114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3994 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3994  photosynthetic reaction center subunit M  100 
 
 
307 aa  623  1e-177  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0754193 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1717  photosynthetic reaction center subunit M  95.44 
 
 
307 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3749  photosynthetic reaction center subunit M  94.14 
 
 
307 aa  597  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.201417  hitchhiker  0.0015702 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1300  photosynthetic reaction center subunit M  89.14 
 
 
306 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6430  photosynthetic reaction center subunit M  77.92 
 
 
308 aa  503  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.864095  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2059  photosynthetic reaction center subunit M  73.44 
 
 
321 aa  466  1e-130  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281162 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2974  photosynthetic reaction center subunit M  73.44 
 
 
306 aa  460  1e-128  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0940818  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1604  photosynthetic reaction center subunit M  71.48 
 
 
323 aa  453  1e-126  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.16429  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3704  photosynthetic reaction center subunit M  71.25 
 
 
326 aa  441  1e-122  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0965867  hitchhiker  0.00123144 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2859  photosynthetic reaction center subunit M  72.08 
 
 
325 aa  439  1e-122  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2964  photosynthetic reaction center subunit M  71.75 
 
 
325 aa  439  1e-122  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.459774 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2737  photosynthetic reaction center subunit M  71.43 
 
 
325 aa  437  1e-121  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2811  photosynthetic reaction center subunit M  71.1 
 
 
326 aa  436  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.620792  normal  0.702385 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3524  photosynthetic reaction center subunit M  65.36 
 
 
330 aa  412  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157228  normal  0.60913 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0172  photosynthetic reaction center subunit M  63.7 
 
 
332 aa  405  1e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2029  photosynthetic reaction center subunit M  63.4 
 
 
308 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.995154  normal  0.889355 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1899  photosynthetic reaction center subunit M  63.73 
 
 
308 aa  384  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0489132  normal  0.475655 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0256  photosynthetic reaction center subunit M  63.73 
 
 
308 aa  384  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.186945  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1640  photosynthetic reaction center subunit M  51.52 
 
 
304 aa  270  3e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.761486  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3754  bifunctional photosynthetic reaction center subunit L/M  50.94 
 
 
641 aa  261  9e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0347506  hitchhiker  0.005487 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3268  bifunctional photosynthetic reaction center subunit L/M  50.57 
 
 
643 aa  260  2e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0578169 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3750  photosynthetic reaction center subunit L  34.6 
 
 
277 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.279579  hitchhiker  0.00154675 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3995  photosynthetic reaction center subunit L  33.84 
 
 
277 aa  145  6e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.118346  normal  0.0163614 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6431  photosynthetic reaction center subunit L  33.97 
 
 
281 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1299  photosynthetic reaction center subunit L  32.7 
 
 
277 aa  141  1e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1716  photosynthetic reaction center subunit L  33.08 
 
 
277 aa  140  2e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2975  photosynthetic reaction center subunit L  31.01 
 
 
276 aa  133  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151561  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2963  photosynthetic reaction center subunit L  31.4 
 
 
274 aa  129  5e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.446815 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2736  photosynthetic reaction center subunit L  31.4 
 
 
274 aa  129  5e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3523  photosynthetic reaction center subunit L  32.05 
 
 
279 aa  127  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382012  normal  0.348787 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2858  photosynthetic reaction center subunit L  30.62 
 
 
274 aa  126  4e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1605  photosynthetic reaction center subunit L  30.12 
 
 
276 aa  126  5e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2058  photosynthetic reaction center subunit L  29.46 
 
 
274 aa  126  5e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0167227 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3703  photosynthetic reaction center subunit L  30.23 
 
 
274 aa  126  6e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0461593  hitchhiker  0.00115696 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2812  photosynthetic reaction center subunit L  34.52 
 
 
274 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.314844  normal  0.517978 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0173  photosynthetic reaction center subunit L  31.8 
 
 
302 aa  123  5e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1639  photosynthetic reaction center subunit L  32.27 
 
 
311 aa  122  6e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0257  photosynthetic reaction center subunit L  33.2 
 
 
282 aa  120  2e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.141859  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1900  photosynthetic reaction center subunit L  33.2 
 
 
282 aa  120  2e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142793  normal  0.454885 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2030  photosynthetic reaction center subunit L  32.95 
 
 
282 aa  121  2e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.693336 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2974  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  28.88 
 
 
352 aa  62.8  8e-09  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0579  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  28.88 
 
 
352 aa  62.8  8e-09  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0317  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  29.41 
 
 
351 aa  61.6  2e-08  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.404544  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2375  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  29.41 
 
 
351 aa  61.6  2e-08  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.116163  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1992  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  29.41 
 
 
351 aa  61.6  2e-08  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0481037  normal  0.145245 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0668  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  29.41 
 
 
370 aa  61.6  2e-08  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.704102  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1242  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  29.41 
 
 
351 aa  61.2  2e-08  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.30805  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2512  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  29.41 
 
 
351 aa  61.2  2e-08  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  1.39889e-12  normal  0.112901 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5031  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  27.27 
 
