205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_4060 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_4060  ribonuclease P  100 
 
 		 116 aa  236  8e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175953  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4151  ribonuclease P  95.69 
 
 		 116 aa  222  1e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4431  ribonuclease P  51.33 
 
 		 113 aa  122  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3625  ribonuclease P protein component  38.89 
 
 		 135 aa  84  6e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.284043  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1969  ribonuclease P protein component  43.24 
 
 		 130 aa  81.6  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.171336  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3644  ribonuclease P protein component  38.32 
 
 		 123 aa  80.9  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00220014  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0100  ribonuclease P protein component  45.16 
 
 		 121 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2141  ribonuclease P protein component  36.13 
 
 		 130 aa  72.8  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.154596 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4360  ribonuclease P protein component  42.53 
 
 		 116 aa  70.1  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4497  ribonuclease P protein component  40.23 
 
 		 116 aa  67.8  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4516  ribonuclease P protein component  40.23 
 
 		 116 aa  67  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3317  ribonuclease P  36.52 
 
 		 128 aa  67  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0890  ribonuclease P protein component  35.87 
 
 		 180 aa  65.5  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0029715 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0006  ribonuclease P protein component  37.1 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0503027 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0121  ribonuclease P protein component  37.04 
 
 		 119 aa  64.7  0.0000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.406927  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3759  ribonuclease P protein component  37 
 
 		 130 aa  63.2  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2390  ribonuclease P protein component  30.97 
 
 		 130 aa  62.8  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102633  hitchhiker  0.0000000753131 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2595  ribonuclease P protein component  35.34 
 
 		 119 aa  62  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2934  ribonuclease P protein component  43.02 
 
 		 115 aa  62.4  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000200185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3328  ribonuclease P protein component  39.29 
 
 		 113 aa  62.4  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0012018  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23600  ribonuclease P protein component  30 
 
 		 121 aa  60.8  0.000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000731452  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3897  ribonuclease P protein component  35.9 
 
 		 132 aa  60.5  0.000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0590207  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3615  ribonuclease P protein component  36.54 
 
 		 106 aa  60.5  0.000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.250922 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0604  ribonuclease P protein component  33.94 
 
 		 118 aa  59.3  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00426381  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52470  ribonuclease P  34.75 
 
 		 130 aa  59.3  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3945  ribonuclease P  37.11 
 
 		 116 aa  59.3  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4486  ribonuclease P protein component  35.34 
 
 		 132 aa  58.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000175876  hitchhiker  0.00000000129187 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4622  ribonuclease P  36.44 
 
 		 134 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1022  ribonuclease P  37.14 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.358481  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0096  ribonuclease P  40.4 
 
 		 133 aa  58.2  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3155  ribonuclease P protein component  40.54 
 
 		 87 aa  58.9  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0217012  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3320  ribonuclease P protein component  31.25 
 
 		 120 aa  57.8  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2883  ribonuclease P protein component  31.78 
 
 		 123 aa  58.2  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0117467  normal  0.419637 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2602  ribonuclease P protein component  29.73 
 
 		 116 aa  57.8  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.201057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0963  ribonuclease P  37.14 
 
 		 145 aa  57.4  0.00000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0034  ribonuclease P protein component  37.78 
 
 		 116 aa  57.4  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0035  ribonuclease P protein component  37.78 
 
 		 116 aa  57.4  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.816345  normal  0.309207 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2792  ribonuclease P  34 
 
 		 117 aa  56.6  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.437521  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0001  ribonuclease P protein component  33.33 
 
 		 123 aa  56.2  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0001269  unclonable  0.0000473513 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0081  ribonuclease P  39.39 
 
 		 133 aa  56.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.284943 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4369  ribonuclease P protein component  36.9 
 
 		 109 aa  56.6  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.126994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1040  ribonuclease P protein component  35.71 
 
 		 129 aa  56.6  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000299838  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2735  ribonuclease P  34 
 
 		 117 aa  56.6  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.178342  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5614  ribonuclease P  34.29 
 
 		 115 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.234038  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0008  ribonuclease P  34.75 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000255186 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5638  ribonuclease P  34.29 
 
 		 115 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.108517  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0408  ribonuclease P  38.89 
 
 		 109 aa  55.8  0.0000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5340  ribonuclease P  33.64 
 
 		 119 aa  55.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000509102  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5168  ribonuclease P  33.64 
 
 		 119 aa  55.8  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000202449  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5184  ribonuclease P  33.64 
 
