248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4296 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4296  NupC family protein  100 
 
 
401 aa  777    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3487  Na+ dependent nucleoside transporter  98.75 
 
 
401 aa  767    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3405  Na+ dependent nucleoside transporter  60.39 
 
 
415 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0616  putative sodium-dependent nucleoside transporter protein  51.06 
 
 
427 aa  385  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.552208  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1587  sodium-dependent nucleoside transporter  51.12 
 
 
406 aa  386  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0436928  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2817  nucleoside transporter  49.04 
 
 
419 aa  382  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000683947  hitchhiker  0.0000493259 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0111  nucleoside transporter  49.52 
 
 
420 aa  381  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1023  nucleoside transporter  47.73 
 
 
420 aa  369  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000239256  n/a   
 
 
 
NC_008309  HS_0289  transport system permease  50.98 
 
 
419 aa  366  1e-100  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1000  nucleoside transporter  47.97 
 
 
420 aa  367  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000184803  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3050  nucleoside transporter  48.33 
 
 
419 aa  365  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000162905  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0971  nucleoside transporter  50 
 
 
419 aa  368  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000546598  decreased coverage  0.000216747 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1487  putative NupC family protein (permease)  50 
 
 
403 aa  362  6e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1035  nucleoside transporter  48.09 
 
 
419 aa  361  1e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000565727  hitchhiker  0.000000000517288 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1100  nucleoside transporter  48.09 
 
 
419 aa  361  1e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000101153  unclonable  0.0000254337 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1039  Na+ dependent nucleoside transporter  48.09 
 
 
419 aa  361  1e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000852943  unclonable  0.000000000104739 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2824  nucleoside transporter  47.13 
 
 
419 aa  359  4e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000097854  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002628  nucleoside permease NupC  49.76 
 
 
427 aa  359  5e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000361858  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1931  NupC family protein  50.48 
 
 
418 aa  358  6e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124283  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3189  nucleoside transporter  49.25 
 
 
402 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.549787 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3851  nucleoside transporter  46.62 
 
 
422 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03378  hypothetical protein  49.28 
 
 
427 aa  357  1.9999999999999998e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3551  nucleoside transporter  47.61 
 
 
419 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000301741  unclonable  0.0000000473709 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4420  nucleoside transporter  46.3 
 
 
425 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0740  concentrative nucleoside/H+ symporter  46.76 
 
 
425 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0887086  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3380  nucleoside transporter  47.37 
 
 
419 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000393425  hitchhiker  0.00583621 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3368  nucleoside transporter  47.37 
 
 
419 aa  354  1e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000590778  hitchhiker  0.00789316 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3232  nucleoside transporter  47.37 
 
 
419 aa  354  1e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000294256  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3706  NupC family protein  47.23 
 
 
422 aa  354  2e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3229  nucleoside transporter  47.37 
 
 
419 aa  354  2e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000798644  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1138  nucleoside transporter  47 
 
 
419 aa  353  4e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000131174  unclonable  0.00000000000578399 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1973  NupC family nucleoside transporter  48.89 
 
 
414 aa  351  1e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.826575  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4915  nucleoside transporter  46.14 
 
 
422 aa  350  2e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.105963 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1214  NupC family protein  46.17 
 
 
432 aa  349  6e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2763  nucleoside transporter  48.63 
 
 
402 aa  344  1e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2861  nucleoside transporter  45.97 
 
 
417 aa  344  1e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0093  NupC family protein  45.23 
 
 
406 aa  342  9e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000803  nucleoside permease NupC  47.13 
 
 
402 aa  342  1e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000113486  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2501  nucleoside transport protein (nucleoside permease NupC)  46.48 
 
 
404 aa  340  2e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3380  Na+ dependent nucleoside transporter  48.51 
 
 
402 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0998  Na+ dependent nucleoside transporter  48.76 
 
 
402 aa  339  5e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0963  Na+ dependent nucleoside transporter  48.51 
 
 
402 aa  338  8e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0983  Na+ dependent nucleoside transporter domain protein  48.51 
 
 
402 aa  338  8e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1503  nucleoside transporter  48.28 
 
 
414 aa  338  9.999999999999999e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.570754  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0532  nucleoside transporter  46.88 
 
 
402 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3546  nucleoside transporter  48.35 
 
 
408 aa  336  3.9999999999999995e-91  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1098  NupC family protein  45.36 
 
 
402 aa  335  1e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1541  NupC family protein  49.12 
 
 
405 aa  333  2e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0424261  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0659  nucleoside transporter  47.51 
 
 
425 aa  332  5e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.987509 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00729  putative Na+ dependent nucleoside transporter  46.38 
 
 
403 aa  332  9e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.103666  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01390  hypothetical protein  46.87 
 
 
399 aa  329  7e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1717  nucleoside transporter  44.34 
 
