248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0093 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0093  NupC family protein  100 
 
 
406 aa  798    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0634  Na+ dependent nucleoside transporter  62.41 
 
 
408 aa  486  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3885  Na+ dependent nucleoside transporter  63.97 
 
 
408 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000412566 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1587  sodium-dependent nucleoside transporter  51.23 
 
 
406 aa  426  1e-118  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0436928  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2817  nucleoside transporter  50.36 
 
 
419 aa  422  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000683947  hitchhiker  0.0000493259 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1023  nucleoside transporter  50.36 
 
 
420 aa  421  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000239256  n/a   
 
 
 
NC_007963  Csal_0111  nucleoside transporter  49.64 
 
 
420 aa  421  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0963  Na+ dependent nucleoside transporter  49.75 
 
 
402 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0983  Na+ dependent nucleoside transporter domain protein  49.75 
 
 
402 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1000  nucleoside transporter  48.92 
 
 
420 aa  414  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000184803  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0998  Na+ dependent nucleoside transporter  49.5 
 
 
402 aa  411  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0971  nucleoside transporter  51.21 
 
 
419 aa  408  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000546598  decreased coverage  0.000216747 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1234  sodium-dependent nucleoside transport protein  49.5 
 
 
401 aa  405  1.0000000000000001e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.114582  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1035  nucleoside transporter  50.97 
 
 
419 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000565727  hitchhiker  0.000000000517288 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1100  nucleoside transporter  50.72 
 
 
419 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000101153  unclonable  0.0000254337 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1039  Na+ dependent nucleoside transporter  51.21 
 
 
419 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000852943  unclonable  0.000000000104739 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3380  Na+ dependent nucleoside transporter  49.25 
 
 
402 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1541  NupC family protein  50.5 
 
 
405 aa  407  1.0000000000000001e-112  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0424261  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1214  NupC family protein  50.35 
 
 
432 aa  402  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3050  nucleoside transporter  50.36 
 
 
419 aa  403  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000162905  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1138  nucleoside transporter  51.21 
 
 
419 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000131174  unclonable  0.00000000000578399 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01390  hypothetical protein  48.51 
 
 
399 aa  402  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2824  nucleoside transporter  50.72 
 
 
419 aa  403  1e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000097854  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3551  nucleoside transporter  50.24 
 
 
419 aa  397  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000301741  unclonable  0.0000000473709 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3368  nucleoside transporter  49.4 
 
 
419 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000590778  hitchhiker  0.00789316 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3232  nucleoside transporter  49.4 
 
 
419 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000294256  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3380  nucleoside transporter  49.64 
 
 
419 aa  394  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000393425  hitchhiker  0.00583621 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1973  NupC family nucleoside transporter  48.54 
 
 
414 aa  389  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.826575  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3706  NupC family protein  47.28 
 
 
422 aa  390  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2675  Na+ dependent nucleoside transporter  47.01 
 
 
401 aa  389  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3229  nucleoside transporter  49.64 
 
 
419 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000798644  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03378  hypothetical protein  48.11 
 
 
427 aa  386  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0289  transport system permease  49.76 
 
 
419 aa  388  1e-106  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002628  nucleoside permease NupC  48.6 
 
 
427 aa  384  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000361858  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0616  putative sodium-dependent nucleoside transporter protein  46.39 
 
 
427 aa  383  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.552208  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3851  nucleoside transporter  45.5 
 
 
422 aa  380  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0532  nucleoside transporter  48.16 
 
 
402 aa  378  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0659  nucleoside transporter  48.71 
 
 
425 aa  380  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.987509 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2861  nucleoside transporter  46.27 
 
 
417 aa  377  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004082  NupC family protein  50.13 
 
 
371 aa  372  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.117555  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1931  NupC family protein  47.85 
 
 
418 aa  372  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124283  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4915  nucleoside transporter  45.5 
 
 
422 aa  369  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.105963 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00729  putative Na+ dependent nucleoside transporter  47.52 
 
 
403 aa  371  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.103666  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0740  concentrative nucleoside/H+ symporter  44.74 
 
 
425 aa  366  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0887086  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3189  nucleoside transporter  46.06 
 
 
402 aa  366  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.549787 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1098  NupC family protein  45.07 
 
 
402 aa  362  9e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000803  nucleoside permease NupC  45.57 
 
 
402 aa  360  2e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000113486  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1487  putative NupC family protein (permease)  44.94 
 
 
403 aa  360  3e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4420  nucleoside transporter  44.05 
 
 
425 aa  360  3e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1503  nucleoside transporter  47.34 
 
 
414 aa  359  5e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.570754  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3546  nucleoside transporter  46.43 
 
