More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2034 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
303 aa  592  1e-168  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  82.5 
 
 
313 aa  420  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  70.27 
 
 
302 aa  404  1e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  68.79 
 
 
306 aa  383  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  64.8 
 
 
311 aa  378  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  46.46 
 
 
300 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 
299 aa  253  4e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  49.65 
 
 
306 aa  251  8e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  45.79 
 
 
300 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  46.82 
 
 
311 aa  244  1e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  45.12 
 
 
300 aa  241  8e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 
306 aa  239  4e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 
292 aa  232  7e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 
329 aa  212  6e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
299 aa  209  6e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  43.43 
 
 
305 aa  187  1e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.44 
 
 
305 aa  180  3e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.90292e-08  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.44 
 
 
305 aa  180  3e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.1726e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.44 
 
 
307 aa  179  4e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.43153e-10  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  39.44 
 
 
305 aa  179  5e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  39.44 
 
 
305 aa  179  5e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.20428e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  39.44 
 
 
305 aa  179  5e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.04 
 
 
305 aa  179  6e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  5.72709e-09  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.04 
 
 
305 aa  178  8e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  35.03 
 
 
331 aa  178  8e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.04 
 
 
305 aa  178  8e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  38.73 
 
 
320 aa  177  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
324 aa  176  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 
320 aa  174  1e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.52 
 
 
307 aa  170  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
335 aa  170  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
333 aa  165  9e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 
316 aa  163  4e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.74 
 
 
307 aa  162  6e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 
310 aa  162  6e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 
316 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.93 
 
 
307 aa  162  7e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
325 aa  162  8e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  34.88 
 
 
302 aa  162  9e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 
316 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.94 
 
 
323 aa  161  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 
316 aa  160  3e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
306 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
306 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
308 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
306 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 
309 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
323 aa  156  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
332 aa  156  5e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
304 aa  156  5e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
309 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 
310 aa  153  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 
336 aa  152  6e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
320 aa  152  8e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  32.86 
 
 
318 aa  151  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  36.97 
 
 
313 aa  150  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  36.17 
 
 
319 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
328 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
315 aa  149  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
308 aa  148  1e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
320 aa  148  1e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0503  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
320 aa  147  2e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.107468  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
310 aa  146  3e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  35.34 
 
 
316 aa  146  4e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 
312 aa  145  9e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 
320 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 
324 aa  142  5e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
319 aa  142  7e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 
324 aa  141  2e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
305 aa  140  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
313 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
312 aa  139  4e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 
341 aa  139  4e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 
307 aa  139  5e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
303 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 
305 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4023  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
309 aa  138  9e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.34925  normal  0.83755 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  35.18 
 
 
308 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 
308 aa  135  8e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 
301 aa  134  1e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1309  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
308 aa  134  1e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 
306 aa  134  2e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
308 aa  133  4e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0273  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
295 aa  132  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 
339 aa  130  3e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
307 aa  129  5e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
328 aa  129  8e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 
306 aa  128  1e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  30.36 
 
 
301 aa  128  1e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 
313 aa  128  1e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.77 
 
 
295 aa  127  2e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  33.06 
 
 
310 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 
329 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  33.06 
 
 
317 aa  126  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6666  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
304 aa  125  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 
309 aa  125  8e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
332 aa  125  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
345 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 
317 aa  122  6e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 
307 aa  122  6e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>