More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3718 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_3718  CDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
360 aa  728    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.316077  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  82.58 
 
 
360 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  57.22 
 
 
372 aa  415  9.999999999999999e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1480  CDP-glucose 4,6-dehydratase  59.03 
 
 
353 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3190  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.42 
 
 
357 aa  398  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.170575  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3050  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.42 
 
 
391 aa  397  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2291  CDP-glucose 4,6-dehydratase  55.49 
 
 
361 aa  396  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0569  CDP-glucose 4,6-dehydratase  56.5 
 
 
361 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76383  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1962  CDP-glucose 4,6-dehydratase  56.5 
 
 
357 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.39 
 
 
358 aa  392  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal  0.168772 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0663  CDP-glucose 4,6-dehydratase  56.5 
 
 
361 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0774  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.39 
 
 
362 aa  392  1e-108  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0920711 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1880  CDP-glucose 4,6-dehydratase  54.34 
 
 
358 aa  390  1e-107  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3349  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.58 
 
 
358 aa  390  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0856  CDP-glucose 4,6-dehydratase  55.11 
 
 
367 aa  386  1e-106  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2273  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.57 
 
 
359 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124958 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2317  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.28 
 
 
359 aa  381  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0156634 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2216  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.57 
 
 
359 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.776521  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2431  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.57 
 
 
359 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.310419  hitchhiker  0.0000678484 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1983  CDP-glucose 4,6-dehydratase (O-antigen-related)  55.01 
 
 
357 aa  380  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0332  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.56 
 
 
364 aa  379  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.106161  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2324  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.28 
 
 
359 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00566999 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.14 
 
 
357 aa  377  1e-103  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1689  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.86 
 
 
357 aa  369  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0709  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.04 
 
 
356 aa  370  1e-101  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3789  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.71 
 
 
361 aa  369  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0771  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.97 
 
 
372 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0223168 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3062  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.06 
 
 
352 aa  353  2e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3529  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.85 
 
 
362 aa  347  2e-94  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27770  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.62 
 
 
358 aa  345  6e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1702  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.57 
 
 
362 aa  344  1e-93  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.412551  hitchhiker  0.000000000000117345 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4735  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.54 
 
 
363 aa  343  4e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal  0.159125 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3658  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.54 
 
 
363 aa  343  4e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.758357  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0806  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.49 
 
 
364 aa  341  1e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0841534  normal  0.289555 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.55 
 
 
355 aa  340  2.9999999999999998e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0592  CDP-glucose 4,6-dehydratase  54.71 
 
 
358 aa  333  3e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0847  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.35 
 
 
368 aa  331  9e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.307113  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1960  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.54 
 
 
362 aa  330  2e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3352  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.86 
 
 
362 aa  329  4e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.45248 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4602  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.89 
 
 
359 aa  325  7e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0921242  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.32 
 
 
365 aa  323  3e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1424  hypothetical protein  44 
 
 
361 aa  322  7e-87  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0353322  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1257  NAD-dependent epimerase/dehydratase:polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.48 
 
 
365 aa  321  9.999999999999999e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2191  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.68 
 
 
365 aa  319  5e-86  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00831743  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1131  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.15 
 
 
367 aa  318  7.999999999999999e-86  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0627  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.29 
 
 
366 aa  318  7.999999999999999e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4510  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.72 
 
 
354 aa  317  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0220164  normal  0.0184859 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2888  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.8 
 
 
368 aa  317  2e-85  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4419  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.28 
 
 
361 aa  317  2e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07611  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.97 
 
 
360 aa  317  2e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1909  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.8 
 
 
369 aa  315  9e-85  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4218  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.47 
 
 
354 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527744  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0061  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.28 
 
 
368 aa  312  5.999999999999999e-84  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0769235  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.7 
 
 
371 aa  309  4e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2715  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.03 
 
 
366 aa  306  3e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.525402  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0387  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.17 
 
 
367 aa  305  9.000000000000001e-82  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0130  CDP-glucose 4,6-dehydratase  39.39 
 
 
353 aa  304  2.0000000000000002e-81  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.837916  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3695  CDP-glucose-4,6-dehydratase, putative  47.04 
 
 
368 aa  303  4.0000000000000003e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0777  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.73 
 
 
358 aa  302  5.000000000000001e-81  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3374  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.41 
 
 
351 aa  301  1e-80  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12911  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.22 
 
 
366 aa  300  2e-80  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.253167  hitchhiker  0.00798919 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3400  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.13 
 
 
351 aa  299  4e-80  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3396  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.85 
 
 
351 aa  296  3e-79  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10410  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.83 
 
 
395 aa  296  4e-79  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.17 
 
 
366 aa  293  3e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1603  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.94 
 
 
371 aa  293  4e-78  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3070  CDP-glucose 4,6-dehydratase  39.72 
 
 
351 aa  292  6e-78  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2561  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.6 
 
 
379 aa  290  3e-77  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  39.5 
 
 
366 aa  289  6e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000773514 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.08 
 
 
357 aa  283  4.0000000000000003e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.53 
 
 
367 aa  281  2e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.295037  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1258  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.78 
 
 
364 aa  280  4e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.43 
 
 
386 aa  279  6e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.824232 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3334  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.16 
 
 
386 aa  275  7e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1872  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.24 
 
 
357 aa  239  6.999999999999999e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.986998  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.64 
 
 
324 aa  177  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.8 
 
 
331 aa  176  8e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.759181  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.16 
 
 
406 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.04 
 
 
331 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.91 
 
 
413 aa  118  9.999999999999999e-26  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.64 
 
 
329 aa  116  6e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.54 
 
 
411 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000639635 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.31 
 
 
328 aa  112  7.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.75 
 
 
327 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.71 
 
 
328 aa  111  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 
332 aa  98.6  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.01 
 
 
324 aa  97.1  4e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249986  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3244  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  26.76 
 
 
337 aa  96.3  8e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.54 
 
 
417 aa  95.9  9e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0350628  normal  0.478432 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1975  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.87 
 
 
336 aa  95.9  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2175  putative GDP-D-mannose dehydratase  27.35 
 
 
337 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2297  GDP-D-mannose dehydratase, putative  27.35 
 
 
337 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3293  WcbK  27.35 
 
 
337 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402008  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3279  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  27.35 
 
 
337 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.409914  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0531  putative GDP-D-mannose dehydratase  27.35 
 
 
337 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.212911  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1069  putative GDP-D-mannose dehydratase  27.35 
 
 
337 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.02 
 
 
335 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.96 
 
 
330 aa  92.8  8e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1161  UDP-glucose 4-epimerase  28.45 
 
 
338 aa  91.7  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0299848  hitchhiker  0.000414813 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.14 
 
 
342 aa  91.3  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>