120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6430 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6430  photosynthetic reaction center subunit M  100 
 
 		 308 aa  617  1e-176  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.864095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1717  photosynthetic reaction center subunit M  79.55 
 
 		 307 aa  510  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3994  photosynthetic reaction center subunit M  77.92 
 
 		 307 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0754193 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3749  photosynthetic reaction center subunit M  78.25 
 
 		 307 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.201417  hitchhiker  0.0015702 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1300  photosynthetic reaction center subunit M  77.05 
 
 		 306 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2059  photosynthetic reaction center subunit M  74.68 
 
 		 321 aa  473  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281162 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2974  photosynthetic reaction center subunit M  74.18 
 
 		 306 aa  461  1e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0940818  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3704  photosynthetic reaction center subunit M  74.27 
 
 		 326 aa  463  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0965867  hitchhiker  0.00123144 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2811  photosynthetic reaction center subunit M  72.31 
 
 		 326 aa  457  9.999999999999999e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.620792  normal  0.702385 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2964  photosynthetic reaction center subunit M  72.96 
 
 		 325 aa  456  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.459774 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2859  photosynthetic reaction center subunit M  73.29 
 
 		 325 aa  456  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2737  photosynthetic reaction center subunit M  72.31 
 
 		 325 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1604  photosynthetic reaction center subunit M  67.97 
 
 		 323 aa  433  1e-120  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.16429  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2029  photosynthetic reaction center subunit M  64.94 
 
 		 308 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.995154  normal  0.889355 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0256  photosynthetic reaction center subunit M  64.29 
 
 		 308 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.186945  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0172  photosynthetic reaction center subunit M  64.14 
 
 		 332 aa  396  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1899  photosynthetic reaction center subunit M  64.29 
 
 		 308 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0489132  normal  0.475655 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3524  photosynthetic reaction center subunit M  63.84 
 
 		 330 aa  397  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157228  normal  0.60913 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1640  photosynthetic reaction center subunit M  48.46 
 
 		 304 aa  259  3e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.761486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3754  bifunctional photosynthetic reaction center subunit L/M  48.64 
 
 		 641 aa  245  6.999999999999999e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0347506  hitchhiker  0.005487 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3268  bifunctional photosynthetic reaction center subunit L/M  48.12 
 
 		 643 aa  244  9e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0578169 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3750  photosynthetic reaction center subunit L  34.1 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.279579  hitchhiker  0.00154675 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3995  photosynthetic reaction center subunit L  33.72 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.118346  normal  0.0163614 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1299  photosynthetic reaction center subunit L  33.72 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6431  photosynthetic reaction center subunit L  32.7 
 
 		 281 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1716  photosynthetic reaction center subunit L  32.95 
 
 		 277 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1639  photosynthetic reaction center subunit L  32.81 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2030  photosynthetic reaction center subunit L  34.36 
 
 		 282 aa  122  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.693336 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2975  photosynthetic reaction center subunit L  30.89 
 
 		 276 aa  122  8e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151561  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0257  photosynthetic reaction center subunit L  33.86 
 
 		 282 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.141859  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1900  photosynthetic reaction center subunit L  33.86 
 
 		 282 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142793  normal  0.454885 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3523  photosynthetic reaction center subunit L  30.92 
 
 		 279 aa  118  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382012  normal  0.348787 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2963  photosynthetic reaction center subunit L  30.52 
 
 		 274 aa  116  5e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.446815 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2736  photosynthetic reaction center subunit L  30.52 
 
 		 274 aa  116  5e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0173  photosynthetic reaction center subunit L  32.06 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2812  photosynthetic reaction center subunit L  32.99 
 
 		 274 aa  114  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.314844  normal  0.517978 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3703  photosynthetic reaction center subunit L  30.12 
 
 		 274 aa  114  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0461593  hitchhiker  0.00115696 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2858  photosynthetic reaction center subunit L  30.12 
 
 		 274 aa  114  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2058  photosynthetic reaction center subunit L  28.46 
 
 		 274 aa  114  3e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0167227 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1605  photosynthetic reaction center subunit L  28.29 
 
 		 276 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1597  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  27.74 
 
 		 360 aa  59.7  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000196706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2460  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  27.74 
 
 		 360 aa  59.7  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3553  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  27.74 
 
 		 360 aa  59.7  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2904  photosystem q(b) protein  27.74 
 
 		 354 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3216  photosystem q(b) protein  27.74 
 
 		 354 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04091  photosystem II PsbA protein (D1)  25.12 
 
 		 358 aa  57.4  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18681  hypothetical protein  25.12 
 
 		 358 aa  57.4  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.228862 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02461  photosystem II PsbA protein (D1)  25 
 
 		 360 aa  57.4  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3850  photosystem q(b) protein  27.01 
 
