More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1411 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_1411  thioredoxin  100 
 
 
107 aa  215  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2176  thioredoxin  80 
 
 
106 aa  177  4.999999999999999e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.275071 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0473  thioredoxin  73.08 
 
 
107 aa  169  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.319728  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1625  thioredoxin  74.51 
 
 
107 aa  169  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4956  thioredoxin  73.53 
 
 
106 aa  167  5e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.183907 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4442  thioredoxin  73.53 
 
 
119 aa  167  5e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.553221 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4906  thioredoxin  73.53 
 
 
106 aa  167  5e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.803641  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4174  thioredoxin  70.48 
 
 
107 aa  164  4e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3378  thioredoxin  71.29 
 
 
107 aa  159  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.197201  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3582  thioredoxin  66.67 
 
 
107 aa  151  4e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.968394  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0139  thioredoxin  64.76 
 
 
106 aa  150  5e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0816  thioredoxin  63.37 
 
 
107 aa  148  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1294  thioredoxin  60.95 
 
 
108 aa  147  5e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316672  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2105  thioredoxin  63.37 
 
 
107 aa  147  6e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0422234  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2021  thioredoxin  63.37 
 
 
107 aa  147  6e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000945216  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2682  thioredoxin  66 
 
 
106 aa  145  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.899838  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3241  thioredoxin  61.9 
 
 
107 aa  144  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3301  thioredoxin  60.95 
 
 
106 aa  144  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00133271  normal  0.624218 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0087  thioredoxin  58.1 
 
 
106 aa  144  5e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.950509 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0091  thioredoxin 1, redox factor  63.73 
 
 
106 aa  144  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.846581  normal  0.939622 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2793  thioredoxin  61.68 
 
 
107 aa  143  7.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.526009  normal  0.619101 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0203  thioredoxin  61.17 
 
 
108 aa  143  8.000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0051  thioredoxin  61.76 
 
 
106 aa  143  9e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.155345 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0388  thioredoxin  63.73 
 
 
106 aa  143  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.155079  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0076  thioredoxin  63.73 
 
 
106 aa  142  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0551582  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0201  thioredoxin  62.75 
 
 
106 aa  141  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4285  thioredoxin  62.5 
 
 
106 aa  141  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.395722  normal  0.497891 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0156  thioredoxin  61.54 
 
 
106 aa  141  3e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0159  thioredoxin  61 
 
 
108 aa  140  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.447164 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03659  thioredoxin  60 
 
 
109 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000771604  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4196  thioredoxin  60 
 
 
109 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000515955  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4145  thioredoxin  60 
 
 
109 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5214  thioredoxin  60 
 
 
109 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4196  thioredoxin  60 
 
 
109 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3997  thioredoxin  60 
 
 
109 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0630  thioredoxin  61.76 
 
 
106 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4222  thioredoxin  60 
 
 
109 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00219843  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2847  thioredoxin  62.86 
 
 
106 aa  139  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.300873 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4245  thioredoxin  60 
 
 
109 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.775484  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4127  thioredoxin  60 
 
 
109 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03608  hypothetical protein  60 
 
 
109 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000236523  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4292  thioredoxin  60 
 
 
109 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4142  thioredoxin  60 
 
 
109 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4304  thioredoxin  60 
 
 
109 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.234233  normal  0.940905 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4140  thioredoxin  60 
 
 
109 aa  139  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4004  thioredoxin  60 
 
 
109 aa  138  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.897528  decreased coverage  0.00429034 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5011  thioredoxin  64.08 
 
 
107 aa  138  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3433  thioredoxin  57.84 
 
 
104 aa  138  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.513588  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0059  thioredoxin  60.78 
 
 
106 aa  138  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3958  thioredoxin  60.58 
 
 
106 aa  137  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1358  thioredoxin  55.24 
 
 
107 aa  137  4.999999999999999e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4035  thioredoxin  60 
 
 
108 aa  137  7e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0966495  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0510  thioredoxin 1  60 
 
 
108 aa  137  7e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0310601 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0179  thioredoxin  60 
 
 
108 aa  137  7e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4067  thioredoxin  60 
 
 
106 aa  136  7.999999999999999e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.153402 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3933  thioredoxin  63.11 
 
 
107 aa  136  7.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0028  thioredoxin  60.58 
 
 
106 aa  136  7.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3439  thioredoxin  59.05 
 
 
106 aa  135  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4854  thioredoxin  56.73 
 
 
111 aa  135  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.188061  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2950  thioredoxin  60.95 
 
 
106 aa  135  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.184197  normal  0.155868 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4012  thioredoxin  59 
 
 
108 aa  135  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4204  thioredoxin  59 
 
 
108 aa  135  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3190  thioredoxin  60 
 
 
108 aa  135  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.425401  hitchhiker  0.00537167 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002097  thioredoxin  60 
 
 
108 aa  134  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00313258  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00337  thioredoxin  60 
 
 
108 aa  134  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0720  thioredoxin  57.94 
 
 
107 aa  134  3.0000000000000003e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2898  thioredoxin  56.86 
 
 
133 aa  134  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.34978  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1456  thioredoxin  57.55 
 
 
108 aa  134  3.0000000000000003e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.724668  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00569  thioredoxin  56.31 
 
 
112 aa  134  5e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.181003  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1945  thioredoxin  57.01 
 
 
124 aa  134  5e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5276  thioredoxin  58.1 
 
 
108 aa  134  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0179  thioredoxin  60 
 
 
106 aa  133  8e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.292519  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1529  thioredoxin  60 
 
 
106 aa  133  8e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.643867  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1501  thioredoxin  55.88 
 
 
110 aa  132  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4222  thioredoxin  57.28 
 
 
108 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0161465  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2357  thioredoxin  55.88 
 
 
110 aa  132  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.565357  normal  0.741235 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0513  thioredoxin  58.59 
 
 
108 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1996  thioredoxin  58.65 
 
 
106 aa  132  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2323  thioredoxin  53.92 
 
 
110 aa  132  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0175  thioredoxin  55.34 
 
 
108 aa  131  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0156  thioredoxin  57 
 
 
108 aa  131  3e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11291  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxin  55.14 
 
 
148 aa  131  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.554772 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0147  thioredoxin 1  59 
 
 
108 aa  131  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000169587  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69200  thioredoxin  56.31 
 
 
108 aa  131  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2698  thioredoxin  58 
 
 
108 aa  131  3.9999999999999996e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0171911  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1072  thioredoxin  54.21 
 
 
107 aa  130  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.888152  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11671  thioredoxin  54.21 
 
 
107 aa  130  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09121  thioredoxin  56.07 
 
 
107 aa  131  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.427619 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11661  thioredoxin  54.21 
 
 
107 aa  130  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.113798  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2639  thioredoxin  54.9 
 
 
110 aa  131  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0886828  hitchhiker  0.00590655 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2263  thioredoxin  54.9 
 
 
110 aa  130  6e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1344  thioredoxin  53.33 
 
 
107 aa  130  6e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00788637  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2195  thioredoxin  55.88 
 
 
110 aa  130  6e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.173373  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11511  thioredoxin  54.21 
 
 
107 aa  130  7.999999999999999e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2468  thioredoxin  57.28 
 
 
108 aa  130  7.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0691  thioredoxin  54.21 
 
 
107 aa  130  9e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15251  thioredoxin  54.21 
 
 
107 aa  130  9e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47420  Thioredoxin 1, trx1  56.86 
 
 
108 aa  129  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5215  thioredoxin  56.19 
 
 
109 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2654  thioredoxin  51.4 
 
 
107 aa  128  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>