More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2052 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2052  hypothetical protein  100 
 
 
299 aa  568  1e-161  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.146645  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1143  ABC-3 protein  82.21 
 
 
294 aa  454  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3427  hypothetical protein  54.83 
 
 
289 aa  281  1e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3499  ABC-3 protein  56.36 
 
 
288 aa  278  7e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2634  cation ABC transporter, permease protein  55.36 
 
 
289 aa  276  2e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059277  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3130  ABC-3 protein  55.63 
 
 
291 aa  277  2e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362621  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0654  ABC-3 protein  55.44 
 
 
284 aa  275  5e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0927  ABC-3 protein  52.7 
 
 
290 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.426068  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2367  hypothetical protein  55.36 
 
 
289 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00313159  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4558  hypothetical protein  53.41 
 
 
290 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4708  ABC-3 protein  53.52 
 
 
290 aa  273  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.13978 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0704  ABC-3 protein  54.55 
 
 
286 aa  273  4.0000000000000004e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.462722  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0677  ABC-3 protein  54.58 
 
 
290 aa  269  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  0.0650939 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1047  ABC-3 protein  55.93 
 
 
295 aa  268  8e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0160155 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3680  ABC-3 protein  57.63 
 
 
284 aa  267  1e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1175  ABC-3 protein  55.25 
 
 
295 aa  266  2e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0978  ABC-3 protein  56.16 
 
 
295 aa  266  2e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3531  ABC-3 protein  54.45 
 
 
284 aa  266  2e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0915  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport systems permease components  53.45 
 
 
289 aa  266  2.9999999999999995e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.891696  normal  0.706737 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1063  ABC transporter membrane spanning protein  53.08 
 
 
290 aa  265  5e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21744  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1340  ABC transporter permease  51.01 
 
 
290 aa  265  5e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.562769 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0622  ABC-3 protein  53.56 
 
 
290 aa  265  7e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.285827  normal  0.675779 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0179  ABC-3 protein  54.24 
 
 
290 aa  265  7e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.958095 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2471  ABC-3 protein  52.94 
 
 
296 aa  264  1e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4829  hypothetical protein  53.58 
 
 
291 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0221  hypothetical protein  55.35 
 
 
300 aa  264  1e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.860948  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0844  hypothetical protein  52.03 
 
 
290 aa  261  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0721518 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1311  ABC-3 protein  56.61 
 
 
290 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3703  ABC-3 transporter component  57.59 
 
 
290 aa  258  7e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.406266  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2783  ABC-3 protein  55.4 
 
 
291 aa  257  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.314797  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1122  ABC-3 protein  55.71 
 
 
285 aa  249  3e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000976582  unclonable  0.0000000110767 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2228  ABC-3 protein  54.04 
 
 
289 aa  247  1e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1596  ABC-3 protein  51.9 
 
 
288 aa  247  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0434418 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1973  ABC transporter, membrane protein  50.17 
 
 
293 aa  246  4e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5583  ABC-3 protein  58.57 
 
 
288 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0895448  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5388  ABC-3 protein  57.62 
 
 
288 aa  242  5e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.375408  normal  0.0641109 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0351  ABC transporter, permease protein  46.69 
 
 
290 aa  238  1e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3177  ABC-3 protein  52.07 
 
 
287 aa  237  2e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3391  ABC-3 protein  52.16 
 
 
304 aa  229  6e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0468601  normal  0.064332 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5660  hypothetical protein  52.28 
 
 
288 aa  223  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.721685  normal  0.0964649 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0105  cation ABC transporter, permease protein  44.53 
 
 
284 aa  211  1e-53  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.536532  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3561  ABC-3 protein  54.67 
 
 
295 aa  178  8e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0952  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport systems, permease component  31.65 
 
 
280 aa  144  2e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.139683  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0655  ABC-3 protein  31.84 
 
 
278 aa  144  3e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00255792  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0670  ABC-3 protein  31.84 
 
 
278 aa  144  3e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0026627  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2804  ABC-3 protein  32.97 
 
 
289 aa  143  4e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0037  manganese ABC transporter, permease  33.95 
 
 
288 aa  142  9e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000275951  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2066  metal ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
288 aa  142  9e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3635  ABC-3 protein  30.34 
 
