More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0459 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0459  MiaB-like tRNA modifying enzyme  100 
 
 		 453 aa  926    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.240377  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0422  RNA modification protein  59.33 
 
 		 446 aa  533  1e-150  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0536856  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0352  RNA modification enzyme, MiaB family  57.08 
 
 		 458 aa  499  1e-140  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.135679  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0566  hypothetical protein  53.62 
 
 		 470 aa  490  1e-137  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.59061  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1728  MiaB-like tRNA modifying enzyme  54.57 
 
 		 438 aa  475  1e-133  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.479022  decreased coverage  0.00502843 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1790  RNA modification enzyme, MiaB family  50.56 
 
 		 452 aa  433  1e-120  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0115132  normal  0.0236064 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1996  MiaB-like tRNA modifying enzyme  48.88 
 
 		 451 aa  419  1e-116  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.320678  normal  0.0920131 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.84 
 
 		 449 aa  313  5.999999999999999e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.09 
 
 		 425 aa  311  1e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.93 
 
 		 439 aa  312  1e-83  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.77 
 
 		 435 aa  310  4e-83  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000207484  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0444  MiaB-like tRNA modifying enzyme  43.47 
 
 		 442 aa  309  5.9999999999999995e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0474351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.4 
 
 		 441 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  40.81 
 
 		 438 aa  303  5.000000000000001e-81  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_002950  PG2221  MiaB-like tRNA modifying enzyme  43.44 
 
 		 444 aa  298  2e-79  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000670309 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.46 
 
 		 444 aa  293  6e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  40.62 
 
 		 441 aa  288  2e-76  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.92 
 
 		 429 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  37.58 
 
 		 458 aa  285  1.0000000000000001e-75  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.65 
 
 		 429 aa  282  1e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.3 
 
 		 449 aa  280  4e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.65 
 
 		 434 aa  276  5e-73  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.28 
 
 		 434 aa  276  6e-73  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  38.91 
 
 		 440 aa  273  6e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  38.35 
 
 		 451 aa  272  7e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000747616  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.92 
 
 		 450 aa  272  1e-71  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.68 
 
 		 442 aa  271  1e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.3 
 
 		 471 aa  266  7e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  37.36 
 
 		 450 aa  265  8e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  37.67 
 
 		 449 aa  265  1e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  37.16 
 
 		 450 aa  264  2e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.64 
 
 		 432 aa  265  2e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  37.16 
 
 		 450 aa  265  2e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  37.16 
 
 		 450 aa  264  2e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  37.16 
 
 		 450 aa  264  3e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  37.16 
 
 		 450 aa  264  3e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  37.16 
 
 		 450 aa  264  3e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  37.16 
 
 		 450 aa  264  3e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  37.64 
 
 		 450 aa  264  3e-69  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.98 
 
 		 444 aa  263  6e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.68 
 
 		 456 aa  263  6e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000454579  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  37.16 
 
 		 450 aa  263  6.999999999999999e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  37.16 
 
 		 450 aa  263  6.999999999999999e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  38.01 
 
 		 434 aa  263  6.999999999999999e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  36.12 
 
 		 434 aa  261  1e-68  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.48 
 
 		 431 aa  261  2e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.12 
 
 		 434 aa  260  4e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.53 
 
 		 427 aa  260  4e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  36.73 
 
 		 454 aa  259  1e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  36.96 
 
 		 435 aa  259  1e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000221997  hitchhiker  0.000000785503 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.86 
 
 		 495 aa  258  2e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.77 
 
 		 438 aa  258  2e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  36.21 
 
 		 431 aa  255  1.0000000000000001e-66  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  38 
 
 		 437 aa  253  5.000000000000001e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  35.91 
 
 		 448 aa  253  6e-66  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  36.12 
 
 		 448 aa  251  2e-65  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  36.12 
 
 		 448 aa  251  2e-65  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  35.18 
 
 		 436 aa  248  1e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1331  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.2 
 
 		 417 aa  246  4e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000562047  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1182  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.68 
 
 		 441 aa  238  1e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0484271  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  32.89 
 
 		 446 aa  238  2e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.51 
 
 		 430 aa  235  1.0000000000000001e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.9 
 
 		 429 aa  232  8.000000000000001e-60  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_835  tRNA modification enzyme, MiaB family  34.86 
 
 		 416 aa  231  2e-59  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.258618  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.06 
 
 		 466 aa  228  1e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.85 
 
 		 434 aa  226  7e-58  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1749  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.18 
 
 		 451 aa  226  7e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000349639  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.12 
 
 		 450 aa  224  3e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.39 
 
 		 438 aa  224  4e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0853  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.79 
 
 		 416 aa  223  4e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.230835  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.68 
 
 		 434 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.12 
 
 		 467 aa  221  3e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  34.42 
 
 		 439 aa  219  7e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0626  RNA modification enzyme, MiaB family  35.1 
 
 		 439 aa  217  2.9999999999999998e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.196268  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2352  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.87 
 
 		 443 aa  217  4e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0962  MiaB family tRNA modification protein  34.22 
 
 		 413 aa  216  9e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  32.79 
 
 		 436 aa  216  9e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1294  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.56 
 
 		 409 aa  214  1.9999999999999998e-54  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6072  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.35 
 
 		 449 aa  214  2.9999999999999995e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0928741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1560  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.58 
 
 		 411 aa  213  5.999999999999999e-54  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4866  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.46 
 
 		 449 aa  212  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0503  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.5 
 
 		 408 aa  211  3e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0926  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.99 
 
 		 427 aa  209  6e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.084888  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1886  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.95 
 
 		 468 aa  209  1e-52  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000824769  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1414  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.06 
 
 		 420 aa  207  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.35 
 
 		 420 aa  207  4e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0515  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.89 
 
 		 443 aa  205  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.481565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0252  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.38 
 
 		 423 aa  205  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136132  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2497  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.99 
 
 		 411 aa  204  3e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0715823  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0969  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.64 
 
 		 421 aa  203  4e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1933  hypothetical protein  36.23 
 
 		 427 aa  202  8e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.19 
 
 		 423 aa  202  8e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1860  hypothetical protein  36.23 
 
 		 427 aa  202  8e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.17951  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2775  2-methylthioadenine synthetase  33.25 
 
 		 422 aa  202  9.999999999999999e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.254506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2350  RNA modification protein  36.62 
 
 		 450 aa  202  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.787285  normal  0.113226 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2810  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.41 
 
 		 421 aa  199  9e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.756102  normal  0.266811 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0785  MiaB family tRNA modification protein  32 
 
 		 429 aa  197  2.0000000000000003e-49  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0214  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.39 
 
 		 420 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0176423 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0789  tRNA 2-methylthioadenosine synthase  30.88 
 
 		 411 aa  197  4.0000000000000005e-49  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.594901  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0217  MiaB family tRNA modification protein  30.07 
 
 		 412 aa  197  5.000000000000001e-49  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>