More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_6412 on replicon NC_008062
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008544  Bcen2424_6645  inner-membrane translocator  100 
 
 
295 aa  565  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343268  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6243  inner-membrane translocator  99.32 
 
 
295 aa  564  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.928542  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6412  inner-membrane translocator  100 
 
 
295 aa  565  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00673549  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3390  inner-membrane translocator  95.93 
 
 
295 aa  495  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.635342  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4469  inner-membrane translocator  56.51 
 
 
295 aa  299  3e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1828  inner-membrane translocator  52.67 
 
 
295 aa  286  3e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1546  inner-membrane translocator  38.69 
 
 
294 aa  153  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186426  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3415  inner-membrane translocator  35.52 
 
 
295 aa  149  5e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3841  inner-membrane translocator  34.91 
 
 
295 aa  143  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1147  inner-membrane translocator  32.2 
 
 
393 aa  142  8e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0506  inner-membrane translocator  31.42 
 
 
339 aa  139  4e-32  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.791289  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3962  inner-membrane translocator  34.18 
 
 
295 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.876388  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1419  inner-membrane translocator  33.44 
 
 
314 aa  136  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1487  inner-membrane translocator  31.58 
 
 
307 aa  130  3e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0602  inner-membrane translocator  30.03 
 
 
314 aa  125  8e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1978  putative branched-chain amino acid transport system / permease component  32.91 
 
 
317 aa  122  6e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.58235  normal  0.904643 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4897  inner-membrane translocator  32.23 
 
 
320 aa  117  2e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1183  branched-chain amino acid transport system permease protein  31.05 
 
 
328 aa  117  3e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0528852  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.33 
 
 
418 aa  114  2e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0474  inner-membrane translocator  33.57 
 
 
336 aa  114  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.7 
 
 
412 aa  113  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.83 
 
 
322 aa  113  4e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  32.99 
 
 
300 aa  112  7e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2752  inner-membrane translocator  33.45 
 
 
330 aa  111  1e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0601  inner-membrane translocator  28.92 
 
 
349 aa  111  1e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  31.25 
 
 
299 aa  111  2e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  30.03 
 
 
443 aa  110  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  30.85 
 
 
318 aa  110  4e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3967  inner-membrane translocator  32.54 
 
 
322 aa  109  6e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  32.73 
 
 
318 aa  108  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  31.03 
 
 
327 aa  108  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3027  inner-membrane translocator  29.04 
 
 
393 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56847  normal  0.739943 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2082  inner-membrane translocator  32.81 
 
 
456 aa  107  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  30.34 
 
 
321 aa  106  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2252  inner-membrane translocator  33.33 
 
 
317 aa  106  5e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0554  inner-membrane translocator  27.74 
 
 
433 aa  104  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0237898  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1894  integral membrane protein of the ABC-type Nat permease for neutral amino acids  28.85 
 
 
359 aa  105  1e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0493707  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  29.18 
 
 
357 aa  104  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  31.6 
 
 
407 aa  103  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1581  inner-membrane translocator  30.36 
 
 
363 aa  103  3e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2977  inner-membrane translocator  28.31 
 
 
454 aa  103  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2501  inner-membrane translocator  29.66 
 
 
345 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0354  inner-membrane translocator  30.61 
 
 
311 aa  103  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112024  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5828  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  27.81 
 
 
389 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  27.88 
 
 
452 aa  103  4e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  32.87 
 
 
328 aa  103  5e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0065  inner-membrane translocator  34.07 
 
 
282 aa  102  8e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.123483 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4743  inner-membrane translocator  29.45 
 
 
433 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127702  hitchhiker  1.77935e-07 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4305  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  27.53 
 
 
417 aa  102  9e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50540  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  27.53 
 
 
417 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0377625 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0599  inner-membrane translocator  29.02 
 
 
437 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.512727  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5636  branched chain amino acid ABC transporter permease  28.25 
 
 
425 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4865  inner-membrane translocator  29.45 
 
 
435 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307682  hitchhiker  6.05126e-06 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64880  putative permease of ABC branched-chain amino acid transporter  27.92 
 
 
425 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1505  inner-membrane translocator  29.61 
 
 
371 aa  100  3e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0667876  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4917  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraE  28.39 
 
 
437 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.875772  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0798  inner-membrane translocator  28.35 
 
 
389 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.640625 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2015  inner-membrane translocator  26.07 
 
 
287 aa  100  3e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.60727  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2543  inner-membrane translocator  29.01 
 
 
389 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.548123  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2414  inner-membrane translocator  29.54 
 
 
389 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0405273 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2250  inner-membrane translocator  30.39 
 
 
464 aa  100  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.571474  normal  0.330344 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3201  inner-membrane translocator  30 
 
 
428 aa  99.8  5e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.427646 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2521  inner-membrane translocator  28.7 
 
 
389 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.561391  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1885  inner-membrane translocator  28.7 
 
 
389 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2496  inner-membrane translocator  28.7 
 
 
389 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381259  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3143  inner-membrane translocator  28.31 
 
 
389 aa  99.4  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00426099  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1724  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.41 
 
 
459 aa  99.4  7e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0590  inner-membrane translocator  28.79 
 
 
389 aa  99.4  7e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2317  inner-membrane translocator  29.34 
 
 
375 aa  99  8e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.156371  hitchhiker  0.00287138 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2473  inner-membrane translocator  31.95 
 
 
373 aa  99  8e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2707  inner-membrane translocator  29.34 
 
 
375 aa  99  8e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.990048  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  31.49 
 
 
310 aa  99  8e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.92686e-06  unclonable  5.58621e-08 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1894  inner-membrane translocator  29.57 
 
 
454 aa  99  9e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.735841  normal  0.0546266 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0264  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.66 
 
 
389 aa  99  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00136517  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0786  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.66 
 
 
389 aa  99  9e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4657  inner-membrane translocator  29.22 
 
 
433 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123215  decreased coverage  0.00142103 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  31.78 
 
 
663 aa  98.6  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.66 
 
 
389 aa  98.6  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0667832  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0884  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.66 
 
 
389 aa  98.6  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00237971  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.66 
 
 
389 aa  98.6  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.66 
 
 
389 aa  98.6  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.66 
 
 
389 aa  98.6  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.66 
 
 
389 aa  98.6  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4921  inner-membrane translocator  28.9 
 
 
433 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0573712  decreased coverage  1.82248e-13 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3327  inner-membrane translocator  29.57 
 
 
463 aa  97.4  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.630335 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  29.19 
 
 
389 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1728  inner-membrane translocator  30.51 
 
 
363 aa  97.4  3e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0637  inner-membrane translocator  28.12 
 
 
347 aa  97.1  3e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000477005  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3157  inner-membrane translocator  31.68 
 
 
329 aa  97.1  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.849677  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2493  inner-membrane translocator  27.27 
 
 
429 aa  97.4  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.622946  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.89 
 
 
423 aa  97.1  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0729  inner-membrane translocator  26.06 
 
 
424 aa  96.7  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1790  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.08 
 
 
459 aa  97.1  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0587  inner-membrane translocator  30.23 
 
 
398 aa  96.7  5e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4756  inner-membrane translocator  27.78 
 
 
389 aa  96.3  5e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  29.61 
 
 
463 aa  96.3  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2283  inner-membrane translocator  27.18 
 
 
318 aa  96.3  5e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  26.35 
 
 
418 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  26.35 
 
 
418 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0658  inner-membrane translocator  30.9 
 
 
325 aa  95.9  7e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>