More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0103 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011899  Hore_00070  DNA gyrase, A subunit  56.06 
 
 
816 aa  938  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0088  DNA gyrase subunit A  49.75 
 
 
844 aa  785  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3365  DNA gyrase subunit A  51.24 
 
 
875 aa  853  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.329132  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1767  DNA gyrase subunit A  50.24 
 
 
885 aa  833  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1016  DNA gyrase, A subunit  52.23 
 
 
845 aa  890  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  unclonable  9.44183e-11 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2616  DNA gyrase subunit A  51.17 
 
 
878 aa  872  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.341614 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2408  DNA gyrase subunit A  51.17 
 
 
878 aa  872  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000367831  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0005  DNA gyrase, A subunit  54.67 
 
 
836 aa  949  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4482  DNA gyrase, A subunit  50.77 
 
 
906 aa  867  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2498  DNA gyrase subunit A  51.05 
 
 
878 aa  868  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2512  DNA gyrase subunit A  51.17 
 
 
878 aa  872  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0982635 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2457  DNA gyrase subunit A  51.17 
 
 
878 aa  872  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0910619  normal  0.208896 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2578  DNA gyrase subunit A  49.43 
 
 
904 aa  837  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.551431 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0096  DNA gyrase, A subunit  89.72 
 
 
827 aa  1504  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00180112  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0137  DNA gyrase, A subunit  82.71 
 
 
826 aa  1418  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf662  DNA gyrase subunit A  46.63 
 
 
898 aa  746  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0125  DNA gyrase, A subunit  82.35 
 
 
828 aa  1420  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  5.07659e-05  decreased coverage  0.00116524 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0006  DNA gyrase subunit A  54.88 
 
 
823 aa  903  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00261664  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1263  DNA gyrase, A subunit  47.19 
 
 
808 aa  764  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3041  DNA gyrase subunit A  50.48 
 
 
883 aa  865  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.894078  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3482  DNA gyrase, A subunit  52.4 
 
 
840 aa  855  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.600634  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4501  DNA gyrase, A subunit  50.77 
 
 
907 aa  867  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0007  DNA gyrase subunit A  47.39 
 
 
876 aa  749  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.1369e-13 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2787  DNA gyrase subunit A  46.67 
 
 
864 aa  772  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.124644  normal  0.694049 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0006  DNA gyrase, A subunit  48.17 
 
 
855 aa  805  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1049  DNA gyrase, A subunit  49.19 
 
 
838 aa  782  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.385966  normal  0.255523 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2331  DNA gyrase, A subunit  51.12 
 
 
824 aa  812  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.772308  hitchhiker  0.00342265 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0006  DNA gyrase, A subunit  53.62 
 
 
828 aa  909  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0006  DNA gyrase subunit A  54.76 
 
 
823 aa  901  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5314  DNA gyrase subunit A  54.96 
 
 
823 aa  906  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0584522  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2084  DNA gyrase, A subunit  47.93 
 
 
812 aa  801  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0894  DNA gyrase, A subunit  52.23 
 
 
845 aa  890  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4667  DNA gyrase subunit A  47.82 
 
 
853 aa  785  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.292624 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0561  DNA gyrase subunit A  46.7 
 
 
857 aa  749  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0006  DNA gyrase subunit A  54.34 
 
 
823 aa  900  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.182786  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2058  DNA gyrase, A subunit  49.94 
 
 
916 aa  853  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000369381  unclonable  6.93229e-12 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0828  hypothetical protein  56.72 
 
 
816 aa  955  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.725746 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1431  DNA gyrase subunit A  48.36 
 
 
883 aa  780  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0027  DNA gyrase, A subunit  53.49 
 
 
848 aa  888  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000124476  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2846  DNA gyrase subunit A  52.56 
 
 
897 aa  882  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.215176  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0008  DNA gyrase, A subunit  52.61 
 
 
812 aa  882  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  8.00696e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1358  DNA gyrase subunit A  47.04 
 
 
921 aa  821  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.832857  normal  0.422434 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0010  DNA gyrase, A subunit  53.8 
 
 
807 aa  914  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0200618  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0006  DNA gyrase subunit A  54.34 
 
 
823 aa  899  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0500902  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1310  DNA gyrase subunit A  52.56 
 
 
885 aa  882  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0388177  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0638  DNA gyrase, A subunit  48.77 
 
 
848 aa  810  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00668409  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2264  DNA gyrase subunit A  49.42 
 
 
867 aa  854  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.999623  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4719  DNA gyrase subunit A  49.48 
 
 
888 aa  854  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.902316 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0006  DNA gyrase, A subunit  49.33 
 
 
899 aa  814  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2404  DNA gyrase, A subunit  50.06 
 