 
408 aa  359  5e-98  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2501  nucleoside transport protein (nucleoside permease NupC)  44.2 
 
 
404 aa  358  9.999999999999999e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2763  nucleoside transporter  45.68 
 
 
402 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3499  NupC family nucleoside transporter  49.05 
 
 
423 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3628  nucleoside transporter  49.05 
 
 
423 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0832  NupC family nucleoside transporter  49.05 
 
 
423 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0458  nucleoside transporter  47.29 
 
 
425 aa  349  6e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1717  nucleoside transporter  44.23 
 
 
420 aa  345  8e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0556  nucleoside transporter  46.35 
 
 
425 aa  345  8.999999999999999e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4296  NupC family protein  45.23 
 
 
401 aa  342  9e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3405  Na+ dependent nucleoside transporter  43.58 
 
 
415 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3297  nucleoside transporter, NupC family  44.58 
 
 
416 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0458092  normal  0.103773 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2308  NupC family nucleoside transporter  44.58 
 
 
416 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.903484  hitchhiker  0.000933793 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3487  Na+ dependent nucleoside transporter  45.29 
 
 
401 aa  335  7.999999999999999e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1497  nucleoside transporter  44.58 
 
 
416 aa  335  1e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000293356  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6659  Na+ dependent nucleoside transporter  43.03 
 
 
424 aa  334  2e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0207815  normal  0.0527742 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2297  NupC family nucleoside transporter  44.58 
 
 
416 aa  333  5e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2458  NupC family nucleoside transporter  44.58 
 
 
416 aa  333  5e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0129  nucleoside transporter  42.32 
 
 
424 aa  330  2e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0109  nucleoside transporter  42.32 
 
 
424 aa  330  3e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1069  nucleoside transporter  42.32 
 
 
424 aa  330  3e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2819  NupC family nucleoside transporter  42.26 
 
 
408 aa  330  3e-89  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1270  nucleoside transporter  42.32 
 
 
424 aa  330  3e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0805  nucleoside transporter, NupC family  45.06 
 
 
415 aa  330  4e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2812  Na+ dependent nucleoside transporter family protein  42.32 
 
 
424 aa  329  6e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3769  nucleoside transporter  45.48 
 
 
403 aa  328  9e-89  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000231054  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02090  predicted nucleoside transporter  44.1 
 
 
416 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02049  hypothetical protein  44.1 
 
 
416 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0409  nucleoside transporter  42.14 
 
 
426 aa  327  3e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2667  Na+ dependent nucleoside transporter family protein  42.38 
 
 
566 aa  326  6e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0472301  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2461  NupC family nucleoside transporter  44.1 
 
 
416 aa  325  1e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.766388  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6715  Na+ dependent nucleoside transporter  43.92 
 
 
424 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1592  Na+ dependent nucleoside transporter-like  43.92 
 
 
424 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6239  Na+ dependent nucleoside transporter  43.92 
 
 
424 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.320065  normal  0.255767 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2505  NupC family protein  41.03 
 
 
408 aa  322  6e-87  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.542894  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5028  nucleoside transporter  44.44 
 
 
403 aa  320  3e-86  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000645183  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5354  NupC family nucleoside transporter  43.67 
 
 
403 aa  318  1e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000134447  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5407  nucleoside transporter, NupC family  43.41 
 
 
403 aa  314  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000223055  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1494  nucleoside transporter  44.34 
 
 
416 aa  312  6.999999999999999e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.432303  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1484  nucleoside transporter  44.34 
 
 
416 aa  312  6.999999999999999e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.125327  hitchhiker  0.000367127 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0801  nucleoside transporter, NupC family  44.34 
 
 
416 aa  312  6.999999999999999e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2311  NupC family nucleoside transporter  44.34 
 
 
416 aa  311  1e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0705452  decreased coverage  0.000255025 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2247  Na+ dependent nucleoside transporter domain protein  41.34 
 
 
416 aa  310  4e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00577659  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02093  predicted nucleoside transporter  44.1 
 
 
416 aa  309  6.999999999999999e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02052  hypothetical protein  44.1 
 
 
416 aa  309  6.999999999999999e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.913245  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1971  Na+ dependent nucleoside transporter  41.09 
 
 
416 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3295  Na+ dependent nucleoside transporter-like  39.62 
 
 
418 aa  306  5.0000000000000004e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0945024  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3300  nucleoside transporter, NupC family  44.82 
 
 
416 aa  301  2e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00807637  normal  0.0252399 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1926  Na+ dependent nucleoside transporter domain protein  41.12 
 
 
416 aa  301  2e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.146383 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2908  Na+ dependent nucleoside transporter  37.41 
 
 
419 aa  300  4e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.437641  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>