More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2368 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  100 
 
 
298 aa  609  1e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  93.96 
 
 
298 aa  554  1e-157  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0623  periplasmic solute binding protein  63.85 
 
 
299 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.917925 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  63.77 
 
 
298 aa  370  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  62.77 
 
 
292 aa  368  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  60.34 
 
 
292 aa  365  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0678  periplasmic solute binding protein  62.84 
 
 
299 aa  366  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0630556 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  60 
 
 
292 aa  365  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  60.82 
 
 
301 aa  357  2e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  60.22 
 
 
292 aa  356  3e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  57.97 
 
 
292 aa  349  4e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  2.44311e-07  unclonable  1.16493e-08 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  54.24 
 
 
292 aa  338  9e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1312  periplasmic solute binding protein  60.74 
 
 
306 aa  335  4e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  52.4 
 
 
302 aa  303  3e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  49.33 
 
 
304 aa  290  1e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  47.8 
 
 
294 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  49.48 
 
 
316 aa  284  1e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  48.7 
 
 
307 aa  281  1e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  48.99 
 
 
291 aa  273  4e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  43.12 
 
 
327 aa  271  1e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  46.05 
 
 
305 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  46.76 
 
 
301 aa  268  9e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  46.07 
 
 
301 aa  267  1e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  45.95 
 
 
291 aa  268  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  48.81 
 
 
321 aa  266  4e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  45.73 
 
 
301 aa  264  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  41.91 
 
 
303 aa  264  1e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  47.27 
 
 
313 aa  259  3e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  42.28 
 
 
303 aa  259  4e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  46.23 
 
 
309 aa  256  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1597  periplasmic solute binding protein  47.64 
 
 
309 aa  256  3e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  47.21 
 
 
307 aa  256  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  47.48 
 
 
309 aa  254  9e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.05 
 
 
315 aa  251  1e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0845  periplasmic solute binding protein  50.57 
 
 
289 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  43.37 
 
 
333 aa  249  3e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2472  periplasmic solute binding protein  42.47 
 
 
311 aa  247  2e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  47.16 
 
 
311 aa  245  8e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5591  periplasmic solute binding protein  44.98 
 
 
339 aa  238  1e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.462365  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3500  periplasmic solute binding protein  47.35 
 
 
312 aa  235  8e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.639001  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3392  periplasmic solute binding protein  42.76 
 
 
320 aa  226  4e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  40.6 
 
 
307 aa  226  5e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3624  periplasmic solute binding protein  36.84 
 
 
303 aa  197  2e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3728  periplasmic solute binding protein  35.74 
 
 
303 aa  193  3e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3218  periplasmic solute binding protein  34.68 
 
 
371 aa  193  3e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0863891  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  35.69 
 
 
293 aa  189  7e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2553  periplasmic solute binding protein  35.64 
 
 
319 aa  188  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  36.04 
 
 
346 aa  187  2e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2983  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  37.63 
 
 
305 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  31 
 
 
311 aa  187  2e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3050  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  37.63 
 
 
305 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0195762 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3066  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  37.63 
 
 
305 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  0.0719754 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3171  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  37.63 
 
 
305 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.866924 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3014  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  37.63 
 
 
305 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0700149 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  31.8 
 
 
311 aa  186  3e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2483  periplasmic solute binding protein  33.22 
 
 
317 aa  186  4e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3553  periplasmic solute binding protein  36.43 
 
 
306 aa  185  7e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00157548  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18691  ABC transporter substrate-binding protein  40.3 
 
 
287 aa  184  2e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.349553 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1724  periplasmic solute binding protein  37.05 
 
 
309 aa  183  3e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.147475  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  30.82 
 
 
311 aa  183  3e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0030  periplasmic solute binding protein  34.95 
 
 
313 aa  181  1e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3625  periplasmic solute binding protein  35.29 
 
 
326 aa  180  3e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2064  periplasmic solute binding protein  37.77 
 
 
325 aa  180  3e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  30.16 
 
 
311 aa  179  6e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  30.16 
 
 
311 aa  179  6e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  35.14 
 
 
325 aa  178  9e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  37.25 
 
 
309 aa  178  1e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1259  periplasmic solute binding protein  36.23 
 
 
301 aa  177  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3280  periplasmic solute binding protein  34.83 
 
 
326 aa  176  3e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.956978  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  30.84 
 
 
308 aa  176  4e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  2.1133e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3170  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  35 
 
 
304 aa  175  8e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.857236  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0843  periplasmic solute-binding protein  36.19 
 
 
344 aa  175  1e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.620273  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0084  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  33.44 
 
 
304 aa  174  1e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.224306  hitchhiker  7.89185e-08 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3262  periplasmic solute binding protein  35.4 
 
 
341 aa  174  1e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  7.10757e-05  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  31.56 
 
 
313 aa  173  3e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0328  chelated iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  33.57 
 
 
286 aa  173  3e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  6.51268e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06571  ABC transporter substrate-binding protein  37.09 
 
 
321 aa  172  7e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.140221  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1612  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  34.47 
 
 
294 aa  172  8e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0432091  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0037  ABC transporter substrate-binding protein  37.09 
 
 
321 aa  171  1e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4030  periplasmic solute binding protein  36.55 
 
 
305 aa  171  2e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0298524  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2600  periplasmic solute binding protein  34.31 
 
 
316 aa  170  3e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1397  periplasmic solute binding protein  35.34 
 
 
299 aa  170  3e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.682117  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1278  periplasmic solute binding protein  35.16 
 
 
315 aa  170  3e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0904  ABC Mn+2/Fe+2 transporter, periplasmic substrate-binding protein SitA  35.35 
 
 
297 aa  169  4e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.785043  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2149  periplasmic solute binding protein  32.89 
 
 
300 aa  169  7e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2563  periplasmic solute binding protein  35.35 
 
 
297 aa  169  7e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.97543 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0800  periplasmic solute binding protein  32.39 
 
 
335 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.043708  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2914  periplasmic solute binding protein  34.3 
 
 
301 aa  167  3e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  33.9 
 
 
353 aa  167  3e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  1.0108e-06  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3452  periplasmic solute binding protein  34.24 
 
 
310 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593558  normal  0.669669 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0773  periplasmic solute binding protein  32.39 
 
 
335 aa  166  4e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1532  periplasmic solute binding protein  35.29 
 
 
346 aa  166  6e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31330  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  33.11 
 
 
305 aa  165  8e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3070  periplasmic solute binding protein  34.98 
 
 
315 aa  164  1e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  1.01463e-07  hitchhiker  0.00347584 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2853  periplasmic solute binding protein  35.09 
 
 
321 aa  165  1e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1659  metal ABC transporter substrate-binding lipoprotein  33.9 
 
 
296 aa  165  1e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00160044 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  35.56 
 
 
309 aa  164  2e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  32.76 
 
 
322 aa  163  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  35.61 
 
 
305 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3282  periplasmic solute binding protein  32.86 
 
 
311 aa  163  4e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>