More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG2221 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG2221  MiaB-like tRNA modifying enzyme  100 
 
 
444 aa  914    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000670309 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  51.75 
 
 
441 aa  429  1e-119  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0444  MiaB-like tRNA modifying enzyme  51.52 
 
 
442 aa  418  1e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0474351  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  50.91 
 
 
439 aa  415  9.999999999999999e-116  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  51.71 
 
 
441 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  52.17 
 
 
449 aa  414  1e-114  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  50.82 
 
 
438 aa  414  1e-114  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  48.7 
 
 
425 aa  409  1e-113  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  49.31 
 
 
444 aa  407  1.0000000000000001e-112  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  49.07 
 
 
435 aa  401  9.999999999999999e-111  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000207484  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  47.69 
 
 
458 aa  399  9.999999999999999e-111  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1728  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.99 
 
 
438 aa  319  7.999999999999999e-86  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.479022  decreased coverage  0.00502843 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0422  RNA modification protein  43.43 
 
 
446 aa  318  1e-85  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0536856  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1996  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.14 
 
 
451 aa  298  1e-79  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.320678  normal  0.0920131 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  39.91 
 
 
451 aa  295  1e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000747616  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  37.68 
 
 
434 aa  295  1e-78  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  39.28 
 
 
449 aa  293  3e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0459  MiaB-like tRNA modifying enzyme  43.44 
 
 
453 aa  291  1e-77  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.240377  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  36.55 
 
 
454 aa  286  5.999999999999999e-76  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  37.04 
 
 
434 aa  285  2.0000000000000002e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  39.2 
 
 
448 aa  283  3.0000000000000004e-75  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0352  RNA modification enzyme, MiaB family  41.57 
 
 
458 aa  282  8.000000000000001e-75  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.135679  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1790  RNA modification enzyme, MiaB family  42.27 
 
 
452 aa  282  8.000000000000001e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0115132  normal  0.0236064 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  39.44 
 
 
450 aa  281  2e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  39.44 
 
 
450 aa  281  2e-74  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  35.27 
 
 
431 aa  280  3e-74  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  39.63 
 
 
450 aa  280  4e-74  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  38.8 
 
 
450 aa  280  5e-74  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  38.8 
 
 
450 aa  280  5e-74  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  39.44 
 
 
450 aa  279  6e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  39.44 
 
 
450 aa  279  6e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  38.6 
 
 
450 aa  279  7e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  39.63 
 
 
450 aa  279  7e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  39.44 
 
 
450 aa  279  8e-74  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  39.44 
 
 
450 aa  279  8e-74  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.66 
 
 
434 aa  279  9e-74  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.9 
 
 
449 aa  278  1e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.42 
 
 
434 aa  277  3e-73  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  39.22 
 
 
435 aa  276  5e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000221997  hitchhiker  0.000000785503 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.73 
 
 
429 aa  276  6e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.35 
 
 
450 aa  275  8e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  38.05 
 
 
448 aa  271  2e-71  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  38.05 
 
 
448 aa  271  2e-71  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.87 
 
 
444 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.6 
 
 
438 aa  269  8.999999999999999e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0566  hypothetical protein  39.52 
 
 
470 aa  268  2e-70  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.59061  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.77 
 
 
431 aa  266  5e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.99 
 
 
429 aa  266  5.999999999999999e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.69 
 
 
430 aa  264  2e-69  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  36.56 
 
 
436 aa  264  3e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.54 
 
 
456 aa  260  3e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000454579  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.16 
 
 
471 aa  260  4e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.02 
 
 
434 aa  259  6e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  38.46 
 
 
439 aa  258  1e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.51 
 
 
495 aa  258  1e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.46 
 
 
466 aa  256  4e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.5 
 
 
432 aa  256  8e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.5 
 
 
438 aa  254  3e-66  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.58 
 
 
427 aa  245  9e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  34.06 
 
 
446 aa  244  1.9999999999999999e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  35.81 
 
 
436 aa  242  1e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_835  tRNA modification enzyme, MiaB family  34.83 
 
 
416 aa  238  1e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.258618  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0853  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.75 
 
 
416 aa  238  1e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.230835  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.18 
 
 
429 aa  237  4e-61  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  38.35 
 
 
437 aa  237  4e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.39 
 
 
434 aa  236  7e-61  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.03 
 
 
434 aa  234  3e-60  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0962  MiaB family tRNA modification protein  33.72 
 
 
413 aa  233  6e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1560  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.29 
 
 
411 aa  231  2e-59  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.66 
 
 
450 aa  229  1e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0969  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.4 
 
 
421 aa  226  4e-58  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1331  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.07 
 
 
417 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000562047  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2207  RNA modification enzyme, MiaB family  34.19 
 
 
440 aa  226  5.0000000000000005e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.76 
 
 
467 aa  225  1e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.8 
 
 
442 aa  225  1e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  33.66 
 
 
440 aa  223  4.9999999999999996e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1749  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.32 
 
 
451 aa  219  7.999999999999999e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000349639  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1294  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.07 
 
 
409 aa  216  5e-55  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0789  tRNA 2-methylthioadenosine synthase  33.25 
 
 
411 aa  212  1e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.594901  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0785  MiaB family tRNA modification protein  34.65 
 
 
429 aa  212  1e-53  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0503  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.04 
 
 
408 aa  211  3e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0626  RNA modification enzyme, MiaB family  34.91 
 
 
439 aa  210  5e-53  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.196268  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2352  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.73 
 
 
443 aa  209  7e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0217  MiaB family tRNA modification protein  32.89 
 
 
412 aa  209  8e-53  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.97 
 
 
420 aa  209  1e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1807  RNA modification enzyme, MiaB family  32.7 
 
 
451 aa  208  1e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000210311  decreased coverage  0.000315868 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1182  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.22 
 
 
441 aa  206  6e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0484271  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0214  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.57 
 
 
420 aa  206  8e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0176423 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6072  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.66 
 
 
449 aa  206  8e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0928741  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07250  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  33.76 
 
 
515 aa  202  9.999999999999999e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.673906  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2810  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.3 
 
 
421 aa  202  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.756102  normal  0.266811 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0795  RNA modification enzyme, MiaB family  35.69 
 
 
423 aa  200  5e-50  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.134555  normal  0.773593 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0926  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.58 
 
 
427 aa  199  6e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.084888  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0515  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.41 
 
 
443 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.481565  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3405  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.56 
 
 
435 aa  196  5.000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1414  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.86 
 
 
420 aa  196  6e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27690  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  33.7 
 
 
494 aa  196  8.000000000000001e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.751852 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4866  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.91 
 
 
449 aa  196  8.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07660  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.33 
 
 
409 aa  196  1e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.738464 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1886  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.09 
 
 
468 aa  194  2e-48  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000824769  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>