139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3497 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3497  urease accessory protein UreF  100 
 
 
288 aa  571  1e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.977341  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1868  urease accessory protein UreF  89.03 
 
 
237 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.113809  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4179  Urease accessory protein UreF  76.95 
 
 
240 aa  350  2e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3690  urease accessory protein UreF  77.73 
 
 
241 aa  347  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7006  urease accessory protein UreF  68.31 
 
 
240 aa  324  1e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.891807 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4159  urease accessory protein UreF  56.76 
 
 
309 aa  223  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896165  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3203  Urease accessory protein UreF  52.05 
 
 
224 aa  196  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3239  Urease accessory protein UreF  51.14 
 
 
238 aa  194  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.525319 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1702  Urease accessory protein UreF  51.12 
 
 
225 aa  194  2e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000278425 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3014  urease accessory protein UreF  52.05 
 
 
244 aa  193  3e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.347135  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2866  urease accessory protein UreF  49.77 
 
 
229 aa  186  3e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.669452  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1092  Urease accessory protein UreF  47.64 
 
 
239 aa  182  8e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.827823  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0381  urease accessory protein UreF  46.58 
 
 
214 aa  181  1e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11359  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0272  urease accessory protein UreF, putative  46.52 
 
 
228 aa  179  4e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2120  urease accessory protein UreF  48.62 
 
 
250 aa  177  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.481302  normal  0.0529683 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3303  Urease accessory protein UreF  49.1 
 
 
223 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.31623 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0337  urease accessory protein UreF, putative  45.29 
 
 
228 aa  174  2e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0286  putative urease accessory protein UreF  46.46 
 
 
232 aa  173  4e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1029  urease accessory protein UreF  43.42 
 
 
231 aa  170  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.185094 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3469  urease accessory protein  48.26 
 
 
230 aa  168  8e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2009  Urease accessory protein UreF  49.08 
 
 
231 aa  166  5e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1947  urease accessory protein UreF  45.41 
 
 
210 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0218708  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0303  urease accessory protein UreF  45.41 
 
 
210 aa  162  4e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3047  Urease accessory protein UreF  48.2 
 
 
223 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159294  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2378  urease accessory protein UreF  46.85 
 
 
223 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.173139 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2686  urease accessory protein UreF  44.14 
 
 
223 aa  153  3e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885864  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0991  urease accessory protein UreF  40.18 
 
 
210 aa  152  6e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3260  urease accessory protein UreF  42.34 
 
 
228 aa  143  3e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2362  putative urease accessory protein  39.91 
 
 
210 aa  141  1e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.875021 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1755  urease accessory protein UreF  35.62 
 
 
220 aa  117  2e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.10715  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1206  urease accessory protein UreF  43.3 
 
 
215 aa  117  2e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2303  urease accessory protein UreF  36.05 
 
 
230 aa  113  4e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4635  urease accessory protein UreF  33.33 
 
 
229 aa  109  5e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00483851  normal  0.066113 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2439  urease accessory protein UreF  33.48 
 
 
227 aa  108  8e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.280457  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1243  urease accessory protein UreF  32.86 
 
 
226 aa  107  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2267  Urease accessory protein UreF  33.33 
 
 
227 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000649784  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3106  Urease accessory protein UreF  33.2 
 
 
253 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0186  urease accessory protein UreF  34.7 
 
 
228 aa  102  8e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0223  urease accessory protein UreF  30.8 
 
 
221 aa  100  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1494  urease accessory protein UreF  35.27 
 
 
236 aa  100  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.36478  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0884  urease accessory protein UreF  32.63 
 
 
235 aa  100  2e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.782823  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3696  putative urease accessory protein UreF  35.87 
 
 
226 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.378168 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0751  urease accessory protein UreF  31.67 
 
 
232 aa  98.6  1e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09390  Urease accessory protein UreF  34.39 
 
 
224 aa  98.6  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2991  urease accessory protein UreF  33.93 
 
 
231 aa  97.8  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.901747  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0245  urease accessory protein UreF  33.18 
 
 
225 aa  97.1  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2841  urease accessory protein UreF  37.67 
 
 
224 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2996  urease accessory protein UreF  30.63 
 
 
232 aa  95.9  7e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0926  Urease accessory protein UreF  35.87 
 
 
226 aa  95.9  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0788  urease accessory protein UreF  37.33 
 
 
226 aa  95.5  8e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00891  Urease accessory protein UreF  32.26 
 
 
208 aa  95.1  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.42714  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2848  urease accessory protein UreF  37.21 
 