 
420 aa  325  9e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3628  nucleoside transporter  48.69 
 
 
423 aa  324  2e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0832  NupC family nucleoside transporter  47.98 
 
 
423 aa  324  2e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3499  NupC family nucleoside transporter  48.69 
 
 
423 aa  324  2e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6659  Na+ dependent nucleoside transporter  43.78 
 
 
424 aa  322  6e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0207815  normal  0.0527742 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0634  Na+ dependent nucleoside transporter  46 
 
 
408 aa  320  3e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1234  sodium-dependent nucleoside transport protein  46.62 
 
 
401 aa  318  1e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.114582  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5354  NupC family nucleoside transporter  44.9 
 
 
403 aa  318  1e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000134447  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3769  nucleoside transporter  45.92 
 
 
403 aa  317  2e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000231054  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0409  nucleoside transporter  42.96 
 
 
426 aa  317  3e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5028  nucleoside transporter  44.9 
 
 
403 aa  316  5e-85  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000645183  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0109  nucleoside transporter  42.72 
 
 
424 aa  316  6e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1069  nucleoside transporter  42.72 
 
 
424 aa  316  6e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1270  nucleoside transporter  42.72 
 
 
424 aa  316  6e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004082  NupC family protein  46.76 
 
 
371 aa  315  7e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.117555  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2675  Na+ dependent nucleoside transporter  45.77 
 
 
401 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2812  Na+ dependent nucleoside transporter family protein  42.72 
 
 
424 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2667  Na+ dependent nucleoside transporter family protein  42.72 
 
 
566 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0472301  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5407  nucleoside transporter, NupC family  44.39 
 
 
403 aa  313  4.999999999999999e-84  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000223055  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6715  Na+ dependent nucleoside transporter  44.5 
 
 
424 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1592  Na+ dependent nucleoside transporter-like  44.5 
 
 
424 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6239  Na+ dependent nucleoside transporter  44.5 
 
 
424 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.320065  normal  0.255767 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0129  nucleoside transporter  42.48 
 
 
424 aa  312  9e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0458  nucleoside transporter  45.37 
 
 
425 aa  311  1e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0556  nucleoside transporter  45.02 
 
 
425 aa  309  5e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2908  Na+ dependent nucleoside transporter  43 
 
 
419 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.437641  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0296  Na+ dependent nucleoside transporter domain protein  39.76 
 
 
413 aa  300  3e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0763703  normal  0.616931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1971  Na+ dependent nucleoside transporter  42.64 
 
 
416 aa  299  7e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2247  Na+ dependent nucleoside transporter domain protein  42.39 
 
 
416 aa  298  9e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00577659  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3885  Na+ dependent nucleoside transporter  46 
 
 
408 aa  298  1e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000412566 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2819  NupC family nucleoside transporter  42.57 
 
 
408 aa  298  1e-79  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3295  Na+ dependent nucleoside transporter-like  41.59 
 
 
418 aa  296  4e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0945024  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1926  Na+ dependent nucleoside transporter domain protein  42.49 
 
 
416 aa  295  7e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.146383 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5325  nucleoside transporter, NupC family  45.15 
 
 
403 aa  295  9e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42869e-44 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5085  NupC family nucleoside transporter  45.15 
 
 
403 aa  295  9e-79  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000501622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4916  Na+ dependent nucleoside transporter  45.15 
 
 
403 aa  295  9e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  8.08996e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4931  Na+ dependent nucleoside transporter  45.15 
 
 
403 aa  295  9e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000051013  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5475  NupC family nucleoside transporter  45.15 
 
 
403 aa  295  9e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000807855  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5601  nucleoside transporter, NupC family  44.64 
 
 
403 aa  294  1e-78  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000740053  hitchhiker  6.13455e-18 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5359  nucleoside transporter, NupC family  45.15 
 
 
403 aa  295  1e-78  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000539018  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2505  NupC family protein  42.32 
 
 
408 aa  295  1e-78  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.542894  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3093  Na+ dependent nucleoside transporter-like protein  43.1 
 
 
417 aa  293  4e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.687878  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5501  Na+ dependent nucleoside transporter domain protein  40.98 
 
 
416 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.692361  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2461  NupC family nucleoside transporter  41.61 
 
 
416 aa  282  9e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.766388  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2308  NupC family nucleoside transporter  42.09 
 
 
416 aa  278  1e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.903484  hitchhiker  0.000933793 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1497  nucleoside transporter  42.09 
 
 
416 aa  277  2e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000293356  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5453  Na+ dependent nucleoside transporter  41.07 
 
 
415 aa  277  2e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.655554 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2458  NupC family nucleoside transporter  42.09 
 
 
416 aa  277  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2297  NupC family nucleoside transporter  42.09 
 
 
416 aa  276  3e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>