More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_0287 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008530  LGAS_0287  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
135 aa  273  7e-73  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  8.37447e-16  hitchhiker  0.00000000000000939126 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1488  30S ribosomal protein S12  85.07 
 
 
139 aa  227  5e-59  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142047  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1771  30S ribosomal protein S12  85.07 
 
 
137 aa  224  4e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000038493  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0099  30S ribosomal protein S12  83.58 
 
 
140 aa  223  1e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000814574  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1316  30S ribosomal protein S12  83.58 
 
 
137 aa  223  1e-57  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.000000011083  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1764  30S ribosomal protein S12  83.58 
 
 
137 aa  221  3e-57  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.0000016487  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0105  30S ribosomal protein S12  82.84 
 
 
140 aa  220  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000168481  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0105  30S ribosomal protein S12  82.84 
 
 
140 aa  220  4.9999999999999996e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000228293  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0101  30S ribosomal protein S12  82.84 
 
 
140 aa  220  4.9999999999999996e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.6494e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0099  30S ribosomal protein S12  82.84 
 
 
140 aa  220  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000147316  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0136  30S ribosomal protein S12  82.84 
 
 
140 aa  220  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000243353  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0105  30S ribosomal protein S12  82.84 
 
 
140 aa  220  4.9999999999999996e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000155228  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0117  30S ribosomal protein S12  82.84 
 
 
140 aa  220  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0106  30S ribosomal protein S12  83.58 
 
 
140 aa  220  6e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000499342  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0186  30S ribosomal protein S12  81.34 
 
 
137 aa  219  7e-57  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000101911  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0582  30S ribosomal protein S12  81.34 
 
 
137 aa  219  8e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000131582  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0568  30S ribosomal protein S12  81.34 
 
 
137 aa  219  8e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000132236  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2597  30S ribosomal protein S12  81.34 
 
 
137 aa  219  9.999999999999999e-57  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000786434  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0187  30S ribosomal protein S12  87.22 
 
 
137 aa  219  9.999999999999999e-57  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000318944  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0100  30S ribosomal protein S12  82.09 
 
 
140 aa  218  1.9999999999999999e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000459587  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5200  30S ribosomal protein S12  82.09 
 
 
140 aa  218  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000425498  unclonable  1.01821e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0126  30S ribosomal protein S12  82.09 
 
 
140 aa  218  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000151619  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2716  ribosomal protein S12  79.1 
 
 
137 aa  217  3.9999999999999997e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0495747  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0457  ribosomal protein S12  79.1 
 
 
135 aa  214  2.9999999999999998e-55  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.0000000000930962  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0102  30S ribosomal protein S12  82.44 
 
 
140 aa  214  2.9999999999999998e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl624  30S ribosomal protein S12  74.63 
 
 
137 aa  200  5e-51  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0807  30S ribosomal protein S12  74.63 
 
 
145 aa  200  7e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000025178  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3275  30S ribosomal protein S12  74.07 
 
 
146 aa  197  3e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000846161  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3030  30S ribosomal protein S12  74.81 
 
 
151 aa  197  3.9999999999999996e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000363453  hitchhiker  0.0000189693 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf315  30S ribosomal protein S12  73.13 
 
 
138 aa  197  6e-50  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.113273  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0235  30S ribosomal protein S12  72.39 
 
 
140 aa  195  2.0000000000000003e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000397858  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0315  30S ribosomal protein S12  74.63 
 
 
142 aa  194  4.0000000000000005e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000000451595  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0151  30S ribosomal protein S12  71.64 
 
 
139 aa  192  9e-49  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0417  30S ribosomal protein S12  70.37 
 
 
140 aa  192  1e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000726978  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0614  30S ribosomal protein S12  70.9 
 
 
141 aa  191  2e-48  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.000753493  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0470  30S ribosomal protein S12  72.52 
 
 
144 aa  191  4e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000814349  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_413  ribosomal protein S12  72.52 
 
 
144 aa  191  4e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000235971  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0447  30S ribosomal protein S12  72.52 
 
 
144 aa  190  5e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000945225  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0710  ribosomal protein S12  71.94 
 
 
141 aa  189  1e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0976  30S ribosomal protein S12  73.88 
 
 
128 aa  188  2e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000391683  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2727  30S ribosomal protein S12  74.63 
 
 
142 aa  186  1e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000304201  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1190  30S ribosomal protein S12  71.32 
 
 
144 aa  185  1e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0609738  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4031  30S ribosomal protein S12  71.32 
 
 
144 aa  185  1e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000129313  hitchhiker  0.0000334928 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4339  30S ribosomal protein S12  73.88 
 
 
137 aa  186  1e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.681919  normal  0.587181 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2664  ribosomal protein S12  71.11 
 
 
122 aa  185  2e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0389  30S ribosomal protein S12  71.64 
 
 
124 aa  184  3e-46  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2069  30S ribosomal protein S12  70.15 
 
 
128 aa  184  3e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000594982  normal  0.793383 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0696  30S ribosomal protein S12  73.13 
 
 
123 aa  183  6e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.85077e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1341  30S ribosomal protein S12  70.15 
 
 
123 aa  183  7e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000369822  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3928  30S ribosomal protein S12  69.4 
 
 
124 aa  183  8e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.418026  normal  0.366347 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4320  30S ribosomal protein S12  69.4 
 
