More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1474 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 286 aa  587  1e-166  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  79.72 
 
 		 288 aa  481  1e-135  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  61.43 
 
 		 289 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  55.9 
 
 		 288 aa  347  1e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  56.89 
 
 		 288 aa  346  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  56.89 
 
 		 288 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  56.89 
 
 		 288 aa  346  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  57.86 
 
 		 288 aa  343  2e-93  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  56.54 
 
 		 288 aa  343  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 289 aa  313  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  52.31 
 
 		 289 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  52.52 
 
 		 279 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4381  transcription activator effector binding  51.75 
 
 		 286 aa  301  8.000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  51.96 
 
 		 288 aa  299  3e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 294 aa  287  1e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3013  transcription activator, effector binding  49.83 
 
 		 289 aa  285  5.999999999999999e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  46.79 
 
 		 279 aa  257  1e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4566  transcriptional regulator, AraC family  47.22 
 
 		 293 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  45.71 
 
 		 279 aa  249  3e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1354  AraC family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 293 aa  247  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.558119  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1644  transcriptional regulator, AraC family  44.64 
 
 		 293 aa  239  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0930139  normal  0.386203 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  44.48 
 
 		 284 aa  239  4e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  44.74 
 
 		 265 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 296 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04745  transcriptional regulator  47.52 
 
 		 255 aa  223  3e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1272  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 350 aa  188  9e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.702716  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2489  transcription activator, effector binding  36.03 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02895  predicted transcriptional regulator  50.97 
 
 		 160 aa  176  4e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0677  transcription activator effector binding protein  50.97 
 
 		 160 aa  176  4e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0674  transcription activator effector binding  50.97 
 
 		 160 aa  176  4e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.112574 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02845  hypothetical protein  50.97 
 
 		 160 aa  176  4e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.429305  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3201  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  50.97 
 
 		 160 aa  176  4e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3312  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  50.97 
 
 		 160 aa  175  6e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.735437  normal  0.0832613 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3488  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  50.97 
 
 		 160 aa  175  8e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4332  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  50.97 
 
 		 160 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3457  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  49.68 
 
 		 160 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29584  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  35.74 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  148  9e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2590  transcription activator, effector binding  30.26 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  32 
 
 		 308 aa  145  6e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 326 aa  142  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2167  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 283 aa  132  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.273156  normal  0.0865176 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  33.57 
 
 		 314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1956  transcriptional regulator, AraC family  32.51 
 
 		 283 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0993473  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2929  AraC family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0126  AraC family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436666  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0140  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3953  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0509927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  29.93 
 
 		 289 aa  116  5e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  29.05 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  26.4 
 
 		 326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  29.05 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  28.28 
 
 		 289 aa  112  7.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  28.07 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 277 aa  110  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 296 aa  109  6e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 296 aa  109  6e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 296 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  27.66 
 
 		 289 aa  108  9.000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0946  transcriptional regulator, AraC family  30.25 
 
 		 286 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584518  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  29.27 
 
 		 296 aa  106  5e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 296 aa  103  4e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001047  transcriptional regulator AraC family  27.94 
 
 		 299 aa  102  7e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7295  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158014  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5359  transcriptional regulator, AraC family  29.15 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.6789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  27.61 
 
 		 291 aa  100  4e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  26.86 
 
 		 310 aa  99.4  7e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 300 aa  97.4  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2759  AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 292 aa  97.4  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  29.08 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1922  transcriptional regulator, AraC family  28.18 
 
 		 291 aa  95.9  6e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.890213  normal  0.89853 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 300 aa  95.9  7e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  29.43 
 
 		 300 aa  95.5  8e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2210  transcriptional regulator, AraC family  27.33 
 
 		 291 aa  95.1  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0186  transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 		 452 aa  94  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 300 aa  93.6  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  29.08 
 
 		 300 aa  93.2  4e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 300 aa  93.2  4e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 300 aa  93.2  4e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 300 aa  93.2  4e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  28.9 
 
 		 302 aa  93.2  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0216  transcriptional regulator, AraC family  47.17 
 
 		 299 aa  92.8  6e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0192  AraC family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 299 aa  92.4  8e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0179  AraC family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 299 aa  92.4  8e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0147136  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0211  transcriptional regulator, AraC family  46.23 
 
 		 299 aa  92.4  8e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0191  AraC family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 299 aa  92.4  8e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4986  AraC family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 290 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0182  AraC family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4053  AraC family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 277 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4973  transcriptional regulator, AraC family  24.57 
 
 		 290 aa  89.7  4e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0176  AraC family transcriptional regulator  44.34 
 
 		 299 aa  89.4  6e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4582  AraC family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 290 aa  89  8e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.763033  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6275  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 279 aa  89  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4957  transcriptional regulator, AraC family  25.94 
 
 		 290 aa  88.2  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0165  AraC family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 298 aa  87.4  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>