165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0028 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0028  hypothetical protein  100 
 
 
277 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0109  methyltransferase type 11  88.24 
 
 
277 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0599  Methyltransferase type 11  84.19 
 
 
274 aa  407  1e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.586839  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0522  methyltransferase  77.58 
 
 
279 aa  391  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.255454 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0481  methyltransferase  72.36 
 
 
312 aa  350  2e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0386  methyltransferase  70.74 
 
 
289 aa  342  5e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.559124  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7593  hypothetical protein  70.14 
 
 
281 aa  330  1e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0427601 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2677  methyltransferase type 11  61.45 
 
 
296 aa  303  2e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.265599  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3105  methyltransferase type 11  62.46 
 
 
311 aa  287  1e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.344458  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4813  methyltransferase type 11  57.14 
 
 
292 aa  280  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  8.90432e-05 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1710  Methyltransferase type 11  57.49 
 
 
295 aa  279  3e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.281828  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1136  methyltransferase type 11  53.66 
 
 
298 aa  269  3e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.577473  normal  0.78298 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0309  methyltransferase type 11  58.95 
 
 
297 aa  263  2e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.407914 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0353  Methyltransferase type 11  58.95 
 
 
297 aa  262  5e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.373427  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1879  hypothetical protein  53.45 
 
 
297 aa  261  8e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1809  hypothetical protein  53.45 
 
 
297 aa  261  8e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.492248  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1027  methyltransferase type 11  53.1 
 
 
298 aa  259  3e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0385  Methyltransferase type 11  57.19 
 
 
296 aa  258  9e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.576997  normal  0.849001 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1735  methyltransferase type 11  50.17 
 
 
320 aa  249  3e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2511  hypothetical protein  50.53 
 
 
299 aa  246  4e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.282001 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3007  methyltransferase type 11  53.31 
 
 
292 aa  243  2e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3824  putative methyltransferase protein  51.23 
 
 
294 aa  243  2e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.563135  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3533  putative methyltransferase protein  49.82 
 
 
294 aa  242  4e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0938  methyltransferase type 11  50.87 
 
 
304 aa  241  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.455368 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2265  methyltransferase type 11  49.26 
 
 
305 aa  227  2e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.45825  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3971  methyltransferase  48.24 
 
 
289 aa  220  2e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2968  Methyltransferase type 11  55.04 
 
 
299 aa  217  1e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.452033 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0294  hypothetical protein  50.79 
 
 
293 aa  217  1e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0366  hypothetical protein  43.71 
 
 
296 aa  216  4e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2584  SAM-dependent methyltransferase  47.27 
 
 
279 aa  206  4e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3499  SAM-dependent methyltransferase  48.18 
 
 
289 aa  202  6e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2901  hypothetical protein  47.97 
 
 
279 aa  200  2e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.525619  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2857  SAM-dependent methyltransferase  51.69 
 
 
270 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2634  hypothetical protein  50.37 
 
 
272 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1196  SAM-dependent methyltransferase  51.31 
 
 
270 aa  188  1e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0736  hypothetical protein  52.04 
 
 
308 aa  175  8e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.3398  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0560  methyltransferase type 11  42.15 
 
 
305 aa  167  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.160345  normal 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_89745  predicted protein  45.23 
 
 
274 aa  160  3e-38  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.588911 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0125  Methyltransferase type 11  39.23 
 
 
289 aa  159  6e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.478416  normal  0.0344418 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_11990  predicted protein  41.38 
 
 
330 aa  158  8e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04918  conserved hypothetical protein  42.11 
 
 
376 aa  156  3e-37  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0365995  normal  0.289567 
 
 
-
 
NC_006694  CNI01100  conserved hypothetical protein  41.21 
 
 
348 aa  140  2e-32  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.336203  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_58842  predicted protein  38.95 
 
 
354 aa  131  1e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.040839  decreased coverage  0.00802664 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1791  methyltransferase type 12  45.88 
 
 
260 aa  125  7e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1494  methyltransferase type 11  38.43 
 
 
257 aa  124  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0339  hypothetical protein  37.95 
 
 
263 aa  120  3e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.590301  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0725  hypothetical protein  37.5 
 
 
264 aa  119  5e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0822  biotin biosynthesis protein BioC  42.26 
 
 
295 aa  114  2e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2161  biotin biosynthesis protein BioC  36.41 
 
 
291 aa  113  4e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0926  biotin synthesis protein  41.38 
 
 
295 aa  113  4e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.676817  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3831  biotin biosynthesis protein BioC  41.42 
 
 
294 aa  110  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03630  biotin biosynthesis protein BioC  39.64 
 
 
294 aa  105  9e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3013  biotin biosynthesis protein BioC  40 
 