 		 119 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000560819  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5737  ribonuclease P  33.64 
 
 		 119 aa  55.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.123315  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1629  ribonuclease P protein component  35.71 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.315219  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5597  ribonuclease P  33.64 
 
 		 119 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5321  ribonuclease P  34.29 
 
 		 115 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.852432 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5311  ribonuclease P  34.75 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0346243 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0002  ribonuclease P  34 
 
 		 115 aa  55.5  0.0000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00006762  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31970  ribonuclease P protein component  38.68 
 
 		 122 aa  55.1  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0080  ribonuclease P  42.17 
 
 		 132 aa  55.1  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73420  ribonuclease P  33.62 
 
 		 135 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0472215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5674  ribonuclease P  34.29 
 
 		 115 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0640013  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6370  ribonuclease P  33.62 
 
 		 135 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0069  ribonuclease P protein component  39.58 
 
 		 137 aa  55.1  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0219  ribonuclease P protein component  33.04 
 
 		 154 aa  54.7  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2721  ribonuclease P protein component  43.96 
 
 		 137 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0959795 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0454  ribonuclease P  41.51 
 
 		 129 aa  53.5  0.0000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0715455  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2198  ribonuclease P protein component  30.85 
 
 		 162 aa  53.5  0.0000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000952989  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5614  ribonuclease P protein component  33.62 
 
 		 133 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5136  ribonuclease P  33.62 
 
 		 133 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1060  ribonuclease P protein component  42.86 
 
 		 137 aa  52.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.569481  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2396  ribonuclease P protein component  33.66 
 
 		 125 aa  53.5  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000000617506  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0641  ribonuclease P protein component  37.29 
 
 		 132 aa  52.8  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0001  ribonuclease P  33.9 
 
 		 134 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3116  ribonuclease P protein  34.83 
 
 		 147 aa  52.4  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134216  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4027  ribonuclease P  34.29 
 
 		 115 aa  52.4  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.246151  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2146  ribonuclease P protein component  30.7 
 
 		 123 aa  52  0.000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000164935  unclonable  0.0000011472 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1355  ribonuclease P protein component  34.38 
 
 		 117 aa  51.6  0.000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00991852  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0129  ribonuclease P  32.99 
 
 		 117 aa  51.6  0.000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5280  ribonuclease P  33.33 
 
 		 115 aa  52  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00507948  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4984  ribonuclease P protein component  30.58 
 
 		 122 aa  51.6  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2932  hypothetical protein  34.82 
 
 		 114 aa  51.2  0.000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0332  ribonuclease P protein component  72.22 
 
 		 129 aa  51.2  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1200  ribonuclease P protein component  35.29 
 
 		 150 aa  51.2  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00390619 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1738  ribonuclease P protein component  37.8 
 
 		 116 aa  51.2  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000204064  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5745  ribonuclease P  32.76 
 
 		 133 aa  50.8  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00936025  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0869  ribonuclease P protein component  34.15 
 
 		 109 aa  51.2  0.000005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1790  ribonuclease P  30 
 
 		 111 aa  51.2  0.000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000000276815  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3123  ribonuclease P protein component  32.04 
 
 		 108 aa  51.2  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.0000000870513  hitchhiker  0.0000000610775 
 
 
-
 
NC_002620  TC0167  ribonuclease P  31.43 
 
 		 119 aa  50.8  0.000007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  decreased coverage  0.00183081  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3076  hypothetical protein  34.82 
 
 		 114 aa  50.4  0.000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4137  ribonuclease P protein component  41.18 
 
 		 107 aa  50.1  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0213874  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0576  ribonuclease P protein component  32.71 
 
 		 162 aa  49.7  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3215  ribonuclease P protein component  33.33 
 
 		 114 aa  49.7  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1047  ribonuclease P  34.95 
 
 		 121 aa  50.1  0.00001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.012443  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1331  ribonuclease P protein component  33.33 
 
 		 117 aa  50.1  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000271159  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4508  ribonuclease P protein component  39.53 
 
 		 170 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4266  ribonuclease P  32.43 
 
 		 119 aa  49.7  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000515429  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0312  ribonuclease P protein component  50.79 
 
 		 145 aa  49.3  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0011  ribonuclease P  33.33 
 
 		 118 aa  48.9  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000676804  hitchhiker  0.000546181 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1438  RNase P protein component  38.89 
 
 		 119 aa  48.9  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2949  ribonuclease P protein component  44.78 
 
 		 120 aa  49.3  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000512551  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>