193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0426 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0426  OmpW family protein  100 
 
 
306 aa  614  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0265216  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0411  OmpW family protein  95.8 
 
 
308 aa  528  1e-149  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0130302 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3516  OmpW family outer membrane protein  47.84 
 
 
276 aa  228  8e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.341116  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2593  OmpW family outer membrane protein  47.84 
 
 
276 aa  228  8e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.964687  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0026  OmpW family outer membrane protein  47.84 
 
 
276 aa  228  8e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000541983  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3131  OmpW family outer membrane protein  47.84 
 
 
276 aa  228  8e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3525  OmpW family outer membrane protein  47.84 
 
 
276 aa  228  8e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1962  OmpW family outer membrane protein  47.84 
 
 
276 aa  228  8e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3797  ompW family protein  47.84 
 
 
276 aa  228  8e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.00000000000517916  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3858  ompW family protein  47.84 
 
 
276 aa  228  8e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00164107  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3683  OmpW family protein  46.27 
 
 
274 aa  226  4e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000286443  unclonable  0.0000000000000106929 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0273  OmpW family outer membrane porin  45.88 
 
 
274 aa  225  7e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000012547  unclonable  0.000000709917 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3117  OmpW family outer membrane protein  47.45 
 
 
276 aa  225  8e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00001264  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3591  outer membrane protein OmpW  43.41 
 
 
286 aa  224  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.921403  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3410  OmpW family protein  45.88 
 
 
277 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000136478  normal  0.438926 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0291  OmpW family protein  46.27 
 
 
277 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000251819  unclonable  0.0000000000417391 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0214  OmpW family protein  45.49 
 
 
277 aa  218  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  unclonable  0.00000000000152591  unclonable  0.00000000000991303 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2795  OmpW  45.49 
 
 
277 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000134393  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0230  OmpW family protein  45.1 
 
 
277 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000579119  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0311  OmpW family protein  45.49 
 
 
277 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000300179  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0238  OmpW family protein  45.49 
 
 
277 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000000689668  unclonable  0.0000000000300165 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3443  OmpW  40.95 
 
 
282 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.021221  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0546  OmpW family protein  44.31 
 
 
274 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.768523 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1433  OmpW family outer membrane protein  46.27 
 
 
274 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5040  OmpW family protein  44.31 
 
 
274 aa  209  5e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.29501  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4515  OmpW family protein  44.31 
 
 
274 aa  209  5e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144856  normal  0.41171 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5178  OmpW family protein  43.53 
 
 
274 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0863874  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3265  OmpW  43.53 
 
 
274 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5103  OmpW family protein  43.53 
 
 
274 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2417  OmpW family protein  47.45 
 
 
274 aa  205  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.729819  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2023  OmpW family protein  47.06 
 
 
274 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0274896  normal  0.457638 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1875  OmpW family outer membrane protein  44.71 
 
 
290 aa  195  6e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.253498  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0901  OmpW family outer membrane protein  44.71 
 
 
290 aa  195  6e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2734  OmpW family outer membrane protein  44.71 
 
 
290 aa  195  6e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.355181  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3131  OmpW family outer membrane protein  44.71 
 
 
290 aa  195  6e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2010  OmpW family outer membrane protein  44.71 
 
 
274 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3168  OmpW family outer membrane protein  44.31 
 
 
290 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.815433  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3185  OmpW family outer membrane protein  44.31 
 
 
274 aa  192  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0684356  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1141  putative lipoprotein  35.29 
 
 
504 aa  176  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.917542  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1731  OmpW family outer membrane protein  34.56 
 
 
498 aa  176  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1003  hypothetical protein  34.56 
 
 
277 aa  175  7e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0288  putative lipoprotein  34.56 
 
 
498 aa  175  7e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0277  putative lipoprotein  34.56 
 
 
498 aa  175  7e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.561631  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1815  OmpW family outer membrane protein  34.56 
 
 
498 aa  175  7e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.198724  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1319  putative lipoprotein  34.56 
 
 
498 aa  175  7e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.598416  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1835  OmpW family protein  35.9 
 
