More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_1490 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  100 
 
 		 444 aa  909    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  62.65 
 
 		 429 aa  555  1e-157  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  63.93 
 
 		 431 aa  542  1e-153  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  61.72 
 
 		 429 aa  542  1e-153  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  63 
 
 		 434 aa  538  9.999999999999999e-153  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  48.72 
 
 		 442 aa  402  1e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  51.07 
 
 		 427 aa  403  1e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  46.05 
 
 		 432 aa  391  1e-107  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  42.96 
 
 		 434 aa  357  2.9999999999999997e-97  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.6 
 
 		 434 aa  355  1e-96  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.14 
 
 		 434 aa  351  1e-95  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.44 
 
 		 449 aa  345  1e-93  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.09 
 
 		 438 aa  342  5.999999999999999e-93  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.23 
 
 		 435 aa  342  9e-93  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000207484  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  44.96 
 
 		 437 aa  341  2e-92  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  40 
 
 		 454 aa  340  2e-92  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  41.57 
 
 		 436 aa  340  2.9999999999999998e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  41.57 
 
 		 448 aa  340  4e-92  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  41.57 
 
 		 448 aa  340  4e-92  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  40.95 
 
 		 448 aa  338  9.999999999999999e-92  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.95 
 
 		 438 aa  333  2e-90  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  40 
 
 		 450 aa  333  5e-90  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  40 
 
 		 450 aa  331  1e-89  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  40 
 
 		 450 aa  331  1e-89  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  40 
 
 		 450 aa  331  1e-89  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  40 
 
 		 450 aa  331  1e-89  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  40 
 
 		 450 aa  330  2e-89  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  40 
 
 		 450 aa  330  2e-89  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.63 
 
 		 441 aa  330  3e-89  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  40 
 
 		 450 aa  330  3e-89  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  39.76 
 
 		 450 aa  329  7e-89  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  39.86 
 
 		 450 aa  328  8e-89  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  39.86 
 
 		 450 aa  328  8e-89  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0444  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.05 
 
 		 442 aa  328  1.0000000000000001e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0474351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.73 
 
 		 471 aa  328  1.0000000000000001e-88  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  39.5 
 
 		 451 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000747616  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.88 
 
 		 449 aa  327  3e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  38.26 
 
 		 438 aa  327  3e-88  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.95 
 
 		 439 aa  324  2e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  39.14 
 
 		 441 aa  323  4e-87  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  36.57 
 
 		 434 aa  321  9.999999999999999e-87  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  42.08 
 
 		 435 aa  318  1e-85  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000221997  hitchhiker  0.000000785503 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.67 
 
 		 495 aa  318  1e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  37.56 
 
 		 458 aa  316  4e-85  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  37.93 
 
 		 449 aa  317  4e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.06 
 
 		 444 aa  316  5e-85  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.69 
 
 		 450 aa  314  1.9999999999999998e-84  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  38.14 
 
 		 431 aa  313  2.9999999999999996e-84  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  40.77 
 
 		 440 aa  311  2e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.46 
 
 		 425 aa  309  5e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  37.78 
 
 		 446 aa  305  1.0000000000000001e-81  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1749  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.36 
 
 		 451 aa  304  2.0000000000000002e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000349639  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1996  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.41 
 
 		 451 aa  300  3e-80  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.320678  normal  0.0920131 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.3 
 
 		 430 aa  296  5e-79  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0422  RNA modification protein  38.48 
 
 		 446 aa  296  7e-79  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0536856  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.84 
 
 		 450 aa  295  8e-79  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.28 
 
 		 466 aa  292  1e-77  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  38.83 
 
 		 439 aa  288  2e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1331  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.84 
 
 		 417 aa  286  5.999999999999999e-76  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000562047  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.63 
 
 		 434 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.13 
 
 		 456 aa  282  7.000000000000001e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000454579  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.81 
 
 		 434 aa  282  1e-74  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0352  RNA modification enzyme, MiaB family  40.34 
 
 		 458 aa  280  3e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.135679  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.69 
 
 		 429 aa  278  1e-73  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2350  RNA modification protein  40.87 
 
 		 450 aa  278  1e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.787285  normal  0.113226 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  36.66 
 
 		 436 aa  276  7e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1790  RNA modification enzyme, MiaB family  35.56 
 
 		 452 aa  273  4.0000000000000004e-72  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0115132  normal  0.0236064 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1414  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40 
 
 		 420 aa  271  2e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2221  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.61 
 
 		 444 aa  267  2.9999999999999995e-70  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000670309 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.58 
 
 		 467 aa  266  8e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1560  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.27 
 
 		 411 aa  265  2e-69  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.37 
 
 		 420 aa  264  2e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0969  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.13 
 
 		 421 aa  264  2e-69  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1182  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.95 
 
 		 441 aa  260  3e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0484271  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0298  RNA modification enzyme, MiaB family  36.82 
 
 		 431 aa  260  4e-68  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2594  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.46 
 
 		 425 aa  259  7e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.858187 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0935  MiaB-like radical SAM protein  38.46 
 
 		 425 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2852  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.8 
 
 		 444 aa  258  1e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2980  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.46 
 
 		 425 aa  258  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.065406 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3229  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.07 
 
 		 416 aa  257  3e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0152656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1860  hypothetical protein  36.36 
 
 		 427 aa  256  5e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.17951  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0853  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.64 
 
 		 416 aa  256  5e-67  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.230835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1933  hypothetical protein  36.36 
 
 		 427 aa  256  5e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_835  tRNA modification enzyme, MiaB family  34.61 
 
 		 416 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.258618  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4866  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.2 
 
 		 449 aa  254  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0926  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.8 
 
 		 427 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.084888  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2810  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.8 
 
 		 421 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.756102  normal  0.266811 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0459  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.52 
 
 		 453 aa  254  3e-66  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.240377  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0566  hypothetical protein  33.41 
 
 		 470 aa  253  6e-66  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.59061  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1728  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.94 
 
 		 438 aa  252  8.000000000000001e-66  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.479022  decreased coverage  0.00502843 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2207  RNA modification enzyme, MiaB family  31.86 
 
 		 440 aa  252  1e-65  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0319  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.41 
 
 		 419 aa  251  2e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0214  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.96 
 
 		 420 aa  250  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0176423 
 
 
-
 
NC_002936  DET0962  MiaB family tRNA modification protein  33.1 
 
 		 413 aa  246  4e-64  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0018  MiaB family tRNA modification protein  34.47 
 
 		 427 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1807  RNA modification enzyme, MiaB family  32.94 
 
 		 451 aa  246  6e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000210311  decreased coverage  0.000315868 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2497  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.71 
 
 		 411 aa  246  8e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0715823  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2087  RNA modification protein  35.55 
 
 		 458 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.464184  normal  0.0294097 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6072  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.11 
 
 		 449 aa  243  6e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0928741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0373  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.18 
 
 		 434 aa  242  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.215959  normal  0.928701 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>