 
352 aa  60.8  3e-08  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0218  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  27.27 
 
 
352 aa  60.8  3e-08  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00749598  normal  0.140739 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1230  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  29.41 
 
 
352 aa  60.5  4e-08  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  6.83761e-08  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3778  photosystem II D2 protein  28.34 
 
 
351 aa  59.7  6e-08  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  1.6634e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1059  photosystem II D2 protein  28.34 
 
 
351 aa  59.7  6e-08  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00303262  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0655  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  29.41 
 
 
352 aa  59.3  8e-08  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1637  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  29.41 
 
 
352 aa  59.3  8e-08  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.719245  normal  0.411385 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08431  photosystem II PsbD protein (D2)  25.1 
 
 
361 aa  58.2  2e-07  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1960  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  28.34 
 
 
352 aa  57  4e-07  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1987  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  28.34 
 
 
352 aa  57  4e-07  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  3.47488e-06  normal  0.0187293 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0056  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  28.34 
 
 
352 aa  57  4e-07  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0054  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  28.34 
 
 
352 aa  57  4e-07  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  3.10792e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0767  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  33.04 
 
 
358 aa  57  4e-07  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16071  photosystem II PsbD protein (D2)  33.04 
 
 
358 aa  57  4e-07  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0432746  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12331  photosystem II PsbD protein (D2)  33.05 
 
 
358 aa  55.8  8e-07  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.153207 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13491  photosystem II PsbD protein (D2)  31.36 
 
 
358 aa  55.8  9e-07  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13341  photosystem II PsbD protein (D2)  31.36 
 
 
358 aa  55.8  9e-07  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13241  photosystem II PsbD protein (D2)  31.36 
 
 
358 aa  55.8  9e-07  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0553037  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1256  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  31.36 
 
 
358 aa  55.8  9e-07  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.525439  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3216  photosystem q(b) protein  27.35 
 
 
354 aa  51.6  1e-05  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2904  photosystem q(b) protein  27.35 
 
 
354 aa  51.6  1e-05  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18681  hypothetical protein  26.5 
 
 
358 aa  51.6  2e-05  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.228862 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04091  photosystem II PsbA protein (D1)  26.5 
 
 
358 aa  51.6  2e-05  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0830  photosystem q(b) protein  26.5 
 
 
360 aa  50.8  3e-05  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00028698  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1652  photosystem q(b) protein  26.15 
 
 
360 aa  50.8  3e-05  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.390921  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3553  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  26.15 
 
 
360 aa  50.1  5e-05  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3850  photosystem q(b) protein  28.36 
 
 
356 aa  50.1  5e-05  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1597  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  26.15 
 
 
360 aa  50.1  5e-05  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  1.96706e-12  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2460  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  26.15 
 
 
360 aa  50.1  5e-05  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3899  photosystem q(b) protein  27.61 
 
 
356 aa  50.1  5e-05  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0661393  normal  0.162734 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02461  photosystem II PsbA protein (D1)  25.64 
 
 
360 aa  49.7  6e-05  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0943  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  26.15 
 
 
358 aa  49.7  7e-05  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4763  photosystem q(b) protein  26.5 
 
 
353 aa  49.3  8e-05  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0578222 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0183  photosystem q(b) protein  26.5 
 
 
353 aa  49.3  8e-05  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  9.80824e-06  normal  0.269801 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0182  photosystem q(b) protein  26.5 
 
 
353 aa  49.3  8e-05  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  8.57268e-05  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1389  photosystem q(b) protein  25.38 
 
 
360 aa  49.3  8e-05  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  unclonable  1.63699e-12  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0893  photosystem q(b) protein  25.38 
 
 
360 aa  49.3  8e-05  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  2.40892e-10  decreased coverage  0.000169599 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2041  photosystem q(b) protein  25.64 
 
 
356 aa  48.9  9e-05  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  2.21141e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1267  photosystem q(b) protein  25.64 
 
 
356 aa  48.9  9e-05  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  3.99793e-06  hitchhiker  0.00458282 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2016  photosystem q(b) protein  25.64 
 
 
356 aa  48.9  9e-05  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1237  photosystem q(b) protein  25.64 
 
 
356 aa  48.9  9e-05  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1042  photosystem q(b) protein  25.64 
 
 
358 aa  49.3  9e-05  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0424  photosystem q(b) protein  26.5 
 
 
360 aa  48.5  0.0001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2293  photosystem q(b) protein  25.64 
 
 
356 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.016566 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1049  photosystem q(b) protein  25.64 
 
 
356 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0115915 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0169  photosystem q(b) protein  25.64 
 
 
356 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0452427 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1706  photosystem q(b) protein  24.35 
 
 
362 aa  47.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.13247e-10 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1059  photosystem q(b) protein  26.5 
 
 
360 aa  48.1  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000514626 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1592  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  25.64 
 
 
360 aa  47.8  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.466002  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2138  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  25.64 
 
 
360 aa  47.8  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03031  hypothetical protein  25.64 
 
 
360 aa  47.8  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.235365  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15721  hypothetical protein  25.64 
 
 
360 aa  47.8  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.131507 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>