106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_1605 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008789  Hhal_1605  photosynthetic reaction center subunit L  100 
 
 
276 aa  554  1e-157  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3523  photosynthetic reaction center subunit L  79.12 
 
 
279 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382012  normal  0.348787 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2058  photosynthetic reaction center subunit L  79.56 
 
 
274 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0167227 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2736  photosynthetic reaction center subunit L  79.2 
 
 
274 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3703  photosynthetic reaction center subunit L  79.56 
 
 
274 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0461593  hitchhiker  0.00115696 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2858  photosynthetic reaction center subunit L  79.56 
 
 
274 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2963  photosynthetic reaction center subunit L  79.2 
 
 
274 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.446815 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0173  photosynthetic reaction center subunit L  75.82 
 
 
302 aa  427  1e-119  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2812  photosynthetic reaction center subunit L  79.2 
 
 
274 aa  408  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.314844  normal  0.517978 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1716  photosynthetic reaction center subunit L  69.2 
 
 
277 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2975  photosynthetic reaction center subunit L  67.39 
 
 
276 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151561  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6431  photosynthetic reaction center subunit L  68.35 
 
 
281 aa  398  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3750  photosynthetic reaction center subunit L  69.2 
 
 
277 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.279579  hitchhiker  0.00154675 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3995  photosynthetic reaction center subunit L  68.48 
 
 
277 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.118346  normal  0.0163614 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1299  photosynthetic reaction center subunit L  67.75 
 
 
277 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2030  photosynthetic reaction center subunit L  66.42 
 
 
282 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.693336 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0257  photosynthetic reaction center subunit L  66.41 
 
 
282 aa  334  1e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.141859  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1900  photosynthetic reaction center subunit L  66.41 
 
 
282 aa  334  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142793  normal  0.454885 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3754  bifunctional photosynthetic reaction center subunit L/M  42.55 
 
 
641 aa  217  2e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0347506  hitchhiker  0.005487 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3268  bifunctional photosynthetic reaction center subunit L/M  42.55 
 
 
643 aa  216  2.9999999999999998e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0578169 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1639  photosynthetic reaction center subunit L  41.43 
 
 
311 aa  208  7e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2974  photosynthetic reaction center subunit M  32.56 
 
 
306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0940818  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1604  photosynthetic reaction center subunit M  31.27 
 
 
323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.16429  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3524  photosynthetic reaction center subunit M  31.8 
 
 
330 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157228  normal  0.60913 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1717  photosynthetic reaction center subunit M  31.73 
 
 
307 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3994  photosynthetic reaction center subunit M  30.12 
 
 
307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0754193 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1300  photosynthetic reaction center subunit M  30.62 
 
 
306 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3749  photosynthetic reaction center subunit M  31.33 
 
 
307 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.201417  hitchhiker  0.0015702 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3704  photosynthetic reaction center subunit M  30.53 
 
 
326 aa  123  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0965867  hitchhiker  0.00123144 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2859  photosynthetic reaction center subunit M  32.23 
 
 
325 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2737  photosynthetic reaction center subunit M  31.82 
 
 
325 aa  119  6e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2964  photosynthetic reaction center subunit M  31.82 
 
 
325 aa  119  6e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.459774 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0256  photosynthetic reaction center subunit M  33.47 
 
 
308 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.186945  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1899  photosynthetic reaction center subunit M  33.47 
 
 
308 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0489132  normal  0.475655 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2029  photosynthetic reaction center subunit M  33.47 
 
 
308 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.995154  normal  0.889355 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2059  photosynthetic reaction center subunit M  29.84 
 
 
321 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281162 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2811  photosynthetic reaction center subunit M  31.4 
 
 
326 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.620792  normal  0.702385 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0172  photosynthetic reaction center subunit M  29.26 
 
 
332 aa  113  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1640  photosynthetic reaction center subunit M  29.8 
 
 
304 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.761486  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6430  photosynthetic reaction center subunit M  28.29 
 
 
308 aa  110  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.864095  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1583  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  27.43 
 
 
360 aa  55.8  0.0000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000169219  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3850  photosystem q(b) protein  28.36 
 
 
356 aa  54.3  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1706  photosystem q(b) protein  27.33 
 
 
362 aa  53.9  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000313247 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4121  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  28.25 
 
 
356 aa  53.5  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0216201 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3899  photosystem q(b) protein  26.87 
 
 
356 aa  52.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0661393  normal  0.162734 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2987  photosystem q(b) protein  27.33 
 
 
360 aa  52  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.231871  normal  0.863091 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3216  photosystem q(b) protein  26.16 
 