 
124 aa  183  8e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00391297 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0189  30S ribosomal protein S12  69.63 
 
 
122 aa  182  1.0000000000000001e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000258978  decreased coverage  0.00196301 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0621  30S ribosomal protein S12  70.15 
 
 
123 aa  182  1.0000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000330783  decreased coverage  1.9094399999999998e-21 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3166  30S ribosomal protein S12  70.9 
 
 
137 aa  182  1.0000000000000001e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.935823 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0281  30S ribosomal protein S12  70.9 
 
 
124 aa  181  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000103953  decreased coverage  0.00000987169 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1907  30S ribosomal protein S12  70.15 
 
 
123 aa  182  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0208943 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0175  30S ribosomal protein S12  70.15 
 
 
129 aa  182  2.0000000000000003e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.000000000018595  normal  0.463989 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2234  30S ribosomal protein S12  70.15 
 
 
135 aa  182  2.0000000000000003e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000995166  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2338  30S ribosomal protein S12  71.64 
 
 
125 aa  181  2.0000000000000003e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000000575958  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2428  30S ribosomal protein S12  70.15 
 
 
135 aa  182  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0584234  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1047  30S ribosomal protein S12  69.4 
 
 
124 aa  181  3e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000671738  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2651  30S ribosomal protein S12  69.4 
 
 
123 aa  181  3e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.31223  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2719  30S ribosomal protein S12  70.9 
 
 
126 aa  181  3e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0011677  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2405  30S ribosomal protein S12  70.9 
 
 
126 aa  181  3e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000879391  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29810  SSU ribosomal protein S12P  69.4 
 
 
124 aa  181  4.0000000000000006e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.378005 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2301  30S ribosomal protein S12  68.66 
 
 
128 aa  181  4.0000000000000006e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000703033  decreased coverage  0.000703335 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0301  30S ribosomal protein S12  68.66 
 
 
124 aa  181  4.0000000000000006e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933242 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0271  30S ribosomal protein S12  69.63 
 
 
126 aa  180  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.635943 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3442  30S ribosomal protein S12  69.63 
 
 
126 aa  180  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000394059  normal  0.236546 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0322  30S ribosomal protein S12  69.63 
 
 
126 aa  180  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46074  normal  0.0169836 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0210  30S ribosomal protein S12  69.4 
 
 
124 aa  180  5.0000000000000004e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000110555  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0582  ribosomal protein S12  70.9 
 
 
124 aa  180  5.0000000000000004e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.114557  normal  0.106054 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2764  30S ribosomal protein S12  69.63 
 
 
126 aa  180  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0416814  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0244  30S ribosomal protein S12  69.63 
 
 
126 aa  180  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.240123  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0262  30S ribosomal protein S12  69.63 
 
 
126 aa  180  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.822385  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0284  30S ribosomal protein S12  70.15 
 
 
136 aa  180  5.0000000000000004e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000309063  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0343  30S ribosomal protein S12  69.63 
 
 
126 aa  180  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1856  30S ribosomal protein S12  69.4 
 
 
137 aa  180  6e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0880493  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1221  30S ribosomal protein S12  69.4 
 
 
124 aa  180  6e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000786754  hitchhiker  0.00402882 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3649  30S ribosomal protein S12  70.15 
 
 
126 aa  180  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111216  hitchhiker  0.000000000929733 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1063  30S ribosomal protein S12  68.66 
 
 
123 aa  180  6e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000011853  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1929  30S ribosomal protein S12  69.4 
 
 
123 aa  180  7e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2014  30S ribosomal protein S12  69.4 
 
 
123 aa  180  7e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1950  30S ribosomal protein S12  69.4 
 
 
123 aa  180  7e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.913755  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1551  30S ribosomal protein S12  70.9 
 
 
123 aa  179  8.000000000000001e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00133332  normal  0.90394 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3751  30S ribosomal protein S12  69.63 
 
 
126 aa  179  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0182749  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3782  30S ribosomal protein S12  69.63 
 
 
126 aa  179  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00172098  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3073  30S ribosomal protein S12  69.63 
 
 
126 aa  179  9.000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0733593  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3809  30S ribosomal protein S12  69.63 
 
 
126 aa  179  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2845  30S ribosomal protein S12  70.15 
 
 
126 aa  179  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.904067  normal  0.207657 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0948  30S ribosomal protein S12  71.64 
 
 
124 aa  179  1e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000100992  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4449  ribosomal protein S12  70.9 
 
 
142 aa  179  1e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0309  30S ribosomal protein S12  70.15 
 
 
126 aa  179  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102814  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1143  30S ribosomal protein S12  70.15 
 
 
134 aa  179  1e-44  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000369356  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0220  30S ribosomal protein S12  69.4 
 
 
124 aa  179  1e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000630102  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0921  30S ribosomal protein S12  68.66 
 
 
124 aa  179  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2465  30S ribosomal protein S12  69.4 
 
 
124 aa  178  2e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0122546 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0704  30S ribosomal protein S12  70.15 
 
 
123 aa  178  2e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000738801  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1919  30S ribosomal protein S12  68.89 
 
 
126 aa  178  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000102606  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3925  30S ribosomal protein S12  68.66 
 
 
124 aa  178  2e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>