More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1463 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1463  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 338 aa  691    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.46603 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1439  extracellular solute-binding protein  92.84 
 
 		 337 aa  625  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3947  extracellular solute-binding protein  91.19 
 
 		 338 aa  600  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000383863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4631  extracellular solute-binding protein family 1  88.79 
 
 		 336 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.464324  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0170  extracellular solute-binding protein  57.6 
 
 		 349 aa  410  1e-113  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0949537  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0655  putative iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  56.46 
 
 		 380 aa  395  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0700  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  56.16 
 
 		 338 aa  394  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3824  extracellular solute-binding protein  54.6 
 
 		 338 aa  392  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0327  extracellular solute-binding protein  55.12 
 
 		 346 aa  389  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0824216 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5861  extracellular solute-binding protein  55.12 
 
 		 345 aa  385  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.492379 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6369  extracellular solute-binding protein family 1  54.52 
 
 		 345 aa  383  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.290821  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3764  extracellular solute-binding protein  56.44 
 
 		 362 aa  378  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1183  extracellular solute-binding protein  56.7 
 
 		 347 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0923795  normal  0.478437 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2093  extracellular solute-binding protein  56.7 
 
 		 347 aa  377  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.412416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0730  extracellular solute-binding protein  56.43 
 
 		 347 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1210  extracellular solute-binding protein  56.43 
 
 		 347 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13233  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1093  extracellular solute-binding protein  56.43 
 
 		 347 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.39155  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1777  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein, putative  57.05 
 
 		 351 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476301  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6288  extracellular solute-binding protein  52.35 
 
 		 341 aa  370  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2989  extracellular solute-binding protein family 1  53.39 
 
 		 348 aa  370  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1511  ABC transporter, substrate binding protein  57.23 
 
 		 351 aa  368  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1378  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  57.05 
 
 		 351 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215691  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0464  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  57.37 
 
 		 351 aa  371  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.224989  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0688  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  57.37 
 
 		 351 aa  371  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.163198  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1382  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  57.05 
 
 		 351 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.560702  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1093  extracellular solute-binding protein  55.8 
 
 		 347 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.762259  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0579  extracellular solute-binding protein family 1  52.96 
 
 		 341 aa  369  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1182  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  57.05 
 
 		 351 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0570  extracellular solute-binding protein  52.66 
 
 		 341 aa  366  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4318  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  55.49 
 
 		 347 aa  367  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.434511  normal  0.628753 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2856  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein, putative  56.74 
 
 		 347 aa  366  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.143151  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0543  extracellular solute-binding protein family 1  53.21 
 
 		 341 aa  363  2e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1346  extracellular solute-binding protein family 1  52.37 
 
 		 349 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0473337  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1108  extracellular solute-binding protein  50.61 
 
 		 336 aa  361  1e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.122481  normal  0.048242 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2913  ABC Fe+3 siderophore transporter, periplasmic substrate-binding protein  50.62 
 
 		 336 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3699  extracellular solute-binding protein family 1  54.37 
 
 		 354 aa  352  5e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1557  extracellular solute-binding protein  50.31 
 
 		 336 aa  351  1e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.456805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4447  extracellular solute-binding protein  52.06 
 
 		 337 aa  348  9e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0137  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  48.05 
 
 		 352 aa  334  2e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000186976  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0783  periplasmic iron-binding protein  48.67 
 
 		 338 aa  333  3e-90  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27536  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1092  extracellular solute-binding protein  48.76 
 
 		 337 aa  332  4e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000221625  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0769  extracellular solute-binding protein  46.67 
 
 		 347 aa  332  6e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.302389  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0744  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron(III)-binding protein  47.31 
 
 		 335 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2588  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  47.72 
 
 		 337 aa  323  2e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3693  extracellular solute-binding protein  46.11 
 
 		 335 aa  323  2e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0002551  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002574  ferric iron ABC transporter iron-binding protein  46.81 
 
 		 337 aa  323  3e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000722094  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3517  extracellular solute-binding protein  46.41 
 
 		 335 aa  323  4e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03435  hypothetical protein  45.59 
 
 		 337 aa  322  7e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3635  extracellular solute-binding protein family 1  46.11 
 
 		 335 aa  322  7e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.84257 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3817  extracellular solute-binding protein  45.51 
 
 		 335 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.890047 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3227  extracellular solute-binding protein  45.21 
 
 		 335 aa  318  9e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0945  extracellular solute-binding protein  46.93 
 
 		 335 aa  318  1e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.248074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3347  extracellular solute-binding protein  45.81 
 