 
288 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1439  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport system, permease component  31.23 
 
 
279 aa  135  9e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.315206  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1531  manganese ABC transporter, permease protein  33.09 
 
 
277 aa  134  9.999999999999999e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0231944  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1043  ABC-3 protein  36.4 
 
 
312 aa  135  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.151088 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2965  ABC transporter permease  32.95 
 
 
288 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000539845  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1599  hypothetical protein  30.6 
 
 
281 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000345254  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3190  ABC transporter permease  32.95 
 
 
288 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3278  ABC-3 protein  34.81 
 
 
291 aa  131  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0841  ABC-3 protein  31.97 
 
 
280 aa  131  2.0000000000000002e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1661  putative ABC transporter membrane protein  36.88 
 
 
303 aa  130  3e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.726587  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2174  ABC-3 protein  33.86 
 
 
306 aa  129  7.000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0291  ABC transporter, permease protein  30.77 
 
 
278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0892  ABC-3 protein  30.5 
 
 
278 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0918  ABC-3 protein  30.5 
 
 
278 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0960733  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3260  ABC-3 protein  31.18 
 
 
294 aa  126  6e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00406808  normal  0.279428 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3405  hypothetical protein  32.74 
 
 
285 aa  125  6e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.555758 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2066  ABC-3 protein  32.61 
 
 
304 aa  125  7e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2550  ABC-3 protein  29.74 
 
 
300 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2143  ABC-3 protein  36.47 
 
 
304 aa  124  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13210  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport system, permease component  35.77 
 
 
276 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2045  ABC-3 protein  33.11 
 
 
278 aa  120  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00377513  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2130  ABC-3 protein  29.14 
 
 
286 aa  119  4.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0882717 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3000  ABC-3 protein  31.34 
 
 
285 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0223089  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1256  ABC-3 protein  34.29 
 
 
280 aa  119  6e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.400724  hitchhiker  0.000923088 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1589  ABC-3 protein  35.11 
 
 
281 aa  119  6e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3369  ABC-3 protein  35.29 
 
 
289 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.182815 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0325  chelated iron ABC transporter, permease  29.08 
 
 
280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.057736  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1390  ABC-3 protein  35.04 
 
 
295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.0078855  normal  0.217794 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0776  ABC-3 protein  31.58 
 
 
290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3701  ABC-3 protein  31.82 
 
 
282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0803  ABC-3 protein  31.58 
 
 
290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.117912  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1812  ABC-3 protein  29 
 
 
297 aa  117  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0136745  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2633  chelated iron transport system membrane protein  29 
 
 
297 aa  117  3e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.754634  normal  0.711765 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3166  ABC-3 protein  35.29 
 
 
314 aa  117  3e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.163025  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1702  chelated iron ABC transporter, permease protein YfeD  29 
 
 
297 aa  117  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4028  ABC-3 protein  33.33 
 
 
306 aa  116  5e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2208  ABC-3 protein  31.09 
 
 
285 aa  115  7.999999999999999e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.033424  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1916  ABC-3 protein  30.32 
 
 
285 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0155805  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1013  ABC transporter  30.57 
 
 
291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.134252  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1114  ABC-3 protein  31.97 
 
 
279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06291  ABC transporter  29.26 
 
 
290 aa  112  7.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4437  ABC-3 protein  37.06 
 
 
294 aa  112  7.000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.346734  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2036  ABC-3 protein  33.89 
 
 
312 aa  112  8.000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.292587  normal  0.523327 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06591  ABC transporter  29.59 
 
 
290 aa  112  8.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.591644  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1485  ABC transporter  31.95 
 
 
274 aa  112  9e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.122101  normal  0.297655 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2573  manganese transport system membrane protein MntB  33.83 
 
 
276 aa  112  1.0000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.449069  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1204  ABC-3 protein  32.69 
 
 
279 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.604109  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1236  anchored repeat-type ABC transporter, permease subunit  30.11 
 
 
287 aa  111  2.0000000000000002e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000156655 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1400  ABC-3 protein  32.27 
 
 
351 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0212461  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4744  ABC-3 protein  27.11 
 
 
285 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3044  ABC-3 protein  31.18 
 
 
289 aa  109  5e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00612109  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0039  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport system permease components  29.85 
 
 
290 aa  108  9.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>