 
916 aa  854  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00637691  unclonable  1.91603e-05 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4627  DNA gyrase, A subunit  49.82 
 
 
827 aa  801  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.116338  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0008  DNA gyrase subunit A  51.1 
 
 
839 aa  806  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  1.16309e-06 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0673  DNA gyrase, A subunit  53.51 
 
 
830 aa  900  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  1.24756e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0007  DNA gyrase subunit A  51.27 
 
 
837 aa  818  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.822047 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2067  DNA gyrase, A subunit  48.8 
 
 
903 aa  842  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0392339  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1420  DNA gyrase subunit A  51.01 
 
 
875 aa  848  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  4.67679e-06 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2379  DNA gyrase subunit A  50.89 
 
 
875 aa  847  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.076856  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1374  DNA gyrase subunit A  47.86 
 
 
923 aa  826  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0103  DNA gyrase, A subunit  100 
 
 
828 aa  1677  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  9.29696e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0008  DNA gyrase subunit A  55.03 
 
 
807 aa  930  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.425562  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00734  DNA gyrase subunit A  48.69 
 
 
898 aa  830  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.942934  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0771  DNA gyrase subunit A  50.47 
 
 
889 aa  872  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.380841  hitchhiker  0.00768544 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3009  DNA gyrase subunit A  49.82 
 
 
878 aa  831  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.354996  normal  0.0330044 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2606  DNA gyrase subunit A  51.12 
 
 
875 aa  851  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0006  DNA gyrase, A subunit  53.09 
 
 
840 aa  851  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  9.48225e-06 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0738  DNA gyrase subunit A  48.93 
 
 
859 aa  841  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.958835  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2042  DNA gyrase subunit A  49.2 
 
 
893 aa  848  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.430376  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0658  DNA gyrase, A subunit  47.26 
 
 
830 aa  749  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0920  DNA gyrase subunit A  50.18 
 
 
867 aa  846  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0820357 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1315  DNA gyrase subunit A  48.32 
 
 
902 aa  826  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  8.57491e-07  decreased coverage  3.46296e-25 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0959  DNA gyrase subunit A  50.29 
 
 
885 aa  850  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2123  DNA gyrase subunit A  48.97 
 
 
893 aa  847  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.155054  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0999  DNA gyrase subunit A  50.06 
 
 
851 aa  836  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2306  DNA gyrase, A subunit  49.19 
 
 
905 aa  842  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0379216  hitchhiker  1.00846e-06 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3269  DNA gyrase subunit A  52.37 
 
 
882 aa  886  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00267185  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0531  DNA gyrase subunit A  45.89 
 
 
869 aa  747  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.897683  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0007  DNA gyrase, A subunit  49.81 
 
 
856 aa  764  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1067  DNA gyrase, A subunit  51.13 
 
 
809 aa  812  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0272  DNA gyrase, A subunit  47.78 
 
 
816 aa  765  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00337054  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00070  DNA gyrase subunit A  47.84 
 
 
883 aa  766  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0008  DNA gyrase, A subunit  53.67 
 
 
819 aa  880  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.163769  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1259  DNA gyrase, A subunit  48.47 
 
 
870 aa  777  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0323  DNA gyrase, A subunit  51.43 
 
 
846 aa  806  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.175043  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0007  DNA gyrase, A subunit  50.67 
 
 
839 aa  818  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2192  DNA gyrase, A subunit  55.81 
 
 
853 aa  954  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003111  DNA gyrase subunit A  49.19 
 
 
906 aa  829  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00046231  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0006  DNA gyrase, A subunit  49.69 
 
 
827 aa  804  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4476  DNA gyrase, A subunit  48.57 
 
 
891 aa  775  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1339  DNA gyrase, A subunit  51.24 
 
 
864 aa  855  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0126105  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3211  DNA gyrase subunit A  52.08 
 
 
879 aa  873  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0006  DNA gyrase subunit A  56.53 
 
 
818 aa  930  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0006  DNA gyrase, A subunit  52.12 
 
 
802 aa  868  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.540811  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1512  DNA gyrase, A subunit  49.07 
 
 
809 aa  782  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.257014  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0008  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  49.52 
 
 
836 aa  804  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0040  DNA gyrase, A subunit  48.12 
 
 
876 aa  783  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11138  DNA gyrase A subunit  55.34 
 
 
848 aa  953  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185535  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2474  DNA gyrase, A subunit  48.32 
 
 
805 aa  783  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  1.72995e-05  decreased coverage  0.00702489 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0007  DNA gyrase, A subunit  51.86 
 
 
870 aa  809  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0197472 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0007  DNA gyrase subunit A  50.18 
 
 
834 aa  805  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.612132  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0010  DNA gyrase, A subunit  49.14 
 
 
837 aa  786  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.783048  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>