210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0002 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP0002  ribonuclease P  100 
 
 		 115 aa  228  1e-59  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00006762  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2735  ribonuclease P  82.61 
 
 		 117 aa  192  1e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.178342  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2792  ribonuclease P  82.61 
 
 		 117 aa  192  1e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.437521  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3561  ribonuclease P  54.72 
 
 		 121 aa  116  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1790  ribonuclease P  50.91 
 
 		 111 aa  113  6.9999999999999995e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000000276815  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5674  ribonuclease P  50.94 
 
 		 115 aa  108  3e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0640013  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5614  ribonuclease P  50.94 
 
 		 115 aa  107  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.234038  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5321  ribonuclease P  50.94 
 
 		 115 aa  107  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.852432 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5638  ribonuclease P  50.94 
 
 		 115 aa  106  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.108517  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5340  ribonuclease P  50.94 
 
 		 119 aa  106  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000509102  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5168  ribonuclease P  50.94 
 
 		 119 aa  106  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000202449  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5184  ribonuclease P  50.94 
 
 		 119 aa  106  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000560819  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5737  ribonuclease P  50.94 
 
 		 119 aa  106  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.123315  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5597  ribonuclease P  50.94 
 
 		 119 aa  106  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5280  ribonuclease P  51.89 
 
 		 115 aa  105  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00507948  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0408  ribonuclease P  51.4 
 
 		 109 aa  103  6e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4027  ribonuclease P  49.06 
 
 		 115 aa  102  1e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.246151  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3433  ribonuclease P  47.62 
 
 		 116 aa  100  7e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000048083  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1897  ribonuclease P  48.67 
 
 		 122 aa  99.8  1e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  3.53987e-16  hitchhiker  4.71177e-26 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0129  ribonuclease P  43.64 
 
 		 117 aa  95.5  2e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1943  ribonuclease P  45.61 
 
 		 117 aa  92.8  1e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0018816  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3945  ribonuclease P  44.34 
 
 		 116 aa  83.6  8e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2064  ribonuclease P  38.6 
 
 		 116 aa  80.9  0.000000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0143582  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1863  RNase P protein component  43.22 
 
 		 122 aa  80.1  0.000000000000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.546361  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1738  ribonuclease P protein component  39.47 
 
 		 116 aa  76.3  0.0000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000204064  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5949  ribonuclease P protein component  34.26 
 
 		 132 aa  75.1  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3328  ribonuclease P protein component  37.14 
 
 		 113 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0012018  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2949  ribonuclease P protein component  33.04 
 
 		 120 aa  72  0.000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000512551  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2369  ribonuclease P  34.21 
 
 		 126 aa  72  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000213724  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23600  ribonuclease P protein component  32.08 
 
 		 121 aa  71.6  0.000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000731452  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0035  ribonuclease P protein component  35 
 
 		 116 aa  70.1  0.000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.816345  normal  0.309207 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0034  ribonuclease P protein component  35 
 
 		 116 aa  70.1  0.000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2595  ribonuclease P protein component  40.62 
 
 		 119 aa  69.7  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2413  ribonuclease P  43.75 
 
 		 116 aa  67.8  0.00000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000000205817  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0100  ribonuclease P protein component  39.05 
 
 		 121 aa  67.4  0.00000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2198  ribonuclease P protein component  33.02 
 
 		 162 aa  67.4  0.00000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000952989  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2141  ribonuclease P protein component  39.76 
 
 		 130 aa  67.4  0.00000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.154596 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4369  ribonuclease P protein component  34.55 
 
 		 109 aa  65.5  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.126994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2934  ribonuclease P protein component  32.17 
 
 		 115 aa  66.2  0.0000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000200185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0869  ribonuclease P protein component  42.22 
 
 		 109 aa  65.5  0.0000000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3215  ribonuclease P protein component  32.69 
 
 		 114 aa  65.9  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3625  ribonuclease P protein component  36.19 
 
 		 135 aa  65.9  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.284043  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2996  ribonuclease P  36.21 
 
 		 125 aa  63.9  0.0000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000822394  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2673  ribonuclease P  36.21 
 
 		 125 aa  63.9  0.0000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00724132  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0121  ribonuclease P protein component  35.24 
 
 		 119 aa  62.4  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.406927  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3644  ribonuclease P protein component  33.33 
 
 		 123 aa  61.6  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00220014  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4622  ribonuclease P  34.04 
 
 		 134 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3320  ribonuclease P protein component  29.7 
 
 		 120 aa  60.8  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0890  ribonuclease P protein component  33.72 
 
 		 180 aa  60.8  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0029715 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2513  ribonuclease P  33.7 
 
