235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2554 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2554  outer membrane protein W  100 
 
 		 213 aa  431  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.030228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1469  outer membrane protein W  84.65 
 
 		 215 aa  377  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000900043  hitchhiker  0.0000643724 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3207  outer membrane protein W  86.98 
 
 		 214 aa  374  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000387398  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1673  outer membrane protein W  82.24 
 
 		 214 aa  363  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2601  outer membrane protein W  82.79 
 
 		 215 aa  365  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000011484  decreased coverage  0.0000000556975 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2668  outer membrane protein W  82.79 
 
 		 215 aa  365  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000483878  normal  0.0120446 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1392  outer membrane protein W  80.93 
 
 		 215 aa  358  4e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00591184  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1490  outer membrane protein W  79.07 
 
 		 215 aa  350  7e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000649255  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2861  outer membrane protein W  79.44 
 
 		 214 aa  348  3e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00340553  unclonable  0.0000000000012731 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1485  outer membrane protein W  78.6 
 
 		 214 aa  342  4e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0850248  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1521  outer membrane protein W  78.6 
 
 		 214 aa  342  4e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00262855  normal  0.530215 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2787  outer membrane protein W  77.67 
 
 		 215 aa  340  1e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0424619  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1371  outer membrane protein W  75.12 
 
 		 213 aa  319  1.9999999999999998e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0573693 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2589  outer membrane protein W  68.69 
 
 		 214 aa  310  7.999999999999999e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000746821  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2775  outer membrane protein W  71.1 
 
 		 218 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00794049  decreased coverage  0.0000209029 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1334  outer membrane protein W  67.44 
 
 		 215 aa  299  3e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000150593  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2000  outer membrane protein W  61.5 
 
 		 210 aa  264  8e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2180  outer membrane protein W  60.09 
 
 		 210 aa  263  1e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.41802  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2299  outer membrane protein W  61.5 
 
 		 210 aa  261  4.999999999999999e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1939  outer membrane protein W  60.56 
 
 		 210 aa  256  1e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.940404  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2049  outer membrane protein W  56.34 
 
 		 211 aa  247  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1940  outer membrane protein W  56.34 
 
 		 211 aa  246  2e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.218273  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2322  outer membrane protein W  56.34 
 
 		 211 aa  246  2e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2283  outer membrane protein W  55.61 
 
 		 211 aa  239  2e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000903  outer membrane protein W precursor  53.7 
 
 		 214 aa  233  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1876  outer membrane protein W  51.87 
 
 		 212 aa  229  2e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000262717 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01230  outer membrane protein W  51.87 
 
 		 212 aa  229  3e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2392  OmpW family protein  51.87 
 
 		 212 aa  229  3e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.160177  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2371  outer membrane protein W  51.87 
 
 		 212 aa  229  3e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.535822  hitchhiker  0.00000160145 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1365  outer membrane protein W  51.87 
 
 		 212 aa  229  3e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0200008  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01240  hypothetical protein  51.87 
 
 		 212 aa  229  3e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2674  outer membrane protein W  53.67 
 
 		 223 aa  228  4e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000169515 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06904  outer membrane protein W  53.02 
 
 		 213 aa  226  3e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0370  outer membrane protein W  52.51 
 
 		 217 aa  224  7e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1414  outer membrane protein W  50.93 
 
 		 212 aa  224  1e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0785515  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1743  outer membrane protein W  50.93 
 
 		 212 aa  223  1e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000820415  hitchhiker  0.000840764 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1425  outer membrane protein W  50.93 
 
 		 212 aa  223  1e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0528971  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1236  OmpW family protein  52.86 
 
 		 203 aa  218  6e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1596  outer membrane protein W  50.47 
 
 		 212 aa  216  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.597068 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1859  outer membrane protein W  50.47 
 
 		 212 aa  216  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1414  outer membrane protein W  50.47 
 
 		 212 aa  215  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.157023  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1922  outer membrane protein W  50.47 
 
 		 212 aa  214  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0854242  hitchhiker  0.00107444 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1864  outer membrane protein W  50.47 
 
 		 212 aa  214  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.904155 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00029  outer membrane protein OmpW  51.32 
 
 		 224 aa  207  7e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.25785  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0700  OmpW family protein  51.42 
 
 		 202 aa  203  2e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.496076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4473  OmpW  47.81 
 
 		 228 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0679  outer membrane protein OmpW  50.24 
 
 		 228 aa  192  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0030  OmpW  45.18 
 
