More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_155 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  98.43 
 
 		 573 aa  1170    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1781  hydrogenase, Fe-only  57.52 
 
 		 578 aa  656    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  55.71 
 
 		 573 aa  653    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  54.7 
 
 		 582 aa  652    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  58.52 
 
 		 573 aa  668    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  100 
 
 		 573 aa  1187    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  58.77 
 
 		 583 aa  674    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0342  hydrogenase, Fe-only  54.09 
 
 		 582 aa  662    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  95.64 
 
 		 573 aa  1132    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0152  hydrogenase, Fe-only  56.41 
 
 		 580 aa  645    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  53.73 
 
 		 579 aa  666    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  54.37 
 
 		 581 aa  662    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  53.51 
 
 		 576 aa  635    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2467  hydrogenase, Fe-only  52.44 
 
 		 574 aa  628  1e-179  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  53.6 
 
 		 578 aa  618  1e-176  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1651  hydrogenases, Fe-only  53.14 
 
 		 593 aa  620  1e-176  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.556328  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1337  hydrogenase, Fe-only  54.82 
 
 		 590 aa  621  1e-176  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02980  NADH dehydrogenase I subunit G  54.69 
 
 		 570 aa  608  1e-173  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1149  hydrogenase, Fe-only  53.59 
 
 		 569 aa  604  1.0000000000000001e-171  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000253121  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3805  hydrogenase, Fe-only  49.22 
 
 		 582 aa  601  1e-170  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1017  iron hydrogenase, small subunit  52.28 
 
 		 574 aa  595  1e-168  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2436  (Fe) hydrogenase, large subunit HymC, putative  53.26 
 
 		 563 aa  590  1e-167  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000128912  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3290  hydrogenases, Fe-only  48.36 
 
 		 594 aa  578  1.0000000000000001e-163  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1085  hydrogenase, Fe-only  49.91 
 
 		 577 aa  570  1e-161  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1544  hydrogenase, Fe-only  48.88 
 
 		 581 aa  561  1.0000000000000001e-159  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557218 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3829  hydrogenase, Fe-only  47.93 
 
 		 625 aa  557  1e-157  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2159  hydrogenase, Fe-only  50.69 
 
 		 582 aa  558  1e-157  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0625  hydrogenase, Fe-only  49.14 
 
 		 587 aa  555  1e-156  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000144729  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0723  hydrogenase, Fe-only  51.12 
 
 		 578 aa  555  1e-156  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  49.05 
 
 		 582 aa  554  1e-156  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1605  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  48.89 
 
 		 585 aa  543  1e-153  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0533  hydrogenase, Fe-only  47.73 
 
 		 582 aa  544  1e-153  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0310904  normal  0.240554 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0150  hydrogenase, Fe-only  48.63 
 
 		 585 aa  540  9.999999999999999e-153  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  47.71 
 
 		 666 aa  536  1e-151  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3601  hydrogenase, Fe-only  48.54 
 
 		 587 aa  538  1e-151  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1633  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  48.45 
 
 		 585 aa  531  1e-149  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000469619  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1548  hydrogenase, Fe-only  48.27 
 
 		 615 aa  531  1e-149  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0747  hydrogenase, Fe-only  48.78 
 
 		 582 aa  530  1e-149  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  48.08 
 
 		 586 aa  526  1e-148  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0723  hydrogenase, Fe-only  48.43 
 
 		 582 aa  526  1e-148  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2655  iron hydrogenase  46.07 
 
 		 572 aa  512  1e-144  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2341  iron hydrogenase  45.55 
 
 		 572 aa  512  1e-144  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  43.38 
 
 		 562 aa  494  9.999999999999999e-139  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0137  hydrogenase, Fe-only  43.74 
 
 		 619 aa  487  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1384  hydrogenases, Fe-only  44.97 
 
 		 606 aa  484  1e-135  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2502  iron-containing hydrogenase, Hyd gamma  44.91 
 
 		 598 aa  481  1e-134  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  41.2 
 
 		 601 aa  479  1e-134  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4621  hydrogenase, Fe-only  52.74 
 
 		 527 aa  476  1e-133  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1593  Fe-hydrogenase  45.12 
 
 		 596 aa  472  1e-132  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0290  hydrogenase, Fe-only  51.62 
 
 		 549 aa  473  1e-132  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199872  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0157  hydrogenase, Fe-only  54.17 
 