 		 356 aa  57  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0830  photosystem q(b) protein  27.1 
 
 		 360 aa  56.6  0.0000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00028698  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1652  photosystem q(b) protein  27.1 
 
 		 360 aa  56.6  0.0000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.390921  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0182  photosystem q(b) protein  27.1 
 
 		 353 aa  55.8  0.0000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.0000857268  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0183  photosystem q(b) protein  27.1 
 
 		 353 aa  55.8  0.0000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.00000980824  normal  0.269801 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4763  photosystem q(b) protein  27.1 
 
 		 353 aa  55.8  0.0000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0578222 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3899  photosystem q(b) protein  25.86 
 
 		 356 aa  55.8  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0661393  normal  0.162734 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0893  photosystem q(b) protein  26.45 
 
 		 360 aa  55.8  0.0000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000000000240892  decreased coverage  0.000169599 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1389  photosystem q(b) protein  26.45 
 
 		 360 aa  55.8  0.0000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  unclonable  0.00000000000163699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0579  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  28.73 
 
 		 352 aa  55.8  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2974  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  28.73 
 
 		 352 aa  55.8  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1267  photosystem q(b) protein  25.45 
 
 		 356 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000399793  hitchhiker  0.00458282 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0424  photosystem q(b) protein  27.1 
 
 		 360 aa  55.5  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2041  photosystem q(b) protein  25.45 
 
 		 356 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000221141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1237  photosystem q(b) protein  25.45 
 
 		 356 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2016  photosystem q(b) protein  25.45 
 
 		 356 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0169  photosystem q(b) protein  26.76 
 
 		 356 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0452427 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1049  photosystem q(b) protein  26.76 
 
 		 356 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0115915 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1706  photosystem q(b) protein  25.94 
 
 		 362 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000313247 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2293  photosystem q(b) protein  26.76 
 
 		 356 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.016566 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1583  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  26.67 
 
 		 360 aa  54.3  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000169219  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1059  photosystem q(b) protein  24.5 
 
 		 360 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000514626 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0943  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  26.45 
 
 		 358 aa  54.3  0.000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0218  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  29.19 
 
 		 352 aa  54.3  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00749598  normal  0.140739 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0225  photosystem q(b) protein  24.54 
 
 		 360 aa  54.3  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1144  photosystem q(b) protein  24.54 
 
 		 360 aa  54.3  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02441  photosystem II PsbA protein (D1)  24.54 
 
 		 360 aa  54.3  0.000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.729491  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12521  hypothetical protein  24.54 
 
 		 360 aa  54.3  0.000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02531  photosystem II PsbA protein (D1)  24.54 
 
 		 360 aa  54.3  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02551  hypothetical protein  24.54 
 
 		 360 aa  54.3  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5031  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  29.19 
 
 		 352 aa  54.3  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02451  photosystem II PsbA protein (D1)  24.54 
 
 		 360 aa  54.3  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0767  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  33.9 
 
 		 358 aa  53.9  0.000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1042  photosystem q(b) protein  26.32 
 
 		 358 aa  53.5  0.000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16071  photosystem II PsbD protein (D2)  33.9 
 
 		 358 aa  53.9  0.000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0432746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1498  photosystem q(b) protein  24.1 
 
 		 360 aa  53.5  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000298258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1242  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  30 
 
 		 351 aa  53.5  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.30805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2512  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  30 
 
 		 351 aa  53.5  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000139889  normal  0.112901 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2987  photosystem q(b) protein  26.07 
 
 		 360 aa  53.5  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.231871  normal  0.863091 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2138  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  26.45 
 
 		 360 aa  53.1  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0668  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  28.95 
 
 		 370 aa  52.8  0.000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.704102  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12331  photosystem II PsbD protein (D2)  34.75 
 
 		 358 aa  52.8  0.000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.153207 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0558  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  24.18 
 
 		 360 aa  52.8  0.000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0735  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  24.18 
 
 		 360 aa  52.8  0.000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.166966  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1592  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  24.18 
 
 		 360 aa  52.8  0.000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.466002  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0317  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  28.89 
 
 		 351 aa  52.8  0.000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.404544  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1992  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  28.73 
 
 		 351 aa  52.8  0.000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0481037  normal  0.145245 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2375  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  28.73 
 
 		 351 aa  52.8  0.000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.116163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03031  hypothetical protein  24.18 
 
 		 360 aa  52.8  0.000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.235365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_13251  hypothetical protein  24.18 
 
 		 360 aa  52.8  0.000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.561783  normal  0.197158 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15721  hypothetical protein  24.18 
 
 		 360 aa  52.8  0.000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.131507 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1256  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  33.05 
 
 		 358 aa  52  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.525439  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>