47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4612 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4612  peptidoglycan binding domain-containing protein  100 
 
 		 244 aa  478  1e-134  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3999  peptidoglycan binding domain-containing protein  37.17 
 
 		 568 aa  74.7  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.121283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4743  peptidoglycan binding domain-containing protein  35.71 
 
 		 573 aa  60.1  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.258371  normal  0.341295 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4354  hypothetical protein  28.97 
 
 		 477 aa  56.2  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2313  peptidoglycan binding domain-containing protein  43.94 
 
 		 596 aa  56.6  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0167  lytic murein transglycosylase  44.07 
 
 		 445 aa  53.1  0.000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000010193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0504  peptidoglycan binding domain-containing protein  42.25 
 
 		 593 aa  52  0.000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3106  peptidoglycan binding domain-containing protein  43.28 
 
 		 159 aa  52  0.000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1855  hypothetical protein  42.25 
 
 		 593 aa  51.2  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2734  peptidoglycan binding domain-containing protein  40.28 
 
 		 585 aa  50.4  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2405  hypothetical protein  34.21 
 
 		 576 aa  51.2  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0566608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1653  lytic murein transglycosylase  35.29 
 
 		 424 aa  49.7  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3994  peptidoglycan binding domain-containing protein  27.41 
 
 		 266 aa  48.9  0.00008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.552337  normal  0.329638 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1864  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  54.17 
 
 		 370 aa  47.8  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.498098 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1972  lytic murein transglycosylase  38.67 
 
 		 486 aa  48.1  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000382948  normal  0.768189 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0662  lytic murein transglycosylase  43.1 
 
 		 433 aa  47.8  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00608172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2934  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  25.81 
 
 		 391 aa  48.1  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0894  peptidoglycan-binding domain 1 protein  35.62 
 
 		 457 aa  47.8  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1246  peptidoglycan binding domain-containing protein  31.13 
 
 		 508 aa  47.4  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4352  hypothetical protein  26.35 
 
 		 486 aa  47  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  40.32 
 
 		 421 aa  45.4  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2412  peptidoglycan binding domain-containing protein  44 
 
 		 1557 aa  45.4  0.0008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  41.03 
 
 		 448 aa  45.4  0.0008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0971  peptidoglycan binding domain-containing protein  43.4 
 
 		 356 aa  45.4  0.0008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0922  hypothetical protein  31.17 
 
 		 413 aa  44.7  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1440  SpoIID/LytB domain-containing protein  21.95 
 
 		 762 aa  45.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3279  lytic murein transglycosylase  39.66 
 
 		 413 aa  45.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.991349 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  32.35 
 
 		 419 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0066  peptidoglycan binding domain-containing protein  41.51 
 
 		 346 aa  44.7  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0641  peptidoglycan binding domain-containing protein  38.03 
 
 		 589 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.757288 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  32.35 
 
 		 417 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0871  lytic murein transglycosylase  42.62 
 
 		 429 aa  43.9  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.184332 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  43.1 
 
 		 438 aa  43.9  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  40.98 
 
 		 409 aa  44.7  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  40.98 
 
 		 427 aa  43.9  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  39.74 
 
 		 448 aa  43.5  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0691  membrane-bound lytic murein transglycosylase  41.18 
 
 		 434 aa  43.5  0.003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000567211  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6789  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  34.25 
 
 		 1554 aa  43.5  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3055  lytic murein transglycosylase  37.93 
 
 		 413 aa  43.1  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0134  peptidoglycan binding domain-containing protein  46.67 
 
 		 450 aa  42.7  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3255  lytic murein transglycosylase  37.93 
 
 		 418 aa  42.7  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.278323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0885  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  25.76 
 
 		 307 aa  43.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4725  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  27.27 
 
 		 433 aa  42.4  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3573  lytic murein transglycosylase  47.92 
 
 		 381 aa  42.4  0.007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.161419  decreased coverage  0.00457991 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4849  spore cortex-lytic enzyme  29.87 
 
 		 228 aa  42.4  0.007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0669  peptidoglycan binding domain-containing protein  46.3 
 
 		 465 aa  42  0.009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2682  peptidoglycan binding domain-containing protein  28.05 
 
 		 328 aa  42  0.009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>