145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1351 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1351  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  100 
 
 
183 aa  357  5e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0946301  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1287  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  99.45 
 
 
183 aa  356  9e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.850959  normal  0.698807 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1413  hypothetical protein  95.11 
 
 
184 aa  307  5.9999999999999995e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1872  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  89.29 
 
 
175 aa  251  3e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0481618  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1444  outer membrane chaperone Skp  87.41 
 
 
177 aa  248  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0659855  normal  0.0459599 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2043  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  72.78 
 
 
175 aa  217  7e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.302964  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1912  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  72.78 
 
 
175 aa  217  7e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.753095  normal  0.41157 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5320  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  76.22 
 
 
165 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.354278  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2030  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  75.52 
 
 
175 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.306412  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6067  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  75.52 
 
 
165 aa  214  4e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443166  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2010  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  75.52 
 
 
165 aa  214  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1266  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  71.52 
 
 
175 aa  214  4e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112797  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2446  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  66.47 
 
 
175 aa  212  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.197703  hitchhiker  0.00284352 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1329  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  68.02 
 
 
178 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.918072  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1691  Outer membrane protein (OmpH-like)  66.47 
 
 
175 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.84956  normal  0.195364 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2036  OmpH/HlpA family outer membrane protein  72.92 
 
 
177 aa  210  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0642632  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1546  OmpH/HlpA family outer membrane protein  72.92 
 
 
177 aa  209  2e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.4107  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2573  OmpH/HlpA family outer membrane protein  72.92 
 
 
167 aa  209  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0450107  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2046  OmpH/HlpA family outer membrane protein  72.92 
 
 
177 aa  209  2e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.281485  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3265  OmpH/HlpA family outer membrane protein  72.92 
 
 
177 aa  209  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0197181  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2427  outer membrane protein  72.92 
 
 
168 aa  209  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136881  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2483  outer membrane protein  72.92 
 
 
168 aa  209  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.453843  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1318  OmpH/HlpA family outer membrane protein  72.92 
 
 
168 aa  209  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.533964  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1970  putative transmembrane protein  65.03 
 
 
169 aa  192  2e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206116  normal  0.145392 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2686  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  55.23 
 
 
168 aa  189  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.327298  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1232  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  56.77 
 
 
173 aa  185  3e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2576  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  56.77 
 
 
173 aa  185  3e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0793638 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1767  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  55.28 
 
 
168 aa  181  5.0000000000000004e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.294291  normal  0.0229206 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4939  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  54.6 
 
 
169 aa  181  5.0000000000000004e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0764013  normal  0.0629718 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1997  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  52.05 
 
 
174 aa  178  4e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0999432  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2169  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  52.91 
 
 
166 aa  175  3e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.641637  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1442  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  53.18 
 
 
175 aa  175  4e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.219895  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1832  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  56.85 
 
 
175 aa  172  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2841  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  63.64 
 
 
174 aa  171  5.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1447  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  55.03 
 
 
184 aa  165  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0516  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  53.66 
 
 
175 aa  163  1.0000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.547662 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1751  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  51.97 
 
 
156 aa  158  4e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00167678  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0794  putative outer membrane protein  52.56 
 
 
167 aa  155  3e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.31836 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2608  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  56.64 
 
 
180 aa  149  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3819  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  44.38 
 
 
170 aa  143  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0666  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  39.11 
 
 
175 aa  120  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.156148  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0817  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  39.05 
 
 
178 aa  116  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.242751  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1521  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  38.71 
 
 
167 aa  114  8.999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.854687 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1445  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  39.64 
 
 
172 aa  112  4.0000000000000004e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1488  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  41.45 
 
 
178 aa  100  8e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1277  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  36.02 
 
 
177 aa  98.6  5e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1168  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  39.88 
 
 
174 aa  97.8  8e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0685935  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1854  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  36.49 
 
 
176 aa  95.1  5e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2446  outer membrane protein OmpH, putative  37.01 
 
 
168 aa  87  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0885473  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0570  hypothetical protein  30.95 
 
