44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2536 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  73.43 
 
 		 501 aa  648    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 498 aa  1022    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  70.86 
 
 		 446 aa  652    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  71.1 
 
 		 462 aa  652    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  99 
 
 		 498 aa  1011    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000230615  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  55.37 
 
 		 693 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  50.35 
 
 		 665 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  52.38 
 
 		 680 aa  431  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  51.11 
 
 		 724 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  50 
 
 		 670 aa  405  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  47.76 
 
 		 710 aa  392  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  48.26 
 
 		 661 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  46.65 
 
 		 689 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  44.42 
 
 		 598 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  45.56 
 
 		 674 aa  367  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  45.32 
 
 		 662 aa  363  3e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  46.38 
 
 		 692 aa  354  2e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  39.12 
 
 		 476 aa  344  2e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  39.12 
 
 		 482 aa  342  1e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  39.12 
 
 		 482 aa  342  1e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  44.96 
 
 		 703 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  38.08 
 
 		 499 aa  326  6e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  44.96 
 
 		 703 aa  323  6e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  38.05 
 
 		 482 aa  322  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  43.19 
 
 		 708 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  41.87 
 
 		 492 aa  322  9.999999999999999e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  44.89 
 
 		 703 aa  319  6e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  43.03 
 
 		 437 aa  319  7.999999999999999e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  39.53 
 
 		 494 aa  317  3e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4280  carbohydrate-selective porin OprB  40.33 
 
 		 478 aa  294  2e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6797  Carbohydrate-selective porin OprB  37.83 
 
 		 458 aa  288  2e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0647  Carbohydrate-selective porin OprB  37.89 
 
 		 472 aa  283  4.0000000000000003e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0703  carbohydrate-selective porin OprB  37.14 
 
 		 471 aa  278  2e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2120  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  32.38 
 
 		 490 aa  238  2e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  28.6 
 
 		 473 aa  169  1e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000421873  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  28.38 
 
 		 471 aa  166  6.9999999999999995e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1112  hypothetical protein  23.82 
 
 		 490 aa  57.4  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.503741  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_003296  RS06177  hypothetical protein  39.39 
 
 		 116 aa  49.3  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3661  Carbohydrate-selective porin OprB  22.3 
 
 		 476 aa  48.9  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  24.39 
 
 		 456 aa  47.4  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  24.39 
 
 		 456 aa  47.4  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  27 
 
 		 456 aa  45.1  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  25.51 
 
 		 498 aa  44.3  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3768  Carbohydrate-selective porin OprB  21.33 
 
 		 476 aa  44.3  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>