218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2494 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2494  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 265 aa  536  1e-151  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.106258  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1269  XRE family transcriptional regulator  80.31 
 
 		 264 aa  426  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0750  XRE family transcriptional regulator  67.69 
 
 		 283 aa  357  9.999999999999999e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1464  helix-turn-helix domain-containing protein  58.78 
 
 		 301 aa  322  3e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2137  helix-turn-helix domain protein  61.72 
 
 		 283 aa  322  3e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.291672  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1115  XRE family transcriptional regulator  61.72 
 
 		 312 aa  301  7.000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3211  XRE family transcriptional regulator  52.53 
 
 		 263 aa  266  4e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.663604  normal  0.67903 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  47.1 
 
 		 280 aa  221  9e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  46.92 
 
 		 280 aa  218  7e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3623  hypothetical protein  40.31 
 
 		 280 aa  195  7e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3948  hypothetical protein  42.06 
 
 		 287 aa  189  5e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00019593  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0524  hypothetical protein  36.02 
 
 		 276 aa  188  1e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1979  transcriptional regulator, XRE family  41.9 
 
 		 277 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2460  transcriptional regulator, XRE family  43.93 
 
 		 313 aa  178  7e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5457  helix-turn-helix domain-containing protein  40.78 
 
 		 317 aa  176  3e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.669128 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 279 aa  175  7e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2649  helix-turn-helix domain-containing protein  42.69 
 
 		 303 aa  175  7e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 299 aa  175  8e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2807  transcriptional regulator, XRE family  40.64 
 
 		 258 aa  172  5e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1487  XRE family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 276 aa  169  5e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.602198  normal  0.414464 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5755  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 269 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.794513 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1288  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 295 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.153102  normal  0.2669 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4077  helix-turn-helix domain protein  40.15 
 
 		 275 aa  165  6.9999999999999995e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.344536  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6148  XRE family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 284 aa  164  9e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.171229 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3997  XRE family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2624  transcriptional regulator, XRE family  41.6 
 
 		 274 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3276  transcriptional regulator, XRE family  39.23 
 
 		 281 aa  160  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2182  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 270 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4092  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 263 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2287  transcriptional regulator, XRE family  39.62 
 
 		 278 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4741  XRE family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 263 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.678188  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3425  XRE family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 263 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3598  transcriptional regulator, XRE family  38.85 
 
 		 281 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3439  transcriptional regulator, XRE family  39.55 
 
 		 266 aa  156  4e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1816  XRE family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 269 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2428  XRE family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 269 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2101  helix-turn-helix domain protein  38.22 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0866  XRE family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 269 aa  153  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2432  XRE family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 269 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.732467  normal  0.678442 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3292  helix-turn-helix domain protein  39.39 
 
 		 266 aa  152  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2471  XRE family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 269 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2337  XRE family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 269 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.146062 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 297 aa  152  7e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2759  transcriptional regulator, XRE family  37.8 
 
 		 278 aa  151  8e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.468237  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3414  XRE family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2702  helix-turn-helix domain protein  42.79 
 
 		 284 aa  150  2e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.590252 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4269  helix-turn-helix domain protein  38.61 
 
 		 279 aa  150  2e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0718578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0266  XRE family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7525  helix-turn-helix domain protein  36.23 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.507002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4719  XRE family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 285 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3644  XRE family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 285 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3227  helix-turn-helix domain protein  41.3 
 
 		 277 aa  147  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1066  transcriptional regulator, XRE family  40.48 
 
 		 270 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1824  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 259 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375176 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1226  putative DNA-binding protein  40.39 
 
 		 271 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.179938  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1067  hypothetical protein  40.39 
 
 		 271 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1073  hypothetical protein  40.39 
 
 		 271 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24740  Helix-turn-helix protein  38.31 
 
 		 293 aa  146  3e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.284325  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3876  XRE family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 285 aa  145  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0869  transcriptional regulator  40.16 
 
 		 271 aa  145  6e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.939079  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0725  hypothetical protein  40 
 
 		 271 aa  145  9e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0212373  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2289  hypothetical protein  40 
 
 		 271 aa  145  9e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2996  hypothetical protein  40 
 
 		 271 aa  145  9e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1066  helix-turn-helix domain-containing protein  37.76 
 
 		 289 aa  145  9e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0902  XRE family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.477042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1007  XRE family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3065  helix-turn-helix domain protein  42.25 
 
 		 276 aa  144  1e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3682  helix-turn-helix domain protein  38.46 
 
 		 307 aa  143  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5465  XRE family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 285 aa  144  2e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1603  hypothetical protein  39.61 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1431  XRE family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042865 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1766  helix-turn-helix domain protein  36.59 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3092  helix-turn-helix domain protein  37.31 
 
 		 287 aa  142  5e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1731  hypothetical protein  36.9 
 
 		 296 aa  142  7e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.538859  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2768  XRE family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 318 aa  141  9e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5385  XRE family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.49793  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1893  helix-turn-helix domain protein  40 
 
 		 285 aa  140  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.72148  normal  0.792434 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3367  transcriptional regulator, XRE family  35.88 
 
 		 278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2467  XRE family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 285 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.615257 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2728  DNA-binding protein  38.22 
 
 		 282 aa  140  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.925835  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4445  XRE family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 289 aa  139  3e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.926883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3374  transcriptional regulator, XRE family  38.96 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14370  hypothetical protein  35.23 
 
 		 297 aa  138  7e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3277  helix-turn-helix domain protein  36.29 
 
 		 294 aa  138  7e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0492  helix-turn-helix domain protein  38.34 
 
 		 302 aa  137  1e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.107482 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0716  hypothetical protein  39.75 
 
 		 260 aa  137  2e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4526  XRE family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 257 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.421002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4218  XRE family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4284  XRE family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20270  hypothetical protein  37.39 
 
 		 277 aa  135  5e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.161196 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0682  transcriptional regulator, XRE family  37.55 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1162  XRE family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 281 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.157815  normal  0.774005 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5170  XRE family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 280 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.624653  normal  0.480627 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0038  helix-turn-helix domain protein  37.85 
 
 		 300 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3547  XRE family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.311229 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47890  hypothetical protein  38.14 
 
 		 314 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000556405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1586  transcriptional regulator, XRE family  36.65 
 
 		 317 aa  133  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8368  XRE family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 288 aa  132  7.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0445  XRE family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4128  hypothetical protein  38.03 
 
 		 287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.980357  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>