More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3491 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3491  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 323 aa  655    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.171763  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0333  periplasmic solute binding protein  36.62 
 
 		 302 aa  229  5e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000273282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1156  periplasmic solute binding protein  35.44 
 
 		 303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0224  periplasmic solute binding protein  29.69 
 
 		 368 aa  137  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0547  periplasmic solute binding protein  30.77 
 
 		 318 aa  135  7.000000000000001e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.624279  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4439  periplasmic solute binding protein  27.7 
 
 		 339 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.914781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1008  periplasmic solute binding protein  27.76 
 
 		 358 aa  124  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2304  putative ABC-transporter metal-binding lipoprotein  29.23 
 
 		 311 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  25.47 
 
 		 309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4951  periplasmic solute binding protein  26.65 
 
 		 317 aa  117  3.9999999999999997e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  29.21 
 
 		 303 aa  117  3.9999999999999997e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4568  periplasmic solute-binding protein  24.58 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.328746  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1915  periplasmic solute binding protein  27.21 
 
 		 365 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.163703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  26.1 
 
 		 328 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1526  periplasmic solute binding protein  28.04 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  28.14 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1655  periplasmic solute binding protein  26.17 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0042  periplasmic solute binding protein  27.45 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000671872  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0895  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  29.45 
 
 		 514 aa  107  3e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00479451  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_11141  hypothetical protein  29.18 
 
 		 324 aa  106  4e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.201387 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1578  periplasmic solute binding protein  28.01 
 
 		 314 aa  105  9e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  28.9 
 
 		 316 aa  105  9e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  28.4 
 
 		 309 aa  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  28.4 
 
 		 309 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3284  putative adhesion lipoprotein  25.86 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2025  putative adhesion lipoprotein  25.86 
 
 		 316 aa  103  3e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2103  adhesion lipoprotein  25.55 
 
 		 316 aa  102  7e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1851  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  24.92 
 
 		 316 aa  102  9e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.623587  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2136  putative adhesion lipoprotein  25.23 
 
 		 316 aa  101  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1889  adhesion lipoprotein  25.23 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.994637  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1841  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  25.23 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.18542  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2035  adhesion lipoprotein  25.23 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4184  periplasmic solute binding protein  25.43 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0757118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04310  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  27.21 
 
 		 349 aa  100  4e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3046  periplasmic solute binding protein  30.12 
 
 		 336 aa  99.8  6e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0205239  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  25 
 
 		 305 aa  99.4  7e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0833  periplasmic solute binding protein  25.23 
 
 		 345 aa  98.6  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1730  periplasmic solute binding protein  25 
 
 		 313 aa  99  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  27.51 
 
 		 294 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2183  periplasmic solute binding protein  25.08 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.143573 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.39 
 
 		 315 aa  98.2  2e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1128  periplasmic solute binding protein  25.44 
 
 		 296 aa  96.7  5e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.29041 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2125  ABC transporter, substrate-binding protein  26.99 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.570615  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2718  periplasmic solute binding protein  23.03 
 
 		 344 aa  96.3  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2645  periplasmic solute binding protein  25.53 
 
 		 317 aa  96.3  7e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2047  periplasmic solute binding protein  25.69 
 
 		 311 aa  95.9  9e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.862803 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1885  periplasmic solute binding protein  24.92 
 
 		 316 aa  95.1  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0182568  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2317  periplasmic solute binding protein  27.41 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1232  periplasmic solute binding protein  25.44 
 
 		 347 aa  94.4  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0278  laminin-binding surface protein  24.77 
 
 		 317 aa  94.4  3e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0184  laminin-binding surface protein  24.77 
 
 		 317 aa  94.4  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.570136  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  27.54 
 
 		 321 aa  93.2  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2413  ABC transporter, substrate-binding protein  26.38 
 
 		 298 aa  93.2  5e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.423087  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0278  periplasmic solute binding protein  25.15 
 
 		 293 aa  93.2  5e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.664498  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1122  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  25.52 
 
 		 334 aa  92.8  7e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.124728  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1027  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  25.52 
 
 		 334 aa  92.8  7e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2066  putative adhesion lipoprotein  25.5 
 
 		 265 aa  92.4  8e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  26.44 
 
 		 313 aa  91.7  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1058  periplasmic solute binding protein  27.39 
 
 		 333 aa  92  1e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.985578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2140  high-affinity zinc transporter periplasmic component  25.27 
 
 		 318 aa  90.9  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000251275  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2027  high-affinity zinc transporter periplasmic component  25.62 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000130529  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2852  putative adhesion protein  23.26 
 
 		 314 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33560  putative adhesion protein  23.61 
 
 		 317 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000392177  normal  0.054682 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2184  ABC transporter substrate binding protein (zinc)  22.11 
 
 		 308 aa  90.5  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.2291  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0852  high-affinity zinc uptake system protein ZnuA precursor  22.96 
 
 		 297 aa  90.5  4e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0338292  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72550  putative adhesin  24.16 
 
 		 307 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6299  putative adhesin  24.16 
 
 		 307 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0461  periplasmic solute binding protein  26.13 
 
 		 313 aa  89.4  8e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2983  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  22.76 
 
 		 305 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3171  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  22.76 
 
 		 305 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.866924 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3066  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  22.76 
 
 		 305 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  0.0719754 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3050  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  22.76 
 
 		 305 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0195762 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3014  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  22.76 
 
 		 305 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0700149 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2593  high-affinity zinc transporter periplasmic component  24.82 
 
 		 310 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00016843  normal  0.856449 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1141  periplasmic solute binding protein  26.59 
 
 		 310 aa  88.2  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  26.35 
 
 		 302 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1938  adhesion lipoprotein  22.01 
 
 		 307 aa  87.4  3e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0598  periplasmic solute binding protein  25.66 
 
 		 333 aa  87  4e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  23.51 
 
 		 301 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0930  periplasmic solute binding protein  23.02 
 
 		 292 aa  86.7  5e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.933909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2115  periplasmic solute binding protein  22.49 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181464  normal  0.0892527 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2986  adhesion lipoprotein  23.69 
 
 		 326 aa  85.9  8e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2226  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  23.83 
 
 		 323 aa  85.9  8e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.118705  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2251  high-affinity zinc transporter periplasmic component  23.68 
 
 		 340 aa  85.9  8e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000558415  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  25.76 
 
 		 301 aa  85.9  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3437  periplasmic solute binding protein  26.54 
 
 		 358 aa  85.9  9e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.18946 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1602  periplasmic solute binding protein  24.57 
 
 		 324 aa  85.1  0.000000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.174683  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  28.02 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4176  periplasmic solute binding protein  23.83 
 
 		 346 aa  85.5  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.383173  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1102  periplasmic solute binding protein  24.6 
 
 		 282 aa  85.5  0.000000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  23.51 
 
 		 304 aa  85.1  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2211  periplasmic solute binding protein  23.45 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00443052  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13680  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  26.3 
 
 		 320 aa  84.3  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.785587 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2435  periplasmic solute binding protein  23.51 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000148152  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1724  periplasmic solute binding protein  22.78 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.147475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  23.3 
 
 		 333 aa  84.3  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3888  periplasmic solute binding protein  25.61 
 
 		 310 aa  84.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1827  high-affinity zinc transporter periplasmic component  23.86 
 
 		 339 aa  83.6  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0735941  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2476  periplasmic solute binding protein  21.69 
 
 		 313 aa  83.6  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00202006  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3938  periplasmic solute binding protein  26.3 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.165215 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>