 		 523 aa  473  1e-132  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.434937  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1654  hydrogenases, Fe-only  45.19 
 
 		 659 aa  462  1e-129  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.357121  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0168  hydrogenase, Fe-only  51.44 
 
 		 513 aa  462  1e-129  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.191335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0087  hydrogenase, Fe-only  41.77 
 
 		 567 aa  461  9.999999999999999e-129  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0463  hydrogenases, Fe-only  51.86 
 
 		 520 aa  456  1e-127  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0430  hydrogenase, Fe-only  42.93 
 
 		 566 aa  456  1e-127  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.735126  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16530  hydrogenase, Fe-only  44.54 
 
 		 569 aa  441  9.999999999999999e-123  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.143158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0490  hydrogenase large subunit  42.73 
 
 		 653 aa  434  1e-120  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0225  hydrogenase, Fe-only  39.37 
 
 		 667 aa  428  1e-118  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0560  hydrogenase, Fe-only  38.1 
 
 		 666 aa  408  1.0000000000000001e-112  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00291892  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1367  hydrogenase large subunit  39.54 
 
 		 645 aa  397  1e-109  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1319  hydrogenase large subunit  39.54 
 
 		 645 aa  397  1e-109  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1076  [Fe] hydrogenase  47.46 
 
 		 696 aa  396  1e-109  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.723256  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1925  ferredoxin hydrogenase  50.76 
 
 		 387 aa  390  1e-107  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0938  periplasmic [Fe] hydrogenase 1  46.14 
 
 		 696 aa  384  1e-105  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0625857  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2281  ferredoxin hydrogenase  52.66 
 
 		 439 aa  381  1e-104  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0475  ferredoxin hydrogenase  44.16 
 
 		 458 aa  375  1e-102  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1883  ferredoxin hydrogenase  42.18 
 
 		 460 aa  367  1e-100  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0848  hydrogenases, Fe-only  50 
 
 		 417 aa  356  5.999999999999999e-97  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3003  hydrogenase, Fe-only  38.82 
 
 		 644 aa  348  2e-94  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3250  hydrogenases, Fe-only  46.13 
 
 		 410 aa  344  2e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.644479  hitchhiker  0.0000163586 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0711  response regulator receiver protein  45.89 
 
 		 410 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.312278  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2037  hydrogenase, Fe-only  38.24 
 
 		 1150 aa  344  2.9999999999999997e-93  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.163812  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3920  periplasmic Fe hydrogenase, large subunit  46.38 
 
 		 410 aa  343  5.999999999999999e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1386  hydrogenases, Fe-only  49.03 
 
 		 421 aa  337  2.9999999999999997e-91  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.999103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2056  hydrogenase, Fe-only  38.35 
 
 		 644 aa  332  1e-89  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000410653  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1503  hydrogenase, Fe-only  48.11 
 
 		 418 aa  318  2e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.349556  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0081  ferredoxin hydrogenase  47.22 
 
 		 421 aa  318  2e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0310  ferredoxin hydrogenase  31.67 
 
 		 462 aa  224  3e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  47.8 
 
 		 898 aa  204  4e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1888  ferredoxin  46.38 
 
 		 307 aa  203  8e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3504  ferredoxin  47.22 
 
 		 312 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.37 
 
 		 893 aa  197  6e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3777  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site  43.13 
 
 		 310 aa  195  2e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000710786  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0334  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding protein  44.23 
 
 		 826 aa  192  1e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.9 
 
 		 893 aa  192  2e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.75 
 
 		 893 aa  190  7e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.79 
 
 		 900 aa  189  9e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1856  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  44.93 
 
 		 351 aa  187  5e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1029  NADH dehydrogenase I chain G  43.6 
 
 		 358 aa  186  9e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0344  NADH dehydrogenase I, G subunit, putative  43.18 
 
 		 826 aa  183  8.000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33837  predicted protein  33.42 
 
 		 473 aa  182  1e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.40604 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.61 
 
 		 951 aa  180  4.999999999999999e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3132  molybdopterin oxidoreductase  44.02 
 
 		 815 aa  179  2e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0724  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.24 
 
 		 948 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696908  normal  0.792249 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2058  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.62 
 
 		 967 aa  177  7e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.896651  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0031  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.03 
 
 		 1000 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1831  NADH dehydrogenase I chain G  41.23 
 
 		 363 aa  175  1.9999999999999998e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2897  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.33 
 
 		 959 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.29 
 
 		 917 aa  174  5e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>