More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0547 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_0547  periplasmic solute binding protein  100 
 
 
318 aa  652  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.624279  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0042  periplasmic solute binding protein  53.29 
 
 
332 aa  329  4e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.71872e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04310  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  46.82 
 
 
349 aa  295  5e-79  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2645  periplasmic solute binding protein  43.27 
 
 
317 aa  267  2e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1058  periplasmic solute binding protein  47.1 
 
 
333 aa  266  4e-70  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.985578  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4184  periplasmic solute binding protein  37.58 
 
 
307 aa  250  3e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0757118  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2125  ABC transporter, substrate-binding protein  41.32 
 
 
298 aa  246  4e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.570615  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  40.07 
 
 
309 aa  245  7e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2413  ABC transporter, substrate-binding protein  40.69 
 
 
298 aa  244  2e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.423087  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1851  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  40.78 
 
 
316 aa  239  3e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.623587  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2103  adhesion lipoprotein  39.37 
 
 
316 aa  239  4e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2136  putative adhesion lipoprotein  39.05 
 
 
316 aa  238  1e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1889  adhesion lipoprotein  40.45 
 
 
316 aa  238  1e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.994637  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2035  adhesion lipoprotein  40.45 
 
 
316 aa  238  1e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1841  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  40.45 
 
 
316 aa  238  1e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.18542  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1885  periplasmic solute binding protein  38.73 
 
 
316 aa  233  3e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0182568  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0278  periplasmic solute binding protein  40.19 
 
 
293 aa  232  6e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.664498  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3284  putative adhesion lipoprotein  38.73 
 
 
316 aa  230  2e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2025  putative adhesion lipoprotein  39.81 
 
 
316 aa  230  2e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1526  periplasmic solute binding protein  38.92 
 
 
316 aa  226  3e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0895  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  39.57 
 
 
514 aa  219  3e-56  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00479451  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1578  periplasmic solute binding protein  34.92 
 
 
314 aa  218  9e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2435  periplasmic solute binding protein  40.28 
 
 
301 aa  216  4e-55  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  1.48152e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0046  periplasmic solute binding protein  33.01 
 
 
316 aa  216  6e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3534  periplasmic solute binding protein  35.66 
 
 
304 aa  213  3e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3600  periplasmic solute binding protein  35.66 
 
 
304 aa  208  8e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0278  laminin-binding surface protein  35.29 
 
 
317 aa  206  3e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0184  laminin-binding surface protein  35.29 
 
 
317 aa  206  3e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.570136  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2226  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  33.02 
 
 
323 aa  203  4e-51  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.118705  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0580  periplasmic solute binding protein  33.73 
 
 
328 aa  202  7e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2066  putative adhesion lipoprotein  40.62 
 
 
265 aa  200  2e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2986  adhesion lipoprotein  32.72 
 
 
326 aa  197  1e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1833  periplasmic solute binding protein  34.33 
 
 
321 aa  194  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.475081  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0535  zinc ABC transporter, zinc-binding adhesion liprotein  35.5 
 
 
506 aa  195  1e-48  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0968782  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2139  periplasmic solute binding protein  33.68 
 
 
333 aa  193  3e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000485962  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2791  periplasmic solute binding protein  35.89 
 
 
314 aa  192  5e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  4.35611e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0491  periplasmic solute binding protein  31.67 
 
 
318 aa  192  8e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2065  periplasmic solute binding protein  35.99 
 
 
304 aa  184  2e-45  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13680  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  32.4 
 
 
320 aa  183  3e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.785587 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1128  periplasmic solute binding protein  35.71 
 
 
296 aa  182  6e-45  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.29041 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1775  periplasmic solute binding protein  32.76 
 
 
312 aa  181  2e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.176875  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2183  periplasmic solute binding protein  33.78 
 
 
311 aa  179  5e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.143573 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2383  ABC transporter, substrate-binding protein  32.31 
 
 
331 aa  179  7e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3227  periplasmic solute binding protein  32.62 
 
 
312 aa  177  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0202963  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1655  periplasmic solute binding protein  33.12 
 
 
306 aa  176  4e-43  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  31.78 
 
 
328 aa  175  8e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  6.88581e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0598  periplasmic solute binding protein  33.99 
 
 
333 aa  174  2e-42  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1102  periplasmic solute binding protein  33.45 
 
 
282 aa  173  4e-42  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2047  periplasmic solute binding protein  31.55 
 
