More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4404 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4404  winged helix family two component transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  436  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.656013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4694  two component transcriptional regulator  94.06 
 
 		 221 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.73278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5304  two component transcriptional regulator, winged helix family  88.43 
 
 		 221 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4932  two component transcriptional regulator  81.65 
 
 		 221 aa  358  5e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.202515 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1885  two component transcriptional regulator  74.07 
 
 		 221 aa  328  3e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5573  two component transcriptional regulator  68.98 
 
 		 221 aa  308  5.9999999999999995e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.106335 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6194  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.35 
 
 		 222 aa  276  1e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3156  two component transcriptional regulator  59.35 
 
 		 220 aa  257  9e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0570697 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3511  two component transcriptional regulator  59.35 
 
 		 220 aa  256  1e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.346117  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4595  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.18 
 
 		 224 aa  251  8.000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4114  response regulator receiver  58.45 
 
 		 221 aa  251  9.000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4482  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.45 
 
 		 221 aa  251  9.000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1660  two component transcriptional regulator  60.28 
 
 		 227 aa  250  1e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  58.72 
 
 		 222 aa  250  1e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0434  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.14 
 
 		 236 aa  249  2e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.569156 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.41 
 
 		 225 aa  249  3e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  57.41 
 
 		 225 aa  248  4e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.41 
 
 		 225 aa  248  4e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  56.48 
 
 		 225 aa  247  1e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.94 
 
 		 223 aa  246  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  55.66 
 
 		 224 aa  246  2e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  54.84 
 
 		 223 aa  245  3e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.84 
 
 		 224 aa  245  3e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  55.14 
 
 		 225 aa  244  6e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  54.84 
 
 		 224 aa  244  6e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.01 
 
 		 223 aa  243  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  53.92 
 
 		 224 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  54.38 
 
 		 257 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  56.54 
 
 		 220 aa  241  5e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.02 
 
 		 225 aa  241  6e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  56.07 
 
 		 223 aa  241  6e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  54.21 
 
 		 223 aa  240  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  55.09 
 
 		 227 aa  240  1e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  53 
 
 		 223 aa  239  2e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  54.67 
 
 		 222 aa  239  2e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  53.92 
 
 		 221 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  55.61 
 
 		 221 aa  238  6.999999999999999e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  53.27 
 
 		 225 aa  236  2e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  52.8 
 
 		 230 aa  233  1.0000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0428  transcriptional regulator FeuP  52.07 
 
 		 221 aa  232  3e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.461578  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  51.4 
 
 		 229 aa  231  5e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0604  DNA-binding response regulator  51.4 
 
 		 229 aa  231  8.000000000000001e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2228  two component transcriptional regulator  56.94 
 
 		 235 aa  229  3e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3896  two component transcriptional regulator  56.54 
 
 		 226 aa  226  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.253425  normal  0.177785 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1830  two component transcriptional regulator  54.38 
 
 		 229 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000334727  normal  0.705517 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0928  two component transcriptional regulator  55.05 
 
 		 223 aa  224  8e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3176  two component transcriptional regulator  55.76 
 
 		 223 aa  223  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.987704  normal  0.0233237 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4805  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.59 
 
 		 221 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.744128  normal  0.758745 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003784  two-component system response regulator QseB  48.6 
 
 		 219 aa  217  1e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000147394  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  49.09 
 
 		 229 aa  215  4e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02658  hypothetical protein  48.6 
 
 		 219 aa  215  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1244  DNA-binding response regulator  47.2 
 
 		 219 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000551267  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4083  two component transcriptional regulator  53.92 
 
 		 223 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.193454 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4326  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.45 
 
 		 222 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0885545 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3765  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.23 
 
 		 219 aa  211  7.999999999999999e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.757734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3431  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.27 
 
 		 223 aa  209  3e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.866455  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5099  two component transcriptional regulator  52.34 
 
 		 223 aa  208  5e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.620422  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0357  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 219 aa  206  2e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1979  putative transcriptional regulator  46.26 
 
 		 219 aa  205  3e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0239  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 219 aa  205  4e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0242  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 219 aa  205  4e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0282  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  48.17 
 
 		 230 aa  205  4e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0932199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3303  response regulator receiver protein  49.54 
 
 		 224 aa  205  4e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.206004 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0239  two component transcriptional regulator  49.3 
 
 		 219 aa  204  6e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0245  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.77 
 
 		 219 aa  205  6e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117592 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  47.71 
 
 		 231 aa  204  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1585  two component transcriptional regulator  47.22 
 
 		 220 aa  204  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.346975  normal  0.0159834 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1311  two component transcriptional regulator  47.22 
 
 		 220 aa  204  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.821017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0202  two component response regulator  52.78 
 
 		 222 aa  202  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4487  DNA-binding response regulator  48.84 
 
 		 220 aa  201  6e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  45.87 
 
 		 224 aa  201  9.999999999999999e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5125  two component response regulator  45.87 
 
 		 222 aa  199  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0241  two component transcriptional regulator  47.91 
 
 		 220 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000169962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0240  two component transcriptional regulator  48.37 
 
 		 220 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000039366 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3817  two component transcriptional regulator  47.71 
 
 		 227 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000444115  decreased coverage  0.00121668 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3781  two component transcriptional regulator  48.37 
 
 		 220 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3908  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 		 227 aa  198  5e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000011766  normal  0.487109 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1132  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  46.33 
 
 		 227 aa  198  6e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1388  transcriptional regulatory protein PhoP  47.71 
 
 		 224 aa  197  7e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  47.71 
 
 		 231 aa  197  7.999999999999999e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4025  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 		 227 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3060  two component transcriptional regulator  48.62 
 
 		 223 aa  196  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3852  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 		 231 aa  196  3e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.15775  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29730  putative two-component response regulator  49.77 
 
 		 223 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1787  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 		 222 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.132601  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3337  two component response regulator  46.79 
 
 		 221 aa  195  6e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.986169  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2543  putative two-component response regulator  49.32 
 
 		 223 aa  194  6e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0177943  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2695  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 		 226 aa  194  7e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000581772  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  46.79 
 
 		 226 aa  194  7e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2347  winged helix family two component transcriptional regulator  47.49 
 
 		 222 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302018 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3349  two component transcriptional regulator  47.49 
 
 		 222 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3381  DNA-binding response regulator  47.03 
 
 		 222 aa  194  9e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.060909  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1947  two component transcriptional regulator  47.49 
 
 		 222 aa  194  9e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.421076  normal  0.0119241 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4240  two component transcriptional regulator  45.21 
 
 		 225 aa  193  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.735778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1841  two component transcriptional regulator  47.03 
 
 		 216 aa  192  2e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0207334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3212  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.12 
 
 		 222 aa  192  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0312  two component transcriptional regulator  46.51 
 
 		 221 aa  192  3e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1264  response regulator receiver  46.33 
 
 		 243 aa  192  4e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000227049  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1995  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 222 aa  192  5e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.21218 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3772  two component transcriptional regulator  45.7 
 
 		 222 aa  191  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.701851  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>