 
166 aa  85.5  4e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0546  hypothetical protein  30.95 
 
 
166 aa  85.5  4e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1279  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  29.11 
 
 
165 aa  80.9  0.000000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000429908  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3152  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  29.75 
 
 
164 aa  80.9  0.000000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000722219  normal  0.0243335 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2626  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  29.11 
 
 
164 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00178513  normal  0.905788 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1638  outer membrane protein OmpH  33.05 
 
 
168 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2632  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  33.05 
 
 
165 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000020022  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2699  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  33.05 
 
 
165 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000309047  hitchhiker  0.00333472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2806  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  33.05 
 
 
165 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000137224  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1357  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.93 
 
 
165 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591306  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1563  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  29.11 
 
 
165 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000425102  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1459  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.22 
 
 
165 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000199693  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1454  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.22 
 
 
165 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167274  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1490  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.22 
 
 
165 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000751414  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2893  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.22 
 
 
168 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000148222  normal  0.601214 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2876  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.58 
 
 
165 aa  72  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195839  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3272  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.47 
 
 
166 aa  71.6  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000377724  hitchhiker  0.00131424 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1148  outer membrane protein OmpH  27.7 
 
 
168 aa  71.2  0.000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000604382  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0060  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.75 
 
 
176 aa  70.1  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2418  outer membrane protein  25.29 
 
 
171 aa  68.6  0.00000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0761  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.77 
 
 
172 aa  67.8  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00282241  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0716  periplasmic chaperone  31.17 
 
 
164 aa  67  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000710981  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2539  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  32.5 
 
 
165 aa  64.7  0.0000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2356  Outer membrane chaperone Skp (OmpH)  23.64 
 
 
173 aa  63.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0840  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  26.28 
 
 
171 aa  63.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1169  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.81 
 
 
178 aa  63.5  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1022  periplasmic chaperone  33.81 
 
 
165 aa  63.2  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0216507  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3426  periplasmic chaperone  33.81 
 
 
165 aa  63.2  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000698403  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1075  periplasmic chaperone  33.81 
 
 
165 aa  63.2  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000246284  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1453  outer membrane protein, OmpH family  27.81 
 
 
178 aa  63.5  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0170758  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3420  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.64 
 
 
171 aa  62.8  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3781  periplasmic chaperone  32.37 
 
 
176 aa  62.8  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000038296  hitchhiker  0.00155188 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3156  periplasmic chaperone  29.94 
 
 
165 aa  62  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.010992  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2267  outer membrane protein, putative  24.72 
 
 
172 aa  60.8  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2967  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.83 
 
 
170 aa  59.7  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.939427  normal  0.289934 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1492  hypothetical protein  25.16 
 
 
168 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0536  periplasmic chaperone  29.86 
 
 
165 aa  57.8  0.00000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.201411  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3971  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  29.41 
 
 
171 aa  57.8  0.00000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.0049551  normal  0.392772 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17170  hypothetical protein  24.53 
 
 
168 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3351  periplasmic chaperone  27.86 
 
 
165 aa  56.6  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00292396  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1371  outer membrane protein OmpH, putative  27.27 
 
 
177 aa  55.8  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000400708  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1849  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  28.99 
 
 
179 aa  56.2  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000011443  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1252  outer membrane protein  27.21 
 
 
171 aa  55.5  0.0000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000206392  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1121  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  22.93 
 
 
188 aa  55.1  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00845526 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2843  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  25.95 
 
 
178 aa  55.1  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4073  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  27.33 
 
 
167 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.158328 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1562  OmpH family outer membrane protein  23.6 
 
 
172 aa  53.9  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.341865  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1082  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  24.66 
 
 
192 aa  53.9  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1543  outer membrane protein OmpH, putative  26.28 
 
 
167 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.767097  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38900  Outer membrane chaperone Skp  25.79 
 
 
167 aa  53.5  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2230  outer membrane chaperone Skp (OmpH)  21.69 
 
 
179 aa  52.8  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>