 		 227 aa  190  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1265  outer membrane protein precursor  45.16 
 
 		 209 aa  186  3e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000128049  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3873  OmpW family protein  47.83 
 
 		 227 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.627912 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06610  OmpW family outer membrane porin  41.82 
 
 		 226 aa  176  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06590  OmpW family outer membrane porin  41.82 
 
 		 224 aa  176  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1035  outer membrane protein OprG precursor  40.52 
 
 		 232 aa  175  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11270  outer membrane protein OprG precursor  40.52 
 
 		 232 aa  175  6e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0549  OmpW family protein  46.57 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.742148 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2534  outer membrane protein W  44.34 
 
 		 218 aa  170  1e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5029  OmpW  45.02 
 
 		 232 aa  169  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0539  OmpW family protein  45.54 
 
 		 227 aa  167  9e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0504  OmpW family protein  45.05 
 
 		 227 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00488825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0557  OmpW family protein  44.06 
 
 		 227 aa  162  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.841642  normal  0.443014 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0029  OmpW family outer membrane protein  41.74 
 
 		 237 aa  162  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0915  OmpW family protein  41.36 
 
 		 217 aa  158  6e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3824  OmpW family protein  40.65 
 
 		 237 aa  156  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1086  OmpW family protein  41.05 
 
 		 216 aa  148  5e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.832301 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0238  OmpW  39.81 
 
 		 209 aa  145  4.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1169  OmpW family protein  40.86 
 
 		 201 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.122792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2507  outer membrane protein  40.86 
 
 		 203 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0804612  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1299  OmpW family protein  38.39 
 
 		 202 aa  125  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0529248  normal  0.202577 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0976  OmpW family protein  37.14 
 
 		 210 aa  125  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591363 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3220  OmpW family protein  38.02 
 
 		 209 aa  122  4e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.185502  normal  0.270879 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0194  OmpW  35.89 
 
 		 227 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0595  OmpW family protein  37.31 
 
 		 206 aa  120  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.761797  hitchhiker  0.00324214 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0627  OmpW  35.68 
 
 		 219 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000035393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4836  OmpW family protein  36.32 
 
 		 204 aa  114  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3636  OmpW family protein  40.25 
 
 		 211 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.779637  normal  0.905473 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4566  OmpW family protein  32.85 
 
 		 230 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2313  OmpW family protein  35.56 
 
 		 222 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.742705  normal  0.203031 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0979  OmpW family protein  33.33 
 
 		 223 aa  111  9e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0734  OmpW  37.44 
 
 		 200 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2012  OmpW family protein  39.51 
 
 		 200 aa  109  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1946  OmpW family outer membrane porin  33.33 
 
 		 218 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000112582  normal  0.916389 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3378  OmpW  32.64 
 
 		 241 aa  107  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.68852  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1823  OmpW family protein  34.01 
 
 		 209 aa  107  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00219711  hitchhiker  0.000000160297 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5426  OmpW  32.52 
 
 		 216 aa  105  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.73158  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0116  OmpW family protein  37.17 
 
 		 198 aa  105  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0772399 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3286  OmpW family protein  31.98 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.208435  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5886  OmpW family outer membrane protein  34.09 
 
 		 245 aa  103  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1585  OmpW family protein  34.26 
 
 		 195 aa  103  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2289  OmpW family protein  34.26 
 
 		 195 aa  103  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.473084  normal  0.0354952 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0567  OmpW family protein  32.26 
 
 		 208 aa  102  6e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.898209  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0564  OmpW family protein  32.26 
 
 		 208 aa  101  7e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3350  putative outer membrane W signal peptide protein  35.68 
 
 		 241 aa  100  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.539621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2127  OmpW family outer membrane protein  34.07 
 
 		 214 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.767621  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1304  OmpW family outer membrane protein  35.27 
 
 		 214 aa  99.8  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.115603  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2273  OmpW family outer membrane protein  35.27 
 
 		 214 aa  99.8  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.155378  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2182  OmpW family outer membrane protein  35.27 
 
 		 214 aa  99.8  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.556  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0363  OmpW family outer membrane porin  33.2 
 
 		 241 aa  99.4  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.814411  normal  0.160886 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3800  outer membrane protein  33.48 
 
 		 233 aa  99.4  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.550263  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0104  OmpW family outer membrane protein  35.27 
 
 		 214 aa  99.8  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1791  OmpW family outer membrane protein  35.27 
 
 		 214 aa  99.8  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.363185  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>