 
291 aa  103  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.755782  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0245  biotin synthesis protein BioC  37.63 
 
 
292 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0421  biotin biosynthesis protein BioC  37.63 
 
 
292 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  8.94072e-06 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0157  biotin biosynthesis protein BioC  40.35 
 
 
290 aa  102  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.322 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0668  hypothetical protein  34.55 
 
 
240 aa  102  6e-21  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1981  biotin biosynthesis protein BioC  33.51 
 
 
309 aa  102  6e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1132  biotin biosynthesis protein BioC  34.76 
 
 
307 aa  100  3e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2098  biotin biosynthesis protein BioC  32.64 
 
 
309 aa  99.8  5e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0322  biotin biosynthesis protein BioC  39.52 
 
 
306 aa  97.8  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0126192 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2109  hypothetical protein  38.37 
 
 
263 aa  96.7  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0900704  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2433  biotin biosynthesis protein BioC  37.57 
 
 
291 aa  96.3  5e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0734686 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0573  putative methyltransferase  34.97 
 
 
281 aa  94  3e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1611  biotin synthesis protein  34.97 
 
 
281 aa  94  3e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0960  biotin biosynthesis protein BioC  33.7 
 
 
295 aa  88.6  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.131557  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0274  methyltransferase type 11  35.26 
 
 
319 aa  83.2  4e-15  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.372157  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3137  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  31.48 
 
 
558 aa  82  9e-15  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.785759  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3817  biotin synthesis protein BioC  29.92 
 
 
310 aa  81.6  1e-14  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.335829 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4173  hypothetical protein  34.36 
 
 
338 aa  81.3  2e-14  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0312  putative methylase involved in ubiquinone/menaquinone biosynthesis  27.65 
 
 
333 aa  79.7  4e-14  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2862  biotin synthesis protein BioC  29.1 
 
 
302 aa  79.7  4e-14  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.41686  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3539  biotin synthesis protein BioC  29.1 
 
 
302 aa  80.1  4e-14  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.662235  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0542  Methyltransferase type 11  34.71 
 
 
321 aa  79.7  5e-14  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.617554  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1400  methyltransferase type 11  30.34 
 
 
301 aa  79.3  7e-14  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0876  biotin synthesis protein BioC  33.13 
 
 
300 aa  76.6  4e-13  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2904  methyltransferase type 11  34.3 
 
 
321 aa  76.3  5e-13  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2766  methyltransferase type 11  34.3 
 
 
321 aa  76.3  5e-13  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3908  biotin synthesis protein BioC  28.91 
 
 
305 aa  74.3  2e-12  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1187  hypothetical protein  33.96 
 
 
317 aa  73.9  2e-12  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6178  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase-like protein  31.58 
 
 
321 aa  73.9  3e-12  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0619  biotin synthesis protein  30.63 
 
 
297 aa  73.6  4e-12  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1243  biotin synthesis protein BioC  31.71 
 
 
300 aa  73.2  5e-12  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.341992  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2849  methyltransferase type 11  29.67 
 
 
321 aa  71.6  1e-11  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2860  methyltransferase type 11  33.33 
 
 
279 aa  71.6  1e-11  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.607715 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2235  methyltransferase type 11  29.67 
 
 
321 aa  71.6  1e-11  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180564  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3244  methyltransferase type 11  29.11 
 
 
280 aa  70.5  3e-11  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1535  Methyltransferase type 11  36.69 
 
 
320 aa  70.5  3e-11  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0454  methyltransferase type 11  34.33 
 
 
321 aa  70.1  4e-11  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1679  hypothetical protein  27.44 
 
 
295 aa  70.1  4e-11  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129518  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1672  biotin synthesis protein BioC  28.66 
 
 
300 aa  70.1  4e-11  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.724893  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0216  Methyltransferase type 11  30.43 
 
 
313 aa  69.7  5e-11  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.320783 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0632  biotin synthesis protein BioC  32.73 
 
 
312 aa  68.2  1e-10  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000104697  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0259  methyltransferase type 11  31.64 
 
 
300 aa  68.6  1e-10  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0235  Methyltransferase type 11  30.65 
 
 
313 aa  67.8  2e-10  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0198521 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0424  hypothetical protein  33.16 
 
 
338 aa  67  3e-10  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1881  biotin biosynthesis protein BioC  31.75 
 
 
266 aa  66.6  4e-10  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0598822  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0360  putative biotin synthesis protein (methyltransferase)  29.38 
 
 
367 aa  65.5  9e-10  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.591727 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2627  biotin synthesis protein, putative  33.93 
 
 
267 aa  65.1  1e-09  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1664  Methyltransferase type 11  28.95 
 
 
271 aa  63.9  3e-09  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>