More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0134 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0134  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 266 aa  537  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0142  short chain dehydrogenase  96.24 
 
 		 266 aa  499  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0284  short chain dehydrogenase  81.72 
 
 		 266 aa  407  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.600145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  65.9 
 
 		 265 aa  319  1.9999999999999998e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0099  short chain dehydrogenase  63.89 
 
 		 265 aa  295  4e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  60.55 
 
 		 259 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  60.55 
 
 		 259 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  60.55 
 
 		 259 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  60.55 
 
 		 259 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  60.55 
 
 		 259 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  60.55 
 
 		 259 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  60.55 
 
 		 259 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  62.26 
 
 		 259 aa  281  6.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0427  short chain dehydrogenase  60.16 
 
 		 259 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0470  short chain dehydrogenase  61.72 
 
 		 259 aa  278  5e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  58.59 
 
 		 256 aa  278  7e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  55.77 
 
 		 260 aa  261  1e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6265  short chain dehydrogenase  60.16 
 
 		 257 aa  255  4e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2937  short chain dehydrogenase  60.55 
 
 		 257 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2308  short chain dehydrogenase  60.55 
 
 		 257 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2922  short chain dehydrogenase  60.55 
 
 		 257 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2834  short chain dehydrogenase  60.16 
 
 		 257 aa  249  4e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.499263 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2971  short chain dehydrogenase  60.16 
 
 		 257 aa  249  5e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0382  short chain dehydrogenase  62.11 
 
 		 257 aa  248  9e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.314117 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2676  short chain dehydrogenase  54.69 
 
 		 264 aa  247  1e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  51.15 
 
 		 261 aa  241  1e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  52.09 
 
 		 258 aa  238  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3806  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 260 aa  230  2e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2785  short chain dehydrogenase  51.36 
 
 		 254 aa  230  2e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.73728  normal  0.939169 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  49.61 
 
 		 270 aa  225  7e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  48.66 
 
 		 270 aa  221  9e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  49.06 
 
 		 260 aa  220  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0151  short chain dehydrogenase  50.57 
 
 		 261 aa  216  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0185  short chain dehydrogenase  49.24 
 
 		 267 aa  213  2.9999999999999995e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4782  short chain dehydrogenase  50.78 
 
 		 264 aa  204  1e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  45.8 
 
 		 266 aa  202  6e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  47.55 
 
 		 261 aa  193  3e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  47.55 
 
 		 261 aa  193  3e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 		 249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 		 256 aa  135  7.000000000000001e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 		 267 aa  125  9e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0286  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.88 
 
 		 267 aa  123  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 		 259 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 		 260 aa  120  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 		 265 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 		 277 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  33.62 
 
 		 256 aa  119  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0427  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 		 256 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.87 
 
 		 277 aa  115  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4881  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 		 249 aa  114  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.968651 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.43 
 
 		 242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.91 
 
 		 254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.187579 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.64 
 
 		 260 aa  112  6e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 		 264 aa  112  9e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2452  short chain dehydrogenase  35.92 
 
 		 250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  36.22 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.15 
 
 		 266 aa  110  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.871012  hitchhiker  0.000000000383418 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  36.22 
 
 		 257 aa  110  3e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 		 282 aa  110  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10962  short chain dehydrogenase  37.3 
 
 		 253 aa  109  5e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.247015 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0117  short chain dehydrogenase  34.12 
 
 		 250 aa  108  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  34.85 
 
 		 239 aa  108  8.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3017  short chain dehydrogenase  34.15 
 
 		 260 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.64 
 
 		 245 aa  108  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1853  short chain dehydrogenase  36.07 
 
 		 249 aa  107  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.787999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 		 257 aa  106  3e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0813  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.35 
 
 		 253 aa  106  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 		 269 aa  105  6e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0189  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.76 
 
 		 267 aa  105  9e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000709968  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0875  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  28.29 
 
 		 264 aa  105  9e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123287 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4421  short chain dehydrogenase  35.22 
 
 		 249 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.794825 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4335  short chain dehydrogenase  35.22 
 
 		 249 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0693718  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4715  short chain dehydrogenase  35.39 
 
 		 249 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.01 
 
 		 230 aa  103  3e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.17 
 
 		 258 aa  103  3e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.461582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0992  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  30.65 
 
 		 264 aa  103  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1985  short chain dehydrogenase  33.8 
 
 		 261 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.84 
 
 		 239 aa  103  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  34.16 
 
 		 260 aa  103  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1363  short chain dehydrogenase  33 
 
 		 258 aa  103  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.737736 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4244  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  30.65 
 
 		 264 aa  103  3e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 		 255 aa  103  4e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.4 
 
 		 251 aa  103  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2764  short chain dehydrogenase  33 
 
 		 258 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.191986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  33.84 
 
 		 239 aa  103  4e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1360  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.83 
 
 		 243 aa  102  5e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000468393  normal  0.0479743 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.75 
 
 		 317 aa  102  5e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1655  short chain dehydrogenase  33.8 
 
 		 261 aa  102  6e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0365832  normal  0.0290451 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2067  short chain dehydrogenase  34.98 
 
 		 260 aa  102  6e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0224014 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 		 260 aa  102  7e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 		 257 aa  102  8e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3138  short chain dehydrogenase  33.17 
 
 		 260 aa  102  8e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0721208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 		 257 aa  102  8e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  31.68 
 
 		 246 aa  102  9e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 		 248 aa  102  9e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 		 264 aa  102  9e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4937  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35 
 
 		 239 aa  101  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.396795  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3967  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.41 
 
 		 264 aa  101  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0321162  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13470  short chain dehydrogenase  33.06 
 
 		 251 aa  101  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>