More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0028 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0028  thioredoxin  100 
 
 		 106 aa  211  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3241  thioredoxin  87.62 
 
 		 107 aa  192  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4285  thioredoxin  83.02 
 
 		 106 aa  184  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.395722  normal  0.497891 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3958  thioredoxin  83.02 
 
 		 106 aa  182  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3582  thioredoxin  80 
 
 		 107 aa  182  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.968394  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0816  thioredoxin  78.3 
 
 		 107 aa  173  8e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2105  thioredoxin  76.42 
 
 		 107 aa  168  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0422234  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2021  thioredoxin  76.42 
 
 		 107 aa  168  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000945216  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3378  thioredoxin  66.99 
 
 		 107 aa  154  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.197201  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4956  thioredoxin  65.09 
 
 		 106 aa  150  8e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.183907 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4442  thioredoxin  64.15 
 
 		 119 aa  148  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.553221 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4906  thioredoxin  64.15 
 
 		 106 aa  148  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.803641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1358  thioredoxin  69.61 
 
 		 107 aa  148  3e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0473  thioredoxin  63.21 
 
 		 107 aa  147  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.319728  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0091  thioredoxin 1, redox factor  65.71 
 
 		 106 aa  145  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.846581  normal  0.939622 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1625  thioredoxin  64.71 
 
 		 107 aa  146  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0156  thioredoxin  62.86 
 
 		 106 aa  145  2.0000000000000003e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0388  thioredoxin  63.81 
 
 		 106 aa  144  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.155079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0059  thioredoxin  66.67 
 
 		 106 aa  143  8.000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0051  thioredoxin  65.69 
 
 		 106 aa  142  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.155345 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0630  thioredoxin  64.76 
 
 		 106 aa  141  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3301  thioredoxin  60 
 
 		 106 aa  140  5e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00133271  normal  0.624218 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0201  thioredoxin  63.81 
 
 		 106 aa  140  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0076  thioredoxin  63.81 
 
 		 106 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0551582  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4174  thioredoxin  60.95 
 
 		 107 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2176  thioredoxin  59.05 
 
 		 106 aa  137  3.9999999999999997e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.275071 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2950  thioredoxin  62.86 
 
 		 106 aa  137  7e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.184197  normal  0.155868 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1529  thioredoxin  61.9 
 
 		 106 aa  136  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.643867  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0179  thioredoxin  61.9 
 
 		 106 aa  136  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.292519  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2323  thioredoxin  60.2 
 
 		 110 aa  133  7.000000000000001e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3439  thioredoxin  63.73 
 
 		 106 aa  133  9e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2997  thioredoxin  62.89 
 
 		 108 aa  132  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.140108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0127  thioredoxin  63.54 
 
 		 108 aa  133  9.999999999999999e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000655412  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4231  thioredoxin  58.59 
 
 		 107 aa  132  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000465688 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11291  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxin  60.2 
 
 		 148 aa  131  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.554772 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3080  thioredoxin  60.2 
 
 		 108 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2898  thioredoxin  58.16 
 
 		 133 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.34978  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0139  thioredoxin  59.8 
 
 		 106 aa  131  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2340  thioredoxin  60 
 
 		 108 aa  131  3e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0697906  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2654  thioredoxin  56.57 
 
 		 107 aa  130  7.999999999999999e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0691  thioredoxin  59.18 
 
 		 107 aa  129  9e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15251  thioredoxin  59.18 
 
 		 107 aa  129  9e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2805  thioredoxin  56.12 
 
 		 109 aa  130  9e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.686799 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0357  thioredoxin  59.6 
 
 		 108 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0810  thioredoxin  57.58 
 
 		 107 aa  128  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.195011 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11511  thioredoxin  58.16 
 
 		 107 aa  128  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4067  thioredoxin  61.76 
 
 		 106 aa  129  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.153402 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0338  thioredoxin  60.61 
 
 		 108 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2195  thioredoxin  59.57 
 
 		 110 aa  128  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.173373  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0203  thioredoxin  59 
 
 		 108 aa  128  3e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0368  thioredoxin  57.58 
 
