More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2391 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2391  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 
254 aa  521  1e-147  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2798  extracellular solute-binding protein family 3  96.46 
 
 
254 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  70.08 
 
 
252 aa  369  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0161  extracellular solute-binding protein family 3  68.67 
 
 
246 aa  361  5.0000000000000005e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1040  extracellular solute-binding protein  71.93 
 
 
249 aa  352  4e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0410821 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4160  extracellular solute-binding protein  65.75 
 
 
247 aa  343  1e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.757716  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  65.57 
 
 
251 aa  323  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3016  extracellular solute-binding protein  61.94 
 
 
246 aa  322  3e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.032906  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2050  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  63.11 
 
 
251 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241787  normal  0.446872 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.55 
 
 
248 aa  180  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.15 
 
 
248 aa  178  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.15 
 
 
248 aa  178  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.15 
 
 
248 aa  178  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.15 
 
 
248 aa  178  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.15 
 
 
248 aa  178  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.55 
 
 
248 aa  177  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  38.55 
 
 
248 aa  177  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.55 
 
 
248 aa  177  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.55 
 
 
248 aa  177  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.55 
 
 
248 aa  177  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  38.55 
 
 
248 aa  177  1e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.55 
 
 
248 aa  177  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.55 
 
 
248 aa  177  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2537  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.55 
 
 
248 aa  176  5e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38 
 
 
253 aa  174  9e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1495  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.15 
 
 
247 aa  171  6.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000566563  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  39.09 
 
 
257 aa  169  3e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1961  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.47 
 
 
250 aa  169  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.2 
 
 
250 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.2 
 
 
250 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4284  glutamine ABC transporter periplasmic protein  40.37 
 
 
250 aa  168  9e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4082  glutamine ABC transporter periplasmic protein  40.37 
 
 
250 aa  168  9e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314608  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.75 
 
 
247 aa  167  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  39.43 
 
 
271 aa  167  2e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2878  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.95 
 
 
248 aa  166  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0116852  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.8 
 
 
250 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  42.42 
 
 
264 aa  166  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1584  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.55 
 
 
248 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118123  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2098  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.8 
 
 
250 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.230871  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1126  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.8 
 
 
250 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1406  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.8 
 
 
250 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.584446  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.8 
 
 
250 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1479  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.95 
 
 
247 aa  165  5.9999999999999996e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1126  extracellular solute-binding protein  41.05 
 
 
284 aa  165  6.9999999999999995e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3441  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.91 
 
 
250 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3699  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.78 
 
 
248 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0756284  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1773  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.04 
 
 
247 aa  163  3e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000148695  normal  0.114873 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1600  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.04 
 
 
247 aa  163  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  40.37 
 
 
264 aa  162  7e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2488  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.12 
 
 
248 aa  160  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.405859  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1706  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.25 
 
 
252 aa  159  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.114527  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1156  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.11 
 
 
248 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  36.09 
 
 
263 aa  157  2e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1918  extracellular solute-binding protein family 3  40.18 
 
 
248 aa  155  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  41.47 
 
 
246 aa  151  8e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  41.01 
 
 
246 aa  149  3e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2855  extracellular solute-binding protein  38.39 
 
 
249 aa  150  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  37.83 
 
 
243 aa  149  5e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  37.99 
 
 
246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  36.78 
 
 
268 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  35.52 
 
 
266 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  35.52 
 
 
266 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  35.52 
 
 
266 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  38.18 
 
 
260 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1869  extracellular solute-binding protein family 3  33.98 
 
 
272 aa  145  8.000000000000001e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000802311  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2380  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.68 
 
 
249 aa  144  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2639  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtJ  37.3 
 
 
243 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000964568  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1569  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtJ  37.3 
 
 
243 aa  144  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3045  extracellular solute-binding protein  34.84 
 
 
252 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.29813  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  34.36 
 
 
265 aa  144  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  36.62 
 
 
277 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.75 
 
 
243 aa  143  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0888  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  36.07 
 
 
243 aa  143  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.214233  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  37.84 
 
 
268 aa  143  3e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  34.78 
 
 
265 aa  143  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  36.75 
 
 
243 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2724  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.89 
 
 
243 aa  142  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00108182  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.75 
 
 
243 aa  142  4e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  36.75 
 
 
243 aa  142  4e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  36.75 
 
 
243 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  36.75 
 
 
243 aa  142  4e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1582  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtI  38.12 
 
 
243 aa  142  6e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2626  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtI  38.12 
 
 
243 aa  142  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.359067  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  36.99 
 
 
266 aa  142  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2711  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  38.12 
 
 
243 aa  142  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1652  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.89 
 
 
244 aa  142  6e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.513751 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0529  hypothetical protein  35.51 
 
 
244 aa  141  8e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1044  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  37.45 
 
 
243 aa  141  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180668  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1019  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  35.15 
 
 
243 aa  141  9e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211484 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0927  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  37.45 
 
 
245 aa  141  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0994  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  37.45 
 
 
243 aa  141  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.633483  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0962  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  37.45 
 
 
245 aa  141  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1025  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  37.45 
 
 
243 aa  141  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  35.91 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  33.07 
 
 
254 aa  141  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1967  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  37.22 
 
 
243 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  37.33 
 
 
264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  35.74 
 
 
266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0168  extracellular solute-binding protein  36.99 
 
 
247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  36.32 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>