 		 335 aa  318  1e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0996  extracellular solute-binding protein  46.93 
 
 		 335 aa  317  2e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000369263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0606  extracellular solute-binding protein  45.81 
 
 		 335 aa  317  2e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3007  ABC iron(III) transporter periplasmic binding protein  43.75 
 
 		 339 aa  310  2e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.050744  normal  0.546259 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0636  extracellular solute-binding protein  45.62 
 
 		 335 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.632135  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0844  extracellular solute-binding protein  44.79 
 
 		 335 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.680673  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0861  extracellular solute-binding protein  44.94 
 
 		 335 aa  300  3e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0666  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron(III)-binding protein  44.41 
 
 		 335 aa  297  1e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0053906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0299  extracellular solute-binding protein family 1  46.47 
 
 		 345 aa  286  4e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0978527  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1012  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron(III)-binding protein  42.43 
 
 		 335 aa  284  1.0000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.676586  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0455  extracellular solute-binding protein  44.09 
 
 		 345 aa  271  1e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.479907  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1596  extracellular solute-binding protein  38.58 
 
 		 351 aa  267  2e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.924744  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0732  extracellular solute-binding protein  41.79 
 
 		 337 aa  265  5.999999999999999e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.23005  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0549  extracellular solute-binding protein  41.77 
 
 		 341 aa  265  5.999999999999999e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0429047  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1443  extracellular solute-binding protein family 1  42.04 
 
 		 365 aa  260  2e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1469  extracellular solute-binding protein family 1  42.04 
 
 		 365 aa  260  2e-68  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2574  extracellular solute-binding protein  40.87 
 
 		 339 aa  259  6e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0232421 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1529  extracellular solute-binding protein  41.85 
 
 		 355 aa  253  3e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0014925  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3754  extracellular solute-binding protein  40.19 
 
 		 355 aa  253  3e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.684526  normal  0.0834035 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2758  extracellular solute-binding protein  41.47 
 
 		 347 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.181201  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3377  extracellular solute-binding protein  42.17 
 
 		 349 aa  251  9.000000000000001e-66  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.977933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1371  putative iron binding protein component of ABC iron transporter  42.14 
 
 		 347 aa  250  2e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0990  ABC transporter, iron binding protein  40.06 
 
 		 349 aa  250  3e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.599077 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5256  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 333 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3844  extracellular solute-binding protein  38.33 
 
 		 347 aa  248  7e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  hitchhiker  0.0000000311792 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5021  extracellular solute-binding protein  39.69 
 
 		 333 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3508  extracellular solute-binding protein family 1  41.85 
 
 		 353 aa  248  1e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00278562  normal  0.288833 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1728  extracellular solute-binding protein  38.17 
 
 		 374 aa  248  1e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.224389  normal  0.563347 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5196  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  40 
 
 		 333 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5103  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 333 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.836408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2587  extracellular solute-binding protein family 1  40.59 
 
 		 337 aa  246  4e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.390541  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1547  ABC iron transporter, periplasmic binding protein  37.85 
 
 		 374 aa  244  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.231784  normal  0.33336 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2866  extracellular solute-binding protein  40.29 
 
 		 351 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.608635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47300  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  41.14 
 
 		 334 aa  244  1.9999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4743  extracellular solute-binding protein  39.66 
 
 		 348 aa  242  6e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.326241  normal  0.358869 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0314  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  39.38 
 
 		 333 aa  242  7e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1607  extracellular solute-binding protein  41.3 
 
 		 349 aa  242  7.999999999999999e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1181  ABC Fe+3 siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  42.02 
 
 		 347 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0582814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1610  extracellular solute-binding protein  42.15 
 
 		 352 aa  242  9e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00405926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3092  extracellular solute-binding protein  41.54 
 
 		 352 aa  241  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00849212  normal  0.375383 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1444  extracellular solute-binding protein family 1  40.63 
 
 		 350 aa  241  2e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0124  extracellular solute-binding protein  38.53 
 
 		 336 aa  241  2e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5962  putative iron ABC transporter binding protein subunit  39.38 
 
 		 332 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68900  putative binding protein component of ABC iron transporter  39.38 
 
 		 332 aa  240  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.940616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2289  extracellular solute-binding protein  40.17 
 
 		 351 aa  239  4e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0189  putative iron-binding protein  38.82 
 
 		 346 aa  239  4e-62  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.120226  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1470  extracellular solute-binding protein family 1  40.32 
 
 		 350 aa  238  8e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.848361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2107  extracellular solute-binding protein family 1  40.99 
 
 		 347 aa  238  1e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>