40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3398 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3398  putative phage repressor  100 
 
 		 280 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0077186  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3772  putative phage repressor  70.37 
 
 		 289 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0262025  unclonable  0.000000544418 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2131  putative phage repressor  70.9 
 
 		 289 aa  295  6e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000131906  hitchhiker  0.000000754842 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1991  putative phage repressor  69.84 
 
 		 289 aa  295  7e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000855833  hitchhiker  0.0000527672 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2394  Cro/CI family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 283 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111198  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1549  Cro/CI family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 283 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188053 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4131  putative phage repressor  39.53 
 
 		 273 aa  158  9e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.362406 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1188  putative phage repressor  38.1 
 
 		 234 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267835  normal  0.264486 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1508  Rac prophage repressor  52.05 
 
 		 158 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.857807  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2287  prophage repressor  52.05 
 
 		 158 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.123872  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0780  putative phage repressor  32.39 
 
 		 240 aa  68.9  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00131571  decreased coverage  0.000230988 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2330  putative phage repressor  32.12 
 
 		 302 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.965048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1166  phage-related repressor protein  29.55 
 
 		 233 aa  62.4  0.000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000408495  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3589  putative phage repressor  29.33 
 
 		 225 aa  62.4  0.000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00136688  hitchhiker  0.00299337 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1066  putative phage repressor  29.71 
 
 		 224 aa  62.4  0.000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000341462  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3237  putative repressor protein  31.2 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.150382  hitchhiker  0.000476613 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  31.2 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2620  putative phage repressor  36.78 
 
 		 144 aa  60.5  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0332689 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2034  putative phage repressor  29.85 
 
 		 214 aa  56.6  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00109753  normal  0.0598759 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2335  putative phage repressor  30.82 
 
 		 245 aa  55.5  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  unclonable  0.0000000160936 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1096  putative phage repressor  28 
 
 		 219 aa  53.5  0.000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0889323  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4976  putative phage repressor  27.86 
 
 		 206 aa  52  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2652  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 248 aa  50.1  0.00005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2067  putative phage repressor  30.17 
 
 		 247 aa  49.3  0.00008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000502138  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  25.93 
 
 		 233 aa  48.9  0.0001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4824  putative phage repressor  34.18 
 
 		 216 aa  47  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.852274  normal  0.393285 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0272  putative phage repressor  25.78 
 
 		 235 aa  47.4  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2704  putative phage repressor  29.29 
 
 		 269 aa  47  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2114  putative phage repressor  36.11 
 
 		 247 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00404649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0335  putative phage repressor  22.95 
 
 		 230 aa  46.2  0.0006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2959  prophage MuMc02, S24 family peptidase  34.13 
 
 		 193 aa  45.8  0.0009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2371  putative phage repressor  30.37 
 
 		 233 aa  45.4  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0789  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 245 aa  43.9  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000234402  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0370  putative transcriptional regulator  30.28 
 
 		 210 aa  43.9  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.128546  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0648  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 245 aa  43.9  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.19  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1024  phage repressor  29.46 
 
 		 265 aa  43.5  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.277837  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0641  prophage MuSo1, Cro/CI family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 240 aa  43.5  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  31.08 
 
 		 264 aa  43.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  26.89 
 
 		 205 aa  42.7  0.007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  31.08 
 
 		 264 aa  42.4  0.008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>