 
463 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.306199  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4176  OmpW  35.9 
 
 
464 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.504746  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3327  OmpW family protein  35.9 
 
 
464 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.406945  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4190  OmpW family protein  35.9 
 
 
464 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.375006 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3378  OmpW  38.46 
 
 
241 aa  159  6e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.68852  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3221  OmpW family protein  36.69 
 
 
239 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3545  OmpW family protein  36.29 
 
 
239 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.506265 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3350  putative outer membrane W signal peptide protein  37.65 
 
 
241 aa  146  5e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.539621  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3526  outer membrane protein OmpW  37.1 
 
 
241 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2349  OmpW family protein  31.78 
 
 
382 aa  133  3.9999999999999996e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.306712 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2738  OmpW family outer membrane protein  33.06 
 
 
243 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3720  OmpW family outer membrane protein  33.06 
 
 
243 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764905  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3214  OmpW family outer membrane protein  33.06 
 
 
243 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2789  OmpW family outer membrane protein  33.06 
 
 
243 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1765  OmpW family outer membrane protein  33.06 
 
 
243 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3692  ompW family protein  33.06 
 
 
243 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3750  ompW family protein  33.06 
 
 
243 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2401  putative outer membrane protein  31.3 
 
 
371 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.675922 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5082  OmpW  36.44 
 
 
241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133195  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4400  OmpW family protein  36.44 
 
 
241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5778  OmpW family protein  36.44 
 
 
241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.923655 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3016  OmpW family outer membrane protein  32.64 
 
 
243 aa  125  7e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3593  OmpW family protein  33.2 
 
 
241 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0192087  hitchhiker  0.00000065316 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2790  OmpW family protein  33.06 
 
 
240 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.888162  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0363  OmpW family outer membrane porin  31.45 
 
 
241 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.814411  normal  0.160886 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3497  OmpW family protein  34.4 
 
 
243 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.650104  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0303  OmpW family protein  34.4 
 
 
243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.128048  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0989  OmpW family protein  31.87 
 
 
241 aa  116  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3528  OmpW family protein  32.26 
 
 
246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.489275  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3509  OmpW family protein  31.98 
 
 
246 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.694204  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2707  OmpW  30.82 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0259344  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0400  OmpW family protein  30.82 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.869895  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0319  OmpW family protein  32.4 
 
 
243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.108332  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0328  OmpW family protein  32.4 
 
 
243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.73763 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0379  OmpW family protein  32 
 
 
243 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.736449  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5285  OmpW family protein  29.96 
 
 
245 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0319  OmpW  29.81 
 
 
233 aa  89.7  6e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.110155  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2000  outer membrane protein W  26.43 
 
 
210 aa  86.3  5e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2299  outer membrane protein W  26.64 
 
 
210 aa  84  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3207  outer membrane protein W  31.1 
 
 
214 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000387398  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1392  outer membrane protein W  27.24 
 
 
215 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00591184  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2601  outer membrane protein W  28.29 
 
 
215 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000011484  decreased coverage  0.0000000556975 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2668  outer membrane protein W  28.29 
 
 
215 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000483878  normal  0.0120446 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2554  outer membrane protein W  30.14 
 
 
213 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.030228  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01230  outer membrane protein W  26.34 
 
 
212 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2392  OmpW family protein  26.34 
 
 
212 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.160177  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1876  outer membrane protein W  26.34 
 
 
212 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000262717 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01240  hypothetical protein  26.34 
 
 
212 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1365  outer membrane protein W  26.34 
 
 
212 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0200008  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2371  outer membrane protein W  26.34 
 
 
212 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.535822  hitchhiker  0.00000160145 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1596  outer membrane protein W  27.54 
 
 
212 aa  77.4  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.597068 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1859  outer membrane protein W  27.54 
 
 
212 aa  77.4  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2775  outer membrane protein W  32.06 
 
 
218 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00794049  decreased coverage  0.0000209029 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1922  outer membrane protein W  27.54 
 
 
212 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0854242  hitchhiker  0.00107444 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1864  outer membrane protein W  27.54 
 
 
212 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.904155 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>