More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2024 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_2024  FeS assembly protein SufD  100 
 
 
444 aa  905  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.554026  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0174  FeS assembly protein SufD  41.73 
 
 
441 aa  340  4e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  9.08978e-08 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5779  FeS assembly protein SufD  38.37 
 
 
439 aa  322  9e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0976  iron-regulated ABC transporter, membrane-spanning permease  40.44 
 
 
425 aa  316  5e-85  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.307053  normal  0.223995 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2488  FeS assembly protein SufD  39.61 
 
 
446 aa  303  4e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04460  FeS assembly protein SufD  35.02 
 
 
437 aa  294  2e-78  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.934772  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0242  hypothetical protein  35.7 
 
 
439 aa  292  9e-78  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1237  FeS assembly protein SufD  36.24 
 
 
433 aa  288  9e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3353  FeS assembly protein SufD  38.27 
 
 
439 aa  283  6e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4271  FeS assembly protein SufD  37.23 
 
 
447 aa  276  6e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.707837  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1235  FeS assembly protein SufD  36.38 
 
 
445 aa  275  9e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.722398  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3038  FeS assembly protein SufD  36.69 
 
 
436 aa  274  2e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0292386 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1862  FeS assembly protein SufD  37.76 
 
 
442 aa  264  3e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1446  SufD  33.8 
 
 
426 aa  264  3e-69  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1513  FeS assembly protein SufD  33.18 
 
 
426 aa  263  4e-69  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1180  FeS assembly protein SufD  31.25 
 
 
438 aa  263  5e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0698  FeS assembly protein SufD  35.24 
 
 
440 aa  262  1e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2571  FeS assembly protein SufD  38 
 
 
447 aa  257  3e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.993498  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0654  hypothetical protein  34.39 
 
 
428 aa  255  1e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0259  hypothetical protein  31.48 
 
 
447 aa  254  2e-66  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0638  hypothetical protein  33.72 
 
 
428 aa  251  1e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1506  FeS assembly protein SufD  32.08 
 
 
475 aa  251  3e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.187123  normal  0.203513 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0727  FeS assembly protein SufD  35.54 
 
 
441 aa  243  7e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1416  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  34.83 
 
 
439 aa  239  5e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.199083  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0891  FeS assembly protein SufD  37.94 
 
 
439 aa  239  9e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1897  FeS assembly protein SufD  38.16 
 
 
454 aa  238  1e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3260  FeS assembly protein SufD  35.55 
 
 
437 aa  238  2e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.854773 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0845  FeS assembly protein SufD  37.44 
 
 
437 aa  238  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.431893  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0895  FeS assembly protein SufD  36.41 
 
 
437 aa  237  4e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3153  FeS assembly protein SufD  34.38 
 
 
428 aa  234  2e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4357  FeS assembly protein SufD  32.85 
 
 
453 aa  234  2e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.352914 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4731  FeS assembly protein SufD  32.94 
 
 
454 aa  230  3e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0428  FeS assembly protein SufD  33.96 
 
 
455 aa  225  1e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0417  FeS assembly protein SufD  33.96 
 
 
455 aa  225  1e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0905  FeS assembly protein SufD  33.8 
 
 
437 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.915641 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3443  FeS assembly protein SufD  35.8 
 
 
451 aa  222  9e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  hitchhiker  7.88125e-08 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4467  FeS assembly protein SufD  35.84 
 
 
446 aa  216  5e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0100  FeS assembly protein SufD  33.26 
 
 
444 aa  216  9e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.993052 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0537  FeS assembly protein SufD  32.44 
 
 
445 aa  214  3e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5929  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  33.82 
 
 
441 aa  212  9e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2326  FeS assembly protein SufD  33.74 
 
 
441 aa  212  1e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.254342  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1662  FeS assembly protein SufD  36.02 
 
 
440 aa  209  6e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.1269  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0086  FeS assembly protein SufD  33.84 
 
 
446 aa  209  8e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902249  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0798  FeS assembly protein SufD  31.96 
 
 
448 aa  209  9e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0472  FeS assembly protein SufD  29.5 
 
 
450 aa  206  6e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337092  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0990  FeS assembly protein SufD  33.84 
 
 
434 aa  205  1e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3311  FeS assembly protein SufD  35.6 
 
 
430 aa  205  2e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0379424 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1697  FeS assembly protein SufD  32.52 
 
 
434 aa  202  1e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0426  FeS assembly protein SufD  33.25 
 
 
454 aa  201  2e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0693377 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0581  FeS assembly protein SufD  31.41 
 