 
224 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1765  urease accessory protein UreF  31.62 
 
 
227 aa  95.1  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.858852  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0898  urease accessory protein UreF  37.79 
 
 
226 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4737  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0419  urease accessory protein UreF  37.79 
 
 
226 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.885315  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3407  urease accessory protein UreF  33.33 
 
 
225 aa  94.4  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.195199  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0868  urease accessory protein UreF  37.79 
 
 
226 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.947799  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2420  urease accessory protein UreF  36.7 
 
 
224 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0454768  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4247  Urease accessory protein UreF  33.33 
 
 
223 aa  94  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0777  urease accessory protein UreF  37.33 
 
 
226 aa  93.2  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4004  urease accessory protein UreF  37.33 
 
 
226 aa  92.4  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.471956 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1325  UreF  36.16 
 
 
224 aa  92.4  8e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0394  Urease accessory protein UreF  31.22 
 
 
227 aa  91.7  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3468  urease accessory protein UreF  31.74 
 
 
224 aa  91.7  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000115011  normal  0.208076 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1724  urease accessory protein UreF  31.34 
 
 
288 aa  91.3  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.616016  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2878  urease accessory protein UreF  30.26 
 
 
224 aa  90.9  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2492  urease accessory protein UreF  36.87 
 
 
226 aa  91.3  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3532  urease accessory protein UreF  35.09 
 
 
251 aa  91.3  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.510813  normal  0.516432 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1348  urease accessory protein UreF  34.32 
 
 
233 aa  90.5  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3660  urease accessory protein UreF  24.68 
 
 
232 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.098957  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1814  urease accessory protein UreF  28.7 
 
 
240 aa  87.8  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1425  urease accessory protein UreF  32.56 
 
 
228 aa  87.8  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0685  urease accessory protein UreF  24.32 
 
 
228 aa  87.4  3e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1070  urease accessory protein UreF  35.34 
 
 
250 aa  87.4  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0665  urease accessory protein UreF  33.64 
 
 
224 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.675417  normal  0.0233838 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2932  urease accessory protein UreF  36.74 
 
 
224 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.617644  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1476  Urease accessory protein UreF  27.43 
 
 
228 aa  85.9  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0566307  normal  0.716543 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0972  urease accessory protein UreF  33.77 
 
 
232 aa  85.5  8e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2262  urease accessory protein UreF  34.08 
 
 
226 aa  85.5  9e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.998709 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0664  urease accessory protein  36.91 
 
 
237 aa  84.3  2e-15  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0963  urease accessory protein UreF  31.8 
 
 
230 aa  84.7  2e-15  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0374203 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0997  urease accessory protein UreF  33.03 
 
 
230 aa  84.3  2e-15  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.371175  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3137  urease accessory protein  33.48 
 
 
236 aa  83.6  3e-15  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1180  urease accessory protein UreF  34.08 
 
 
238 aa  84  3e-15  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801104  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0721  urease accessory protein UreF  33.48 
 
 
236 aa  83.6  3e-15  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2059  urease accessory protein UreF  33.48 
 
 
236 aa  83.6  3e-15  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.917688  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2182  Urease accessory protein UreF  37.23 
 
 
229 aa  83.6  4e-15  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.349664  normal  0.124246 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3114  urease accessory protein UreF  33.48 
 
 
236 aa  83.6  4e-15  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.720901  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3078  urease accessory protein UreF  33.48 
 
 
236 aa  83.6  4e-15  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2555  urease accessory protein UreF  33.48 
 
 
226 aa  82.8  7e-15  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2186  urease accessory protein UreF  33.48 
 
 
226 aa  82.8  7e-15  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4833  urease accessory protein UreF  24.43 
 
 
228 aa  81.3  2e-14  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03460  urease accessory protein UreF  29.83 
 
 
238 aa  81.3  2e-14  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2252  urease accessory protein F  29.96 
 
 
223 aa  80.1  4e-14  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4416  Urease accessory protein UreF  26.82 
 
 
232 aa  80.1  4e-14  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3941  Urease accessory protein UreF  32.89 
 
 
259 aa  79.7  5e-14  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.552118  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4452  urease accessory protein UreF  33.64 
 
 
224 aa  79.3  6e-14  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4910  urease accessory protein UreF  32.72 
 
 
224 aa  79.7  6e-14  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0562  urease accessory protein UreF  35.29 
 
 
224 aa  79  8e-14  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.350599 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2769  Urease accessory protein UreF  27.57 
 
 
225 aa  78.2  2e-13  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>