More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_0255 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009513  Lreu_0255  alanine racemase  100 
 
 
375 aa  781  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000231066  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0910  alanine racemase  48.63 
 
 
367 aa  361  9e-99  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0868736  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1684  alanine racemase  45.7 
 
 
366 aa  328  7e-89  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.531054  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1701  alanine racemase  46.11 
 
 
367 aa  323  2e-87  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1091  alanine racemase  47.58 
 
 
384 aa  320  2e-86  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0210  alanine racemase  46.03 
 
 
387 aa  318  7e-86  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.584138  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1941  alanine racemase  44.77 
 
 
370 aa  315  9e-85  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.0017462  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0267  alanine racemase  45.14 
 
 
389 aa  308  1e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.386935  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0230  alanine racemase  45.95 
 
 
389 aa  308  1e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0224  alanine racemase  45.41 
 
 
389 aa  306  5e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0286  alanine racemase  45.41 
 
 
389 aa  306  5e-82  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0226  alanine racemase  45.28 
 
 
389 aa  306  5e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0264  alanine racemase  45.41 
 
 
389 aa  306  5e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5058  alanine racemase  44.59 
 
 
389 aa  305  6e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0272  alanine racemase  45.28 
 
 
389 aa  305  1e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0252  alanine racemase  45.01 
 
 
389 aa  303  2e-81  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0238  alanine racemase  45.01 
 
 
389 aa  303  2e-81  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0267  alanine racemase  42.59 
 
 
376 aa  303  4e-81  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.227408  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0238  alanine racemase  45.68 
 
 
389 aa  302  5e-81  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1812  alanine racemase  42.2 
 
 
373 aa  281  1e-74  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000273885  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1683  alanine racemase  42.55 
 
 
382 aa  271  9e-72  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1563  alanine racemase  40.05 
 
 
392 aa  270  3e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.985538  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0162  alanine racemase  39.04 
 
 
371 aa  270  4e-71  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1894  alanine racemase  40.58 
 
 
391 aa  269  5e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.695419  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2178  alanine racemase  40.32 
 
 
391 aa  269  6e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2110  alanine racemase  40.32 
 
 
391 aa  269  6e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2163  alanine racemase  40.74 
 
 
391 aa  268  9e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1884  alanine racemase  40.32 
 
 
391 aa  268  1e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2079  alanine racemase  40.05 
 
 
391 aa  267  2e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1932  alanine racemase  40.05 
 
 
391 aa  267  2e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2170  alanine racemase  40.27 
 
 
398 aa  262  6e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.598884  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3236  alanine racemase  39.79 
 
 
391 aa  259  4e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.560123  normal  0.143826 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2070  alanine racemase  39.79 
 
 
391 aa  259  4e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.773595  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2145  alanine racemase  40.8 
 
 
382 aa  257  2e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2107  alanine racemase  40.8 
 
 
382 aa  257  2e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  42.01 
 
 
373 aa  257  3e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  1.96511e-08  decreased coverage  1.76162e-05 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2697  alanine racemase  38.69 
 
 
391 aa  254  1e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0861  alanine racemase  40.38 
 
 
386 aa  251  1e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0852  alanine racemase  39.84 
 
 
386 aa  251  1e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1931  alanine racemase  40.21 
 
 
408 aa  249  7e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0176201  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  40.31 
 
 
379 aa  246  4e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0824  alanine racemase  37.2 
 
 
380 aa  246  5e-64  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.664033  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2926  alanine racemase  36.78 
 
 
389 aa  239  5e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.839244  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0758  alanine racemase  37.26 
 
 
373 aa  238  9e-62  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1641  alanine racemase  38.42 
 
 
386 aa  238  1e-61  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.255625  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1160  alanine racemase  37.33 
 
 
373 aa  236  4e-61  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0905  alanine racemase  36.15 
 
 
389 aa  234  1e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00165979  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0964  alanine racemase  36.46 
 
 
388 aa  233  4e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2865  alanine racemase  40.22 
 
 
370 aa  233  5e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000333192  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1758  alanine racemase  39.84 
 
