More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1063 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1063  ABC transporter membrane spanning protein  100 
 
 		 290 aa  552  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21744  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0677  ABC-3 protein  84.78 
 
 		 290 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  0.0650939 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0622  ABC-3 protein  83.39 
 
 		 290 aa  423  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.285827  normal  0.675779 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0179  ABC-3 protein  74.74 
 
 		 290 aa  386  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.958095 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1311  ABC-3 protein  76.39 
 
 		 290 aa  375  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2634  cation ABC transporter, permease protein  69.79 
 
 		 289 aa  358  5e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059277  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2367  hypothetical protein  68.75 
 
 		 289 aa  355  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00313159  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0927  ABC-3 protein  60.14 
 
 		 290 aa  322  4e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.426068  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3427  hypothetical protein  60.42 
 
 		 289 aa  321  9.000000000000001e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1340  ABC transporter permease  60.14 
 
 		 290 aa  320  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.562769 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4558  hypothetical protein  58.42 
 
 		 290 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0915  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport systems permease components  60.07 
 
 		 289 aa  317  2e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.891696  normal  0.706737 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0704  ABC-3 protein  63.67 
 
 		 286 aa  312  3.9999999999999997e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.462722  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4829  hypothetical protein  58.68 
 
 		 291 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3680  ABC-3 protein  62.59 
 
 		 284 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4708  ABC-3 protein  57.39 
 
 		 290 aa  308  1.0000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.13978 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3531  ABC-3 protein  61.51 
 
 		 284 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0844  hypothetical protein  59.11 
 
 		 290 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0721518 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2783  ABC-3 protein  59.25 
 
 		 291 aa  303  3.0000000000000004e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.314797  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2228  ABC-3 protein  60.28 
 
 		 289 aa  301  8.000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0654  ABC-3 protein  60.43 
 
 		 284 aa  299  4e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3703  ABC-3 transporter component  63.5 
 
 		 290 aa  296  2e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.406266  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1143  ABC-3 protein  55.63 
 
 		 294 aa  290  2e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3130  ABC-3 protein  58.95 
 
 		 291 aa  289  3e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2471  ABC-3 protein  60.61 
 
 		 296 aa  285  4e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1973  ABC transporter, membrane protein  56.99 
 
 		 293 aa  283  2.0000000000000002e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2052  hypothetical protein  53.08 
 
 		 299 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.146645  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0221  hypothetical protein  60.52 
 
 		 300 aa  282  5.000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.860948  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1596  ABC-3 protein  56.49 
 
 		 288 aa  280  2e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0434418 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3499  ABC-3 protein  56.69 
 
 		 288 aa  280  3e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1175  ABC-3 protein  59.17 
 
 		 295 aa  279  3e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1047  ABC-3 protein  59.17 
 
 		 295 aa  280  3e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0160155 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1122  ABC-3 protein  62.23 
 
 		 285 aa  279  3e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000976582  unclonable  0.0000000110767 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0978  ABC-3 protein  58.48 
 
 		 295 aa  278  6e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3177  ABC-3 protein  55.4 
 
 		 287 aa  260  2e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5388  ABC-3 protein  58.17 
 
 		 288 aa  256  3e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.375408  normal  0.0641109 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3391  ABC-3 protein  56.32 
 
 		 304 aa  253  3e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0468601  normal  0.064332 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5583  ABC-3 protein  55.75 
 
 		 288 aa  252  6e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0895448  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5660  hypothetical protein  53.26 
 
 		 288 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.721685  normal  0.0964649 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0105  cation ABC transporter, permease protein  53.28 
 
 		 284 aa  243  3.9999999999999997e-63  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.536532  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0351  ABC transporter, permease protein  48.04 
 
 		 290 aa  237  2e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3561  ABC-3 protein  62.13 
 
 		 295 aa  209  3e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0952  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport systems, permease component  36.75 
 
 		 280 aa  175  7e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.139683  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0670  ABC-3 protein  35.74 
 
 		 278 aa  166  2.9999999999999998e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0026627  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0655  ABC-3 protein  35.74 
 
 		 278 aa  166  2.9999999999999998e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00255792  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1439  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport system, permease component  32.59 
 
 		 279 aa  164  1.0000000000000001e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.315206  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1531  manganese ABC transporter, permease protein  33.7 
 
