More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3696 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3696  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 149 aa  298  1e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1255  TonB system transport protein ExbD type-1  49.69 
 
 		 169 aa  134  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.51439  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0234  TonB system transport protein ExbD  52.55 
 
 		 177 aa  130  6e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0204  biopolymer transport protein ExbD  51.16 
 
 		 141 aa  128  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2995  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.94 
 
 		 142 aa  127  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.310145  normal  0.213252 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5355  biopolymer transport protein ExbD  52.63 
 
 		 142 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610359  normal  0.681563 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0068  TonB system transport protein ExbD  50 
 
 		 141 aa  127  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1147  TonB system transport protein ExbD type-1  49.64 
 
 		 141 aa  125  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103894  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5307  biopolymer transport protein ExbD  51.88 
 
 		 142 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.153689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5216  biopolymer transport protein ExbD  51.88 
 
 		 142 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0825  TonB system transport protein ExbD  50.72 
 
 		 153 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.027584 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.91 
 
 		 141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25042  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0166  biopolymer transport protein ExbD  51.88 
 
 		 142 aa  124  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0981914 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10620  TonB system transport protein ExbD  50 
 
 		 141 aa  125  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.160821  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4274  TonB system transport protein ExbD type-1  50.36 
 
 		 164 aa  124  6e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0093154 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1242  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.78 
 
 		 146 aa  123  7e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0853044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1656  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.32 
 
 		 151 aa  123  7e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0748  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.05 
 
 		 152 aa  123  7e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1667  TonB system transport protein ExbD  54.68 
 
 		 164 aa  123  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1613  TonB system transport protein ExbD  54.68 
 
 		 164 aa  123  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5983  TonB system transport protein ExbD  44.59 
 
 		 155 aa  122  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.241351  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4541  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.85 
 
 		 142 aa  121  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1981  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.31 
 
 		 157 aa  120  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0594702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2419  TonB system transport protein ExbD  53.23 
 
 		 145 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3640  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.83 
 
 		 150 aa  119  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4003  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.08 
 
 		 145 aa  118  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2039  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.72 
 
 		 156 aa  118  3e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.827879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3309  TonB system transport protein ExbD  52.94 
 
 		 141 aa  118  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.537817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0704  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.72 
 
 		 156 aa  117  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.486388 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4650  TonB system transport protein ExbD  47.14 
 
 		 145 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.404384 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  52.1 
 
 		 139 aa  117  7e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5556  biopolymer transport protein ExbD  48.18 
 
 		 142 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0921  biopolymer transport protein, ExbD  51.91 
 
 		 141 aa  115  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284427  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  46.72 
 
 		 143 aa  115  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1433  TonB system transport protein ExbD  53.39 
 
 		 145 aa  115  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584969  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  46.72 
 
 		 143 aa  115  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  46.72 
 
 		 143 aa  115  3e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  46.15 
 
 		 142 aa  114  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0937  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.09 
 
 		 145 aa  113  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  47.93 
 
 		 141 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0374  TonB system transport protein ExbD type-1  44.27 
 
 		 141 aa  110  7.000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  48.03 
 
 		 141 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0389  biopolymer transport protein ExbD  47.11 
 
 		 141 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.627769  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  47.24 
 
 		 141 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  47.24 
 
 		 141 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  47.24 
 
 		 141 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  47.24 
 
 		 141 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  47.24 
 
 		 141 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  47.24 
 
 		 141 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  47.24 
 
 		 141 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  47.24 
 
 		 141 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  45.74 
 
 		 141 aa  108  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  47.5 
 
 		 139 aa  109  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2358  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.21 
 
 		 145 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  47.24 
 
 		 141 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  47.24 
 
 		 141 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  47.24 
 
 		 141 aa  108  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  47.24 
 
 		 141 aa  108  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  47.24 
 
 		 141 aa  108  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2229  inner membrane protein  43.85 
 
 		 141 aa  107  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.243191  normal  0.205918 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0726  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.53 
 
 		 187 aa  103  8e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.15869  normal  0.498503 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1132  TonB system transport protein ExbD  46.61 
 
 		 157 aa  100  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0174  TonB system transport protein ExbD  37.12 
 
 		 152 aa  99.8  1e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1308  biopolymer transport exbD protein  44.44 
 
 		 151 aa  95.9  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.47684  normal  0.431843 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1516  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.07 
 
 		 156 aa  95.1  3e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.890263  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3544  biopolymer transport protein ExbD  44 
 
 		 156 aa  95.1  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1268  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.65 
 
 		 156 aa  92.8  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0930334  normal  0.120494 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2306  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.65 
 
 		 156 aa  92.8  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.426715  normal  0.290697 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3966  TonB system transport protein ExbD  45 
 
 		 149 aa  92.8  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3332  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.86 
 
 		 150 aa  92  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.156003  normal  0.605878 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.62 
 
 		 144 aa  89.7  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.17 
 
 		 149 aa  88.6  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0300188 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0173  biopolymer ExbD/TolR family transporter  34.51 
 
 		 136 aa  84  6e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.311198  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  38.14 
 
 		 147 aa  83.2  0.000000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2719  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.18 
 
 		 151 aa  82  0.000000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.746273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.5 
 
 		 149 aa  82  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 		 166 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3514  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.34 
 
 		 151 aa  79  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262132  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.39 
 
 		 147 aa  76.6  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.45 
 
 		 149 aa  76.3  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  34.45 
 
 		 150 aa  75.5  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  36 
 
 		 146 aa  75.5  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2629  biopolymer transport TolR  33.61 
 
 		 149 aa  75.9  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1109  biopolymer transport TolR  41.67 
 
 		 134 aa  75.9  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00176605  normal  0.311844 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  38.33 
 
 		 152 aa  76.3  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  34.45 
 
 		 150 aa  75.5  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1216  biopolymer transport TolR  34.45 
 
 		 150 aa  74.7  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  36.23 
 
 		 152 aa  74.3  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.93 
 
 		 137 aa  74.3  0.0000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3389  protein TolR  38.39 
 
 		 145 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.436196  normal  0.250194 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0527  protein TolR  35.07 
 
 		 155 aa  73.2  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3166  protein TolR  38.79 
 
 		 158 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0856  protein TolR  40 
 
 		 157 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3630  biopolymer ExbD/TolR family transporter  34.27 
 
 		 146 aa  72.4  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3619  protein TolR  32.77 
 
 		 152 aa  72.8  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4434  protein TolR  38.39 
 
 		 147 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620039  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2367  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.79 
 
 		 162 aa  72.8  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0197  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.1 
 
 		 145 aa  71.6  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.058797  normal  0.711097 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0746  protein TolR  37.5 
 
 		 148 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0330  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.3 
 
 		 173 aa  70.9  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.175992  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>