 
369 aa  231  2e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0063  alanine racemase  36.24 
 
 
373 aa  230  3e-59  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.131019  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0307  alanine racemase  35.64 
 
 
390 aa  227  2e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1484  alanine racemase  40.16 
 
 
390 aa  226  4e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.770988  hitchhiker  8.45672e-07 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3770  alanine racemase  36.89 
 
 
373 aa  226  4e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.646539  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1882  alanine racemase  39.73 
 
 
377 aa  226  5e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1903  alanine racemase  37.13 
 
 
390 aa  224  2e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0696204  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0422  alanine racemase  37.95 
 
 
373 aa  223  4e-57  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1095  alanine racemase  37.93 
 
 
379 aa  222  1e-56  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.885061  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  36.68 
 
 
395 aa  220  3e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0934  alanine racemase  38.27 
 
 
376 aa  219  4e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2594  alanine racemase  39.63 
 
 
433 aa  218  9e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1547  alanine racemase  37.2 
 
 
388 aa  217  2e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0014745  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0057  alanine racemase  37.33 
 
 
390 aa  215  8e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2762  alanine racemase  39.15 
 
 
380 aa  215  9e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00587004  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0472  alanine racemase  37.07 
 
 
380 aa  214  2e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4765  alanine racemase  37 
 
 
851 aa  214  2e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01510  alanine racemase  34.4 
 
 
421 aa  214  3e-54  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0441968 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3850  alanine racemase  37.4 
 
 
384 aa  213  5e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0171  alanine racemase  37.94 
 
 
371 aa  212  1e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0897  alanine racemase  37.23 
 
 
403 aa  210  4e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0923  alanine racemase  37.2 
 
 
403 aa  209  6e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0365906  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2908  alanine racemase  36.51 
 
 
379 aa  209  8e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184968  normal  0.271691 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0862  alanine racemase  35.85 
 
 
403 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2896  alanine racemase  36.77 
 
 
417 aa  206  4e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.644655  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1025  alanine racemase  38.73 
 
 
364 aa  206  7e-52  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0606  alanine racemase  38.95 
 
 
382 aa  205  9e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3461  alanine racemase  37.47 
 
 
379 aa  202  6e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3527  alanine racemase  38.06 
 
 
379 aa  202  8e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3427  alanine racemase  36.61 
 
 
395 aa  201  1e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.764084  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2785  alanine racemase  35.56 
 
 
441 aa  202  1e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0448051 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1026  alanine racemase  36.59 
 
 
364 aa  201  2e-50  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.43119  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0412  alanine racemase  34.6 
 
 
395 aa  199  9e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.650932  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0326  alanine racemase  34.76 
 
 
369 aa  198  1e-49  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.442092  normal  0.535526 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  36.61 
 
 
395 aa  198  1e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2201  alanine racemase  36.63 
 
 
406 aa  198  1e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.419731 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2606  alanine racemase  36.36 
 
 
437 aa  197  2e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.45338e-06 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3576  alanine racemase  36.51 
 
 
395 aa  197  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0975  alanine racemase  34.33 
 
 
373 aa  193  5e-48  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.585584  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  35.11 
 
 
378 aa  192  7e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6556  alanine racemase  37.87 
 
 
388 aa  192  7e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3487  alanine racemase  38.42 
 
 
393 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07700  alanine racemase  33.78 
 
 
434 aa  190  3e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.282075 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13457  alanine racemase  35.28 
 
 
408 aa  190  3e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0132184  hitchhiker  0.000185138 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0804  alanine racemase  37.33 
 
 
365 aa  190  3e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2736  alanine racemase  33.52 
 
 
356 aa  189  5e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.390221  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1132  alanine racemase  33.69 
 
 
380 aa  189  7e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04590  alanine racemase  35.79 
 
 
378 aa  189  7e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.379563 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1646  alanine racemase  32.98 
 
 
374 aa  189  1e-46  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.064552  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1245  alanine racemase  35.84 
 
 
384 aa  186  5e-46  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2084  alanine racemase  35.26 
 
 
375 aa  185  1e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.261095 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>