 		 277 aa  162  8.000000000000001e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0231944  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2804  ABC-3 protein  33.7 
 
 		 289 aa  152  5.9999999999999996e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2066  ABC-3 protein  36.92 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1812  ABC-3 protein  32.96 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0136745  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2633  chelated iron transport system membrane protein  32.96 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.754634  normal  0.711765 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1702  chelated iron ABC transporter, permease protein YfeD  32.96 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0037  manganese ABC transporter, permease  32.97 
 
 		 288 aa  149  7e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000275951  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2066  metal ABC transporter, permease protein  32.73 
 
 		 288 aa  149  7e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3635  ABC-3 protein  31.9 
 
 		 288 aa  146  3e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0291  ABC transporter, permease protein  36.47 
 
 		 278 aa  146  3e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1043  ABC-3 protein  33.69 
 
 		 312 aa  145  9e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151088 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0841  ABC-3 protein  32.84 
 
 		 280 aa  142  4e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1599  hypothetical protein  33.56 
 
 		 281 aa  142  6e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000345254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3701  ABC-3 protein  34.73 
 
 		 282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2965  ABC transporter permease  32.36 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000539845  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3190  ABC transporter permease  32.36 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2130  ABC-3 protein  30.71 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0882717 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2174  ABC-3 protein  35.55 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1013  ABC transporter  34.15 
 
 		 291 aa  135  9e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.134252  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3405  hypothetical protein  31.54 
 
 		 285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.555758 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1916  ABC-3 protein  30.96 
 
 		 285 aa  132  5e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0155805  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2208  ABC-3 protein  30.47 
 
 		 285 aa  132  7.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.033424  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1661  putative ABC transporter membrane protein  35.11 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.726587  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3260  ABC-3 protein  28.21 
 
 		 294 aa  128  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00406808  normal  0.279428 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1256  ABC-3 protein  35.79 
 
 		 280 aa  128  9.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.400724  hitchhiker  0.000923088 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1610  iron/manganese transport system inner membrane protein SitC  31.62 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000189097  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3455  ABC-3 protein  30.36 
 
 		 281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1589  ABC-3 protein  35.09 
 
 		 281 aa  127  3e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1656  ABC-3 metal transporter  33.72 
 
 		 283 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.764054  hitchhiker  0.000770166 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1113  ABC-3 protein  31.62 
 
 		 285 aa  126  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3000  ABC-3 protein  32.25 
 
 		 285 aa  126  5e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0223089  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0082  iron/manganese transport system membrane protein SitC  31.62 
 
 		 285 aa  124  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000869047 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2550  ABC-3 protein  31.41 
 
 		 300 aa  124  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0039  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport system permease components  34.04 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2045  ABC-3 protein  34.81 
 
 		 278 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00377513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4744  ABC-3 protein  28.67 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1318  manganese transport system membrane protein MntB  33.92 
 
 		 283 aa  122  7e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3172  iron/manganese transport system inner membrane protein SitC  31.25 
 
 		 285 aa  122  7e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.568533  normal  0.768792 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0776  ABC-3 protein  32.01 
 
 		 290 aa  122  8e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0803  ABC-3 protein  32.01 
 
 		 290 aa  122  8e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.117912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06591  ABC transporter  32.86 
 
 		 290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4771  ABC-3 protein  37.54 
 
 		 287 aa  120  3e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.129211  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0892  ABC-3 protein  34.91 
 
 		 278 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0918  ABC-3 protein  34.91 
 
 		 278 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0960733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2602  ABC-3 protein  31.64 
 
 		 285 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3454  ABC-3 protein  31.25 
 
 		 286 aa  119  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4926  ABC-3 protein  31.11 
 
 		 277 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.255252  normal  0.854448 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2917  ABC-3 protein  31.68 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10471  ABC transporter  34.32 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.246572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1236  anchored repeat-type ABC transporter, permease subunit  31.97 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000156655 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1485  ABC transporter  33.09 
 
 		 274 aa  116  5e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.122101  normal  0.297655 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2603  ABC-3 protein  32.22 
 
 		 275 aa  116  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06591  ABC transporter  30.32 
 
 		 290 aa  115  6.9999999999999995e-25  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.591644  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1205  ABC-3 protein  31 
 
 		 294 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.601071  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>