More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3532 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 292 aa  600  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  96.58 
 
 		 292 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  80.48 
 
 		 292 aa  468  1.0000000000000001e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  78.08 
 
 		 292 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  69.86 
 
 		 292 aa  416  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  59.59 
 
 		 292 aa  367  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  62.5 
 
 		 298 aa  355  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  61.76 
 
 		 298 aa  354  6.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  57.86 
 
 		 298 aa  333  2e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0678  periplasmic solute binding protein  58.42 
 
 		 299 aa  322  5e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0630556 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0623  periplasmic solute binding protein  57.73 
 
 		 299 aa  319  3e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.917925 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  55.31 
 
 		 301 aa  316  4e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1312  periplasmic solute binding protein  55.97 
 
 		 306 aa  298  6e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  48.77 
 
 		 291 aa  290  3e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  48.65 
 
 		 304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  45.97 
 
 		 302 aa  278  8e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  47.06 
 
 		 294 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  44.1 
 
 		 327 aa  270  2e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  46.76 
 
 		 301 aa  270  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  46.56 
 
 		 307 aa  266  2e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  44.59 
 
 		 303 aa  265  5e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  47.1 
 
 		 321 aa  265  5.999999999999999e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  46.18 
 
 		 307 aa  264  1e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  45.71 
 
 		 301 aa  264  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  44.88 
 
 		 305 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  44.95 
 
 		 316 aa  261  1e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  42.48 
 
 		 313 aa  256  3e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  45.39 
 
 		 291 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  42.86 
 
 		 301 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  43.19 
 
 		 303 aa  252  7e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0845  periplasmic solute binding protein  47.22 
 
 		 289 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  42.03 
 
 		 309 aa  246  3e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  42.03 
 
 		 309 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5591  periplasmic solute binding protein  45.82 
 
 		 339 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.462365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  42.53 
 
 		 333 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  43.49 
 
 		 311 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3392  periplasmic solute binding protein  42.57 
 
 		 320 aa  239  4e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  44.69 
 
 		 307 aa  233  2.0000000000000002e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.28 
 
 		 315 aa  229  3e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3500  periplasmic solute binding protein  44.52 
 
 		 312 aa  228  9e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.639001  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2472  periplasmic solute binding protein  40.27 
 
 		 311 aa  227  1e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1597  periplasmic solute binding protein  42.33 
 
 		 309 aa  222  7e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3624  periplasmic solute binding protein  33.69 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3728  periplasmic solute binding protein  32.12 
 
 		 303 aa  182  6e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  32.61 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  33.33 
 
 		 353 aa  181  1e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2064  periplasmic solute binding protein  36.09 
 
 		 325 aa  180  2.9999999999999997e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  34.59 
 
 		 293 aa  179  4.999999999999999e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3262  periplasmic solute binding protein  34.89 
 
 		 341 aa  177  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000710757  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  37.67 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  33.57 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  35.11 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  33.45 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  32.97 
 
 		 311 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  34.17 
 
 		 322 aa  171  9e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  31.88 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1141  periplasmic solute binding protein  33.33 
 
 		 310 aa  169  3e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2630  periplasmic-binding protein  33.81 
 
 		 322 aa  169  5e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00574815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  30.99 
 
 		 346 aa  169  6e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1705  chelated iron ABC transporter, periplasmic iron binding protein YfeA  33.81 
 
 		 311 aa  169  6e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0290  ABC transporter, substrate-binding protein  34.66 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  31.88 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  31.88 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3553  periplasmic solute binding protein  32.37 
 
 		 306 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00157548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0904  ABC Mn+2/Fe+2 transporter, periplasmic substrate-binding protein SitA  30.51 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.785043  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2563  periplasmic solute binding protein  30.51 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.97543 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3050  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.41 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0195762 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2983  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.41 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3171  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.07 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.866924 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2149  periplasmic solute binding protein  33.57 
 
 		 300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3066  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.07 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  0.0719754 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3014  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.07 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0700149 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18691  ABC transporter substrate-binding protein  33.97 
 
 		 287 aa  164  1.0000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.349553 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1532  periplasmic solute binding protein  33.45 
 
 		 346 aa  164  2.0000000000000002e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2575  Mn transporter MntC  32.96 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1724  periplasmic solute binding protein  32.37 
 
 		 309 aa  162  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.147475  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  30.9 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1010  ABC transporter substrate-binding protein  33.71 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172647  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1278  periplasmic solute binding protein  31.31 
 
 		 315 aa  161  1e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3168  periplasmic solute binding protein  32.82 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.601869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0625  periplasmic solute binding protein  32.27 
 
 		 321 aa  160  2e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0313744  normal  0.289666 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  32.84 
 
 		 305 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3070  periplasmic solute binding protein  31.9 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000101463  hitchhiker  0.00347584 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0297  periplasmic solute binding protein  34.34 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0234277  normal  0.0497295 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0328  chelated iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  32.72 
 
 		 286 aa  160  2e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000651268  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1397  periplasmic solute binding protein  28.67 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.682117  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0669  periplasmic solute binding protein  33.1 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.041189  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0328  periplasmic solute binding protein  33.96 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0037  ABC transporter substrate-binding protein  31 
 
 		 321 aa  160  3e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3282  periplasmic solute binding protein  32.14 
 
 		 311 aa  160  3e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0654  periplasmic solute binding protein  33.1 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00869057  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0722  AfeA  34.04 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.738909  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0688  periplasmic solute binding protein  32.99 
 
 		 314 aa  159  4e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000152738  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06571  ABC transporter substrate-binding protein  31.14 
 
 		 321 aa  159  4e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.140221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4030  periplasmic solute binding protein  34.31 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0298524  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13190  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  32.23 
 
 		 320 aa  159  4e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0992578  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31330  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  33.33 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3452  periplasmic solute binding protein  30.69 
 
 		 310 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593558  normal  0.669669 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0030  periplasmic solute binding protein  33.66 
 
 		 313 aa  159  7e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5758  periplasmic solute binding protein  35.23 
 
 		 319 aa  157  1e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0625952  normal  0.457372 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>