 		 108 aa  128  3e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.27502 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2793  thioredoxin  59 
 
 		 107 aa  128  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.526009  normal  0.619101 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2263  thioredoxin  59.57 
 
 		 110 aa  127  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4854  thioredoxin  52.94 
 
 		 111 aa  127  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.188061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3658  thioredoxin  56.38 
 
 		 110 aa  127  4.0000000000000003e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00522541  normal  0.779583 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1072  thioredoxin  58.95 
 
 		 107 aa  127  6e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.888152  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1294  thioredoxin  58 
 
 		 108 aa  127  6e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1456  thioredoxin  58.42 
 
 		 108 aa  127  6e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.724668  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11661  thioredoxin  58.95 
 
 		 107 aa  127  6e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.113798  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0351  thioredoxin  54.55 
 
 		 107 aa  127  6e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.537931  normal  0.872759 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2468  thioredoxin  57.58 
 
 		 108 aa  127  6e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11671  thioredoxin  58.95 
 
 		 107 aa  127  6e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0300  thioredoxin  57 
 
 		 116 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2056  thioredoxin  56.44 
 
 		 108 aa  127  7.000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2084  thioredoxin  56 
 
 		 107 aa  126  8.000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2289  thioredoxin  58.59 
 
 		 108 aa  126  8.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000876713  normal  0.363166 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2682  thioredoxin  53.85 
 
 		 106 aa  126  9.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.899838  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1188  thioredoxin 1 (redox factor) protein  60.82 
 
 		 108 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.945237  normal  0.545287 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1501  thioredoxin  61.46 
 
 		 110 aa  125  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2117  thioredoxin  56.57 
 
 		 108 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.124376  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3433  thioredoxin  56.12 
 
 		 104 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.513588  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3311  thioredoxin  57.14 
 
 		 125 aa  126  1.0000000000000001e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.105882  normal  0.0734612 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1411  thioredoxin  60.58 
 
 		 107 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2357  thioredoxin  61.46 
 
 		 110 aa  125  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.565357  normal  0.741235 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0175  thioredoxin  58.59 
 
 		 108 aa  125  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3929  thioredoxin  59.6 
 
 		 108 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1283  thioredoxin 1  54 
 
 		 109 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.149215  normal  0.0874847 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3952  thioredoxin  59.6 
 
 		 108 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1945  thioredoxin  56.12 
 
 		 124 aa  125  2.0000000000000002e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4070  thioredoxin  59.6 
 
 		 108 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.282643 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3877  thioredoxin  59.6 
 
 		 108 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000866569 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3312  thioredoxin  59.57 
 
 		 109 aa  125  2.0000000000000002e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.124332  normal  0.074373 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1976  thioredoxin  58.25 
 
 		 109 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09121  thioredoxin  59.79 
 
 		 107 aa  125  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.427619 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1032  thioredoxin  59.79 
 
 		 108 aa  125  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0280338  normal  0.216175 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1124  thioredoxin  59.79 
 
 		 108 aa  125  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0722597  normal  0.17575 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0720  thioredoxin  56.12 
 
 		 107 aa  125  3e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0448  thioredoxin  58.59 
 
 		 108 aa  125  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5038  thioredoxin  59.18 
 
 		 109 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2134  thioredoxin  55.67 
 
 		 108 aa  125  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0459983  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2847  thioredoxin  58.82 
 
 		 106 aa  124  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.300873 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3216  thioredoxin  59.6 
 
 		 108 aa  124  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.604019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0513  thioredoxin  58.59 
 
 		 108 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4110  thioredoxin  59.6 
 
 		 108 aa  124  5e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.465308  hitchhiker  0.0000724164 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4115  thioredoxin  55.1 
 
 		 107 aa  124  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0460  thioredoxin  58.59 
 
 		 108 aa  124  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.810082  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4155  thioredoxin  55.1 
 
 		 107 aa  124  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.853934 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0156  thioredoxin  57.58 
 
 		 108 aa  124  5e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3500  thioredoxin  56.67 
 
 		 107 aa  124  6e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31565  predicted protein  56.57 
 
 		 123 aa  124  6e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>