 
354 aa  50.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0579  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  22.65 
 
 
352 aa  50.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2974  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  22.65 
 
 
352 aa  50.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2904  photosystem q(b) protein  26.16 
 
 
354 aa  50.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1498  photosystem q(b) protein  26.14 
 
 
360 aa  49.3  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000298258  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0218  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  22.1 
 
 
352 aa  49.3  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00749598  normal  0.140739 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1059  photosystem q(b) protein  26.14 
 
 
360 aa  49.3  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000514626 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5031  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  22.1 
 
 
352 aa  49.3  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1597  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  24.86 
 
 
360 aa  48.5  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000196706  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2460  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  24.86 
 
 
360 aa  48.5  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3553  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  24.86 
 
 
360 aa  48.5  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1652  photosystem q(b) protein  26.59 
 
 
360 aa  47.8  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.390921  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0830  photosystem q(b) protein  26.59 
 
 
360 aa  47.8  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00028698  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1242  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  23.08 
 
 
351 aa  47.4  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.30805  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2512  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  23.08 
 
 
351 aa  47.4  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000139889  normal  0.112901 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1042  photosystem q(b) protein  27.17 
 
 
358 aa  47  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0182  photosystem q(b) protein  26.01 
 
 
353 aa  47.4  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.0000857268  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0183  photosystem q(b) protein  26.01 
 
 
353 aa  47.4  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.00000980824  normal  0.269801 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4763  photosystem q(b) protein  26.01 
 
 
353 aa  47.4  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0578222 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04091  photosystem II PsbA protein (D1)  26.01 
 
 
358 aa  47.4  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18681  hypothetical protein  26.01 
 
 
358 aa  47.4  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.228862 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0169  photosystem q(b) protein  25 
 
 
356 aa  47  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0452427 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1049  photosystem q(b) protein  25.57 
 
 
356 aa  47.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0115915 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2293  photosystem q(b) protein  25.57 
 
 
356 aa  47.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.016566 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2138  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  24.43 
 
 
360 aa  46.2  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02461  photosystem II PsbA protein (D1)  25 
 
 
360 aa  46.2  0.0005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1237  photosystem q(b) protein  24.43 
 
 
356 aa  46.6  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2016  photosystem q(b) protein  24.43 
 
 
356 aa  46.6  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1267  photosystem q(b) protein  24.43 
 
 
356 aa  46.6  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000399793  hitchhiker  0.00458282 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2041  photosystem q(b) protein  24.43 
 
 
356 aa  46.6  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000221141  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3778  photosystem II D2 protein  23.08 
 
 
351 aa  45.8  0.0007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.0000016634  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1059  photosystem II D2 protein  23.08 
 
 
351 aa  45.8  0.0007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00303262  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0056  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  22.53 
 
 
352 aa  45.8  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1960  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  22.53 
 
 
352 aa  45.8  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0054  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  22.53 
 
 
352 aa  45.8  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000310792  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1987  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  22.53 
 
 
352 aa  45.8  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000347488  normal  0.0187293 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0893  photosystem q(b) protein  26.01 
 
 
360 aa  45.4  0.0009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000000000240892  decreased coverage  0.000169599 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1389  photosystem q(b) protein  26.01 
 
 
360 aa  45.4  0.0009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  unclonable  0.00000000000163699  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0424  photosystem q(b) protein  26.59 
 
 
360 aa  45.1  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0767  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  21.8 
 
 
358 aa  44.3  0.002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0943  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  26.59 
 
 
358 aa  44.7  0.002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1230  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  21.98 
 
 
352 aa  44.7  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.0000000683761  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0317  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  22.53 
 
 
351 aa  43.5  0.003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.404544  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1992  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  22.53 
 
 
351 aa  43.5  0.003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0481037  normal  0.145245 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2375  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  22.53 
 
 
351 aa  43.5  0.003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.116163  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0655  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  21.43 
 
 
352 aa  43.5  0.003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1637  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  21.43 
 
 
352 aa  43.5  0.003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.719245  normal  0.411385 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0668  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  22.53 
 
 
370 aa  43.5  0.004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.704102  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1256  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  20.57 
 
 
358 aa  43.5  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.525439  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13341  photosystem II PsbD protein (D2)  20.57 
 
 
358 aa  43.5  0.004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13241  photosystem II PsbD protein (D2)  20.57 
 
 
358 aa  43.5  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0553037  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13491  photosystem II PsbD protein (D2)  20.57 
 
 
358 aa  43.5  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1144  photosystem q(b) protein  26.01 
 
 
360 aa  43.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02551  hypothetical protein  26.01 
 
 
360 aa  43.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>