 
311 aa  172  7e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.862803 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0833  periplasmic solute binding protein  29.7 
 
 
345 aa  172  8e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7033  periplasmic solute binding protein  32.21 
 
 
315 aa  171  2e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1602  periplasmic solute binding protein  31.89 
 
 
324 aa  170  3e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.174683  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3814  periplasmic solute binding protein  32.67 
 
 
331 aa  169  7e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.906416  normal  0.0575455 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2304  putative ABC-transporter metal-binding lipoprotein  31.36 
 
 
311 aa  167  2e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1937  periplasmic solute binding protein  33.93 
 
 
311 aa  167  3e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.456944  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2419  zinc ABC transporter substrate-binding protein  32.17 
 
 
280 aa  166  5e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0902077  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1234  laminin-binding surface protein  34.29 
 
 
306 aa  164  2e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  4.44188e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0461  periplasmic solute binding protein  31.53 
 
 
313 aa  164  2e-39  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0516  periplasmic solute binding protein  32.43 
 
 
365 aa  163  4e-39  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1533  periplasmic solute binding protein  32.18 
 
 
308 aa  161  1e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.411014  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3437  periplasmic solute binding protein  29.97 
 
 
358 aa  161  1e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.18946 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1938  adhesion lipoprotein  30.16 
 
 
307 aa  160  2e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2168  periplasmic solute binding protein  31.68 
 
 
333 aa  160  2e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0250158  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  32.99 
 
 
304 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  31.97 
 
 
305 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11830  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  30.12 
 
 
339 aa  158  1e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00348761  normal  0.825122 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1015  solute binding protein  32.5 
 
 
310 aa  157  2e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0993  zinc ABC transporter, zinc-binding protein  34.13 
 
 
323 aa  157  2e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.27598  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  30.49 
 
 
313 aa  157  3e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0631  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  30.07 
 
 
290 aa  156  4e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  29.52 
 
 
303 aa  154  1e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1859  periplasmic solute binding protein  27.73 
 
 
362 aa  155  1e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0205  periplasmic solute binding protein  31.15 
 
 
300 aa  155  1e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.767408  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2081  adhesion lipoprotein, putative  28.08 
 
 
315 aa  154  2e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.24614  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0816  periplasmic solute binding protein  30 
 
 
300 aa  154  3e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.313747  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0604  periplasmic solute binding protein  31.16 
 
 
290 aa  152  6e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1915  periplasmic solute binding protein  27.43 
 
 
365 aa  152  7e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.163703  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_11141  hypothetical protein  32.77 
 
 
324 aa  152  8e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.201387 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_572  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  30.8 
 
 
290 aa  152  8e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0224  periplasmic solute binding protein  29.31 
 
 
368 aa  152  9e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  28.57 
 
 
309 aa  150  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  29.47 
 
 
322 aa  150  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0333  periplasmic solute binding protein  30.56 
 
 
302 aa  149  8e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  2.73282e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2088  periplasmic solute binding protein  30.18 
 
 
323 aa  148  1e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.245809  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2343  periplasmic solute binding protein  30.06 
 
 
312 aa  148  1e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.04012  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1156  periplasmic solute binding protein  32.04 
 
 
303 aa  148  1e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3938  periplasmic solute binding protein  32.41 
 
 
310 aa  148  1e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.165215 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  28.53 
 
 
311 aa  148  1e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2630  periplasmic-binding protein  29.15 
 
 
322 aa  148  2e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00574815  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1705  chelated iron ABC transporter, periplasmic iron binding protein YfeA  29.15 
 
 
311 aa  147  2e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  31.23 
 
 
294 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3888  periplasmic solute binding protein  32.07 
 
 
310 aa  146  4e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  27.9 
 
 
311 aa  145  6e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2430  ribulose-phosphate 3-epimerase  30.98 
 
 
515 aa  145  7e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000562899  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2478  ribulose-phosphate 3-epimerase  30.98 
 
 
515 aa  145  7e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00360703  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0522  periplasmic solute binding protein  29.46 
 
 
349 aa  145  7e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  30 
 
 
307 aa  145  7e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4439  periplasmic solute binding protein  28.67 
 
 
339 aa  145  8e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.914781  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  27.94 
 
 
309 aa  145  9e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06571  ABC transporter substrate-binding protein  28.84 
 
 
321 aa  144  1e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.140221  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>