1487  putative NupC family protein (permease)  53.33 
 
 
403 aa  427  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1098  NupC family protein  53.1 
 
 
402 aa  428  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0093  NupC family protein  48.92 
 
 
406 aa  422  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2763  nucleoside transporter  53.57 
 
 
402 aa  421  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6659  Na+ dependent nucleoside transporter  51.17 
 
 
424 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0207815  normal  0.0527742 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01390  hypothetical protein  51.81 
 
 
399 aa  418  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3405  Na+ dependent nucleoside transporter  53.48 
 
 
415 aa  415  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1234  sodium-dependent nucleoside transport protein  51.57 
 
 
401 aa  414  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.114582  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0963  Na+ dependent nucleoside transporter  51.2 
 
 
402 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0998  Na+ dependent nucleoside transporter  51.2 
 
 
402 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0983  Na+ dependent nucleoside transporter domain protein  51.2 
 
 
402 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3380  Na+ dependent nucleoside transporter  50.96 
 
 
402 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2675  Na+ dependent nucleoside transporter  51.33 
 
 
401 aa  404  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3295  Na+ dependent nucleoside transporter-like  49.08 
 
 
418 aa  400  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0945024  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1592  Na+ dependent nucleoside transporter-like  50.35 
 
 
424 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6715  Na+ dependent nucleoside transporter  50.35 
 
 
424 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6239  Na+ dependent nucleoside transporter  50.35 
 
 
424 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.320065  normal  0.255767 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2908  Na+ dependent nucleoside transporter  48.01 
 
 
419 aa  394  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.437641  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3885  Na+ dependent nucleoside transporter  56.77 
 
 
408 aa  394  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000412566 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0296  Na+ dependent nucleoside transporter domain protein  48.94 
 
 
413 aa  388  1e-106  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0763703  normal  0.616931 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5354  NupC family nucleoside transporter  49.52 
 
 
403 aa  383  1e-105  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000134447  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5028  nucleoside transporter  49.28 
 
 
403 aa  382  1e-105  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000645183  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4296  NupC family protein  47.97 
 
 
401 aa  378  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5407  nucleoside transporter, NupC family  49.04 
 
 
403 aa  378  1e-103  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000223055  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3769  nucleoside transporter  48.8 
 
 
403 aa  377  1e-103  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000231054  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004082  NupC family protein  51.04 
 
 
371 aa  377  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.117555  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2505  NupC family protein  47.86 
 
 
408 aa  377  1e-103  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.542894  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1497  nucleoside transporter  48.01 
 
 
416 aa  372  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000293356  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2461  NupC family nucleoside transporter  49.41 
 
 
416 aa  375  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.766388  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2308  NupC family nucleoside transporter  48.01 
 
 
416 aa  372  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.903484  hitchhiker  0.000933793 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3297  nucleoside transporter, NupC family  47.78 
 
 
416 aa  371  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0458092  normal  0.103773 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2297  NupC family nucleoside transporter  48.01 
 
 
416 aa  371  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2458  NupC family nucleoside transporter  48.01 
 
 
416 aa  371  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2819  NupC family nucleoside transporter  46.9 
 
 
408 aa  370  1e-101  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3487  Na+ dependent nucleoside transporter  48.88 
 
 
401 aa  371  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02090  predicted nucleoside transporter  47.54 
 
 
416 aa  366  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02049  hypothetical protein  47.54 
 
 
416 aa  366  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0805  nucleoside transporter, NupC family  48.01 
 
 
415 aa  366  1e-100  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3093  Na+ dependent nucleoside transporter-like protein  46.37 
 
 
417 aa  366  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.687878  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2247  Na+ dependent nucleoside transporter domain protein  47.6 
 
 
416 aa  363  2e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00577659  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1494  nucleoside transporter  49.41 
 
 
416 aa  363  3e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.432303  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1484  nucleoside transporter  49.41 
 
 
416 aa  363  3e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.125327  hitchhiker  0.000367127 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0801  nucleoside transporter, NupC family  49.41 
 
 
416 aa  363  3e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1971  Na+ dependent nucleoside transporter  47.6 
 
 
416 aa  362  5.0000000000000005e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2311  NupC family nucleoside transporter  49.18 
 
 
416 aa  362  9e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0705452  decreased coverage  0.000255025 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02093  predicted nucleoside transporter  49.18 
 
 
416 aa  360  2e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1926  Na+ dependent nucleoside transporter domain protein  47.78 
 
 
416 aa  361  2e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.146383 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>