 
434 aa  198  2e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.19168  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1737  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  33.33 
 
 
442 aa  195  1e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1194  FeS assembly protein SufD  29.87 
 
 
426 aa  193  6e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0412715  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5846  FeS assembly protein SufD  33.85 
 
 
439 aa  192  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00798373  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3979  FeS assembly protein SufD  31.86 
 
 
440 aa  190  4e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.557806  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4347  FeS assembly protein SufD  31.86 
 
 
440 aa  190  4e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.964279 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2744  FeS assembly protein SufD  32.75 
 
 
437 aa  190  5e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3282  FeS assembly protein SufD  33.33 
 
 
467 aa  189  6e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.534903  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4459  FeS assembly protein SufD  32.67 
 
 
440 aa  189  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.2712 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2359  SufBD protein  33.42 
 
 
427 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.421889  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0697  SufBD protein  32.75 
 
 
440 aa  188  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0893866 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2838  FeS assembly protein SufD  31.02 
 
 
459 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0458271  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1626  sufD  33.76 
 
 
427 aa  187  4e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00443555 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2447  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.06 
 
 
448 aa  186  1e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0918237  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5107  FeS assembly protein SufD  33.17 
 
 
439 aa  185  1e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0193182 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1606  FeS assembly protein SufD  34.13 
 
 
448 aa  183  5e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0238755 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2458  FeS assembly protein SufD  32.66 
 
 
437 aa  183  6e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.833793  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2270  FeS assembly protein SufD  32.41 
 
 
399 aa  182  1e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3968  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  32.25 
 
 
440 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.287239  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3967  SufBD protein  31.59 
 
 
448 aa  179  6e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.835948  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0168  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  30.6 
 
 
453 aa  179  7e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2749  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.3 
 
 
448 aa  179  8e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0636938  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4170  FeS assembly protein SufD  29.98 
 
 
445 aa  179  1e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2182  FeS assembly protein SufD  28.64 
 
 
430 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00372384  hitchhiker  0.000585375 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1346  FeS assembly protein SufD  27.96 
 
 
419 aa  178  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.641587  hitchhiker  1.91252e-09 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1005  FeS assembly protein SufD  30.79 
 
 
435 aa  177  3e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.868893 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2991  FeS assembly protein SufD  31.77 
 
 
437 aa  177  4e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.109505 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01977  FeS assembly protein SufD  31.17 
 
 
420 aa  177  4e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.958218  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1799  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.33 
 
 
423 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.024835  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1485  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28.98 
 
 
423 aa  175  1e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  2.06713e-09 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1469  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  29.82 
 
 
423 aa  175  1e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.866432  normal  0.0690013 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1970  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  29.56 
 
 
423 aa  174  2e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  8.06248e-08 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1850  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  29.4 
 
 
441 aa  174  2e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0513191  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2091  SufBD protein  33.5 
 
 
427 aa  173  7e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.781657 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01359  Cysteine desulfurase activator SufB  27.42 
 
 
418 aa  172  8e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.043139  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1504  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  29.82 
 
 
423 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.429921  hitchhiker  3.49756e-08 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2591  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28.61 
 
 
441 aa  171  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0781  FeS assembly protein SufD  28.24 
 
 
444 aa  171  2e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0590112  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1697  FeS assembly protein SufD  29.9 
 
 
430 aa  171  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.294615  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1246  SufBD  33.51 
 
 
426 aa  171  3e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0727  FeS assembly protein SufD  29.8 
 
 
422 aa  170  6e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5393  FeS assembly protein SufD  32.54 
 
 
420 aa  168  2e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0816  ABC transporter membrane protein  29.61 
 
 
422 aa  167  3e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1744  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28.89 
 
 
441 aa  164  2e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000189062  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0998  FeS assembly protein SufD  31.06 
 
 
420 aa  163  7e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.364227  normal  0.129171 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0812  FeS assembly protein SufD  26.39 
 
 
421 aa  162  8e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0156327  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1466  FeS assembly protein SufD  29.59 
 
 
425 aa  161  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.269271  normal  0.0505489 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2358  SufBD  32.15 
 
 
430 aa  160  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.14407 
 
 
-
 
NC_004310  BR0933  hypothetical protein  28.85 
 
 
425 aa  158  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.478935  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1763  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  27.76 
 
 
423 aa  157  3e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.182167  hitchhiker  3.15224e-05 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2104  FeS assembly protein SufD  28.14 
 
 
424 aa  157  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.111297 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>