236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0025 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0025  ribosome-binding factor A  100 
 
 
146 aa  292  8e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.129398 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0032  ribosome-binding factor A  88.32 
 
 
137 aa  243  7e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0058  ribosome-binding factor A  78.99 
 
 
138 aa  218  2e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.649534  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0481  ribosome-binding factor A  72.99 
 
 
137 aa  210  4e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.214856  normal  0.376721 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0439  ribosome-binding factor A  73.53 
 
 
137 aa  206  9e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0230  ribosome-binding factor A  72.93 
 
 
136 aa  197  5e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00202036  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0601  ribosome-binding factor A  68.61 
 
 
135 aa  187  3e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4619  ribosome-binding factor A  66.92 
 
 
135 aa  174  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2610  ribosome-binding factor A  64.39 
 
 
139 aa  170  5e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2696  ribosome-binding factor A  63.91 
 
 
145 aa  164  4e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.674256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2922  ribosome-binding factor A  63.91 
 
 
145 aa  164  4e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0301917  normal  0.0601013 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2818  ribosome-binding factor A  63.91 
 
 
145 aa  163  6e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259467  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3726  ribosome-binding factor A  67.72 
 
 
142 aa  160  7e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.879451  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1046  ribosome-binding factor A  59.09 
 
 
141 aa  158  3e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12886  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2294  ribosome-binding factor A  56.35 
 
 
155 aa  149  9e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.121706 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0292  ribosome-binding factor A  56.8 
 
 
151 aa  142  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.887654  normal  0.0167928 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3815  ribosome-binding factor A  53.33 
 
 
132 aa  132  1e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.104911  normal  0.0213018 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0746  ribosome-binding factor A  46.72 
 
 
150 aa  124  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321784  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3442  ribosome-binding factor A  50 
 
 
134 aa  122  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.728771  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0086  ribosome-binding factor A  49.17 
 
 
131 aa  120  6e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.744834  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2166  ribosome-binding factor A  46.21 
 
 
150 aa  119  1e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4066  ribosome-binding factor A  47.58 
 
 
134 aa  119  1e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2078  ribosome-binding factor A  46.21 
 
 
197 aa  119  1e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0263191  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2924  ribosome-binding factor A  47.01 
 
 
165 aa  119  1e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332986  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0170  ribosome-binding factor A  48.39 
 
 
137 aa  119  2e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0610976  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1106  ribosome-binding factor A  46.51 
 
 
140 aa  118  3e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0613  ribosome-binding factor A  49.61 
 
 
136 aa  117  4e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.440259  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4386  ribosome-binding factor A  45.97 
 
 
134 aa  117  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.4784 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3041  ribosome-binding factor A  48 
 
 
135 aa  116  9e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.603703  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2768  ribosome-binding factor A  46.03 
 
 
137 aa  115  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4036  ribosome-binding factor A  41.79 
 
 
143 aa  114  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3046  ribosome-binding factor A  44.09 
 
 
141 aa  113  7e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2799  ribosome-binding factor A  48.03 
 
 
138 aa  111  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285538  normal  0.747306 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3629  ribosome-binding factor A  44.8 
 
 
140 aa  108  2e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.445652  normal  0.0497582 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3782  ribosome-binding factor A  47.46 
 
 
164 aa  108  2e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0911878  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2488  ribosome-binding factor A  48.72 
 
 
135 aa  108  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.266682  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3931  ribosome-binding factor A  43.97 
 
 
133 aa  107  7e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.627477  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0226  ribosome-binding factor A  48.8 
 
 
140 aa  104  3e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.435446  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1255  ribosome-binding factor A  45.24 
 
 
148 aa  103  1e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0038  ribosome-binding factor A  39.07 
 
 
164 aa  102  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623045  normal  0.446494 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2071  ribosome-binding factor A  42.86 
 
 
145 aa  85.1  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.573719 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  39.34 
 
 
123 aa  82.8  2e-15  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  30.83 
 
 
123 aa  70.9  6e-12  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  40.98 
 
 
139 aa  70.5  7e-12  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  38.53 
 
 
118 aa  69.7  1e-11  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  32.54 
 
 
127 aa  69.3  2e-11  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  37.1 
 
 
125 aa  68.2  4e-11  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 
126 aa  68.2  4e-11  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  8.26248e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  40.98 
 
 
138 aa  67  8e-11  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  34.58 
 
 
118 aa  67  9e-11  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  3.6841e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 
118 aa  65.9  2e-10  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 
131 aa  65.9  2e-10  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  1.45103e-05  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 
132 aa  65.9  2e-10  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  1.64371e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  40.35 
 
 
138 aa  65.9  2e-10  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 
118 aa  65.5  3e-10  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.32995e-63 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 
118 aa  65.1  3e-10  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 
118 aa  65.1  3e-10  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 
118 aa  65.1  3e-10  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 
121 aa  64.7  4e-10  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 
118 aa  63.5  9e-10  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 
118 aa  63.5  9e-10  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  32.71 
 
 
118 aa  62.8  1e-09  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  32.71 
 
 
118 aa  62.8  1e-09  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  32.71 
 
 
118 aa  62.8  1e-09  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  38.53 
 
 
122 aa  63.5  1e-09  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 
122 aa  63.2  1e-09  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  5.70949e-12  hitchhiker  1.54001e-07 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  36.79 
 
 
131 aa  62  3e-09  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  39.45 
 
 
121 aa  61.2  4e-09  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  31.19 
 
 
120 aa  61.2  4e-09  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  30.56 
 
 
118 aa  60.8  6e-09  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  31.3 
 
 
119 aa  60.5  7e-09  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  31.48 
 
 
122 aa  59.7  1e-08  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 
122 aa  58.9  2e-08  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3033  ribosome-binding factor A  30 
 
 
129 aa  58.9  2e-08  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000370905  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 
119 aa  59.3  2e-08  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 
116 aa  58.9  2e-08  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  36.79 
 
 
125 aa  59.3  2e-08  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 
116 aa  58.9  2e-08  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  28.46 
 
 
134 aa  59.3  2e-08  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  36.75 
 
 
121 aa  58.5  3e-08  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  32.73 
 
 
118 aa  58.5  3e-08  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  28.95 
 
 
127 aa  58.5  3e-08  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  31.78 
 
 
117 aa  58.2  4e-08  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0319  ribosome-binding factor A  24.76 
 
 
122 aa  58.2  4e-08  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4215  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 
123 aa  57.8  6e-08  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0306353 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0564  ribosome-binding factor A  28.45 
 
 
114 aa  57.4  7e-08  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  37.04 
 
 
126 aa  57  8e-08  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  31.3 
 
 
123 aa  57  9e-08  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  33.01 
 
 
123 aa  56.6  1e-07  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0466  ribosome-binding factor A  28.81 
 
 
115 aa  56.2  1e-07  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  35.09 
 
 
129 aa  56.2  1e-07  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  28.46 
 
 
140 aa  56.6  1e-07  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3851  ribosome-binding factor A  35.96 
 
 
150 aa  56.6  1e-07  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.258524  normal  0.192536 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  33.01 
 
 
123 aa  56.6  1e-07  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26151  ribosome-binding factor A  27.91 
 
 
142 aa  56.6  1e-07  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.549053 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  31.19 
 
 
121 aa  55.5  2e-07  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  32.26 
 
 
119 aa  55.5  2e-07  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1417  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 
169 aa  55.8  2e-07  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0421454  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  32.26 
 
 
119 aa  55.5  2e-07  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  32.76 
 
 
130 aa  55.1  3e-07  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0382472 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>