 		 118 aa  60.5  0.000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000477039  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1629  ribonuclease P protein component  38.46 
 
 		 131 aa  60.5  0.000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.315219  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1969  ribonuclease P protein component  32.26 
 
 		 130 aa  60.5  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.171336  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2762  ribonuclease P protein component  37.39 
 
 		 119 aa  60.5  0.000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000158886  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3035  ribonuclease P protein component  30.28 
 
 		 128 aa  59.7  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.216945  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4516  ribonuclease P protein component  33.33 
 
 		 116 aa  60.1  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5745  ribonuclease P  30.93 
 
 		 133 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00936025  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0011  ribonuclease P  28.83 
 
 		 118 aa  58.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000676804  hitchhiker  0.000546181 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1040  ribonuclease P protein component  41.46 
 
 		 129 aa  58.9  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000299838  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1331  ribonuclease P protein component  38 
 
 		 117 aa  58.9  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000271159  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3490  ribonuclease P  33.33 
 
 		 121 aa  58.5  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000922016  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5614  ribonuclease P protein component  30.93 
 
 		 133 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5136  ribonuclease P  30.93 
 
 		 133 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2396  ribonuclease P protein component  29.55 
 
 		 125 aa  58.5  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000000617506  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4360  ribonuclease P protein component  33.7 
 
 		 116 aa  58.2  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4960  ribonuclease P protein component  33.63 
 
 		 111 aa  58.5  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123477  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1542  ribonuclease P protein component  35.05 
 
 		 162 aa  58.2  0.00000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.200332  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl682  ribonuclease P protein component  42.16 
 
 		 110 aa  57.8  0.00000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3076  hypothetical protein  32.46 
 
 		 114 aa  57.8  0.00000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3609  ribonuclease P protein component  31.73 
 
 		 118 aa  57.8  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3088  ribonuclease P protein  33.7 
 
 		 119 aa  57.4  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002014  ribonuclease P protein component  36.47 
 
 		 107 aa  57.4  0.00000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000192203  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2932  hypothetical protein  33.66 
 
 		 114 aa  57.4  0.00000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4497  ribonuclease P protein component  33.33 
 
 		 116 aa  57.4  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4259  ribonuclease P  28.83 
 
 		 120 aa  57  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000742435  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0004  ribonuclease P  32.95 
 
 		 117 aa  56.6  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00123584  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1265  ribonuclease P protein component  31.19 
 
 		 127 aa  55.5  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000149389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0925  ribonuclease P protein component  31.58 
 
 		 126 aa  55.8  0.0000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000841875  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00437  ribonuclease P  32.61 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4060  ribonuclease P  34 
 
 		 116 aa  55.5  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175953  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1355  ribonuclease P protein component  38.54 
 
 		 117 aa  54.7  0.0000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00991852  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4065  ribonuclease P  27.93 
 
 		 118 aa  54.7  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000140717  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3897  ribonuclease P protein component  35.29 
 
 		 132 aa  54.7  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0590207  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1042  ribonuclease P protein component  31.58 
 
 		 120 aa  54.3  0.0000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00401916  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3759  ribonuclease P protein component  31.13 
 
 		 130 aa  53.9  0.0000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0006  ribonuclease P  27.93 
 
 		 118 aa  52.8  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4155  ribonuclease P  27.72 
 
 		 119 aa  52.8  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.58759e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4486  ribonuclease P protein component  34.69 
 
 		 132 aa  53.5  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000175876  hitchhiker  0.00000000129187 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4151  ribonuclease P  34 
 
 		 116 aa  53.1  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03587  ribonuclease P  27.62 
 
 		 119 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.201936  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03531  hypothetical protein  27.62 
 
 		 119 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.118507  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4931  ribonuclease P  28 
 
 		 119 aa  52.4  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000059586  unclonable  0.00000000749508 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4266  ribonuclease P  28.71 
 
 		 119 aa  52  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000515429  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0766  ribonuclease P protein component  28.95 
 
 		 123 aa  52.8  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000948284  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4221  ribonuclease P  27.62 
 
 		 119 aa  52.8  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0219  ribonuclease P protein component  30.63 
 
 		 154 aa  52.4  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3942  ribonuclease P  27.93 
 
 		 118 aa  52.4  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000139461  unclonable  0.0000000000208872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4034  ribonuclease P  27.93 
 
 		 118 aa  52.4  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000319179  hitchhiker  0.000155322 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2883  ribonuclease P protein component  31.25 
 
 		 123 aa  52.4  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0117467  normal  0.419637 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4071  ribonuclease P  27.62 
 
 		 119 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00679811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3868  ribonuclease P  25.23 
 
 		 120 aa  52.8  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000277263  unclonable  0.00000245558 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>