More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0076 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0076  thioredoxin  100 
 
 		 106 aa  214  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0551582  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0201  thioredoxin  95.28 
 
 		 106 aa  207  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0630  thioredoxin  95.28 
 
 		 106 aa  206  1e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0091  thioredoxin 1, redox factor  92.45 
 
 		 106 aa  201  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.846581  normal  0.939622 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0388  thioredoxin  88.68 
 
 		 106 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.155079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0059  thioredoxin  87.74 
 
 		 106 aa  192  1e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0051  thioredoxin  84.91 
 
 		 106 aa  186  1e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.155345 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3301  thioredoxin  69.81 
 
 		 106 aa  168  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00133271  normal  0.624218 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3433  thioredoxin  64.71 
 
 		 104 aa  147  4e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.513588  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2176  thioredoxin  61.32 
 
 		 106 aa  146  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.275071 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4442  thioredoxin  64.76 
 
 		 119 aa  144  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.553221 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4906  thioredoxin  64.76 
 
 		 106 aa  144  5e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.803641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3241  thioredoxin  63.21 
 
 		 107 aa  144  6e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0473  thioredoxin  63.81 
 
 		 107 aa  142  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.319728  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1625  thioredoxin  63.46 
 
 		 107 aa  141  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4956  thioredoxin  63.81 
 
 		 106 aa  140  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.183907 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0816  thioredoxin  60 
 
 		 107 aa  140  8e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0028  thioredoxin  63.81 
 
 		 106 aa  139  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2105  thioredoxin  59.05 
 
 		 107 aa  138  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0422234  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2021  thioredoxin  59.05 
 
 		 107 aa  138  3e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000945216  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3378  thioredoxin  61.54 
 
 		 107 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.197201  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3582  thioredoxin  60.38 
 
 		 107 aa  137  3.9999999999999997e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.968394  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0139  thioredoxin  58.49 
 
 		 106 aa  136  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4174  thioredoxin  59.43 
 
 		 107 aa  135  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4854  thioredoxin  54.29 
 
 		 111 aa  135  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.188061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4285  thioredoxin  61.9 
 
 		 106 aa  135  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.395722  normal  0.497891 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0357  thioredoxin  56.86 
 
 		 108 aa  133  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3958  thioredoxin  60 
 
 		 106 aa  131  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1294  thioredoxin  55.45 
 
 		 108 aa  131  3e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316672  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0203  thioredoxin  56.57 
 
 		 108 aa  130  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1358  thioredoxin  56.86 
 
 		 107 aa  131  3.9999999999999996e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3311  thioredoxin  60.42 
 
 		 125 aa  129  1.0000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.105882  normal  0.0734612 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0087  thioredoxin  52.83 
 
 		 106 aa  129  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.950509 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0513  thioredoxin  56.86 
 
 		 108 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0156  thioredoxin  52.83 
 
 		 106 aa  128  2.0000000000000002e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0159  thioredoxin  52.94 
 
 		 108 aa  128  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.447164 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0057  thioredoxin  55.56 
 
 		 109 aa  128  3e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4110  thioredoxin  56.44 
 
 		 108 aa  128  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.465308  hitchhiker  0.0000724164 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0398  thioredoxin  55.45 
 
 		 108 aa  128  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2056  thioredoxin  54.37 
 
 		 108 aa  128  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2654  thioredoxin  57.58 
 
 		 107 aa  127  7.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09121  thioredoxin  59.18 
 
 		 107 aa  126  8.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.427619 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1411  thioredoxin  63.73 
 
 		 107 aa  126  8.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2084  thioredoxin  51.96 
 
 		 107 aa  126  8.000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4580  thioredoxin  54.29 
 
 		 107 aa  126  8.000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.90902  hitchhiker  0.00134414 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0406  thioredoxin 1  55.45 
 
 		 108 aa  125  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11291  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxin  57.43 
 
 		 148 aa  126  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.554772 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5098  thioredoxin  56.44 
 
 		 107 aa  126  1.0000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.590945  hitchhiker  0.000000265159 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9377  thioredoxin  57.73 
 
 		 107 aa  125  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0127  thioredoxin  57.73 
 
 		 108 aa  126  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000655412  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1673  thioredoxin  60 
 
 		 109 aa  126  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.172284  hitchhiker  0.000827642 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0410  thioredoxin  55.45 
 
 		 108 aa  125  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3615  thioredoxin  55.45 
 
 		 108 aa  125  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0409  thioredoxin  55.45 
 
 		 108 aa  125  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00884025 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0810  thioredoxin  58.76 
 
 		 107 aa  125  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.195011 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47420  Thioredoxin 1, trx1  53.85 
 
 		 108 aa  125  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2682  thioredoxin  49.06 
 
 		 106 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.899838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4231  thioredoxin  58.51 
 
 		 107 aa  125  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000465688 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1830  thioredoxin  60.22 
 
 		 107 aa  125  2.0000000000000002e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.260875 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3022  thioredoxin  54.21 
 
 		 108 aa  125  2.0000000000000002e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3658  thioredoxin  50.96 
 
 		 110 aa  125  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00522541  normal  0.779583 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2149  thioredoxin  59.14 
 
 		 108 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2624  thioredoxin  54.72 
 
 		 104 aa  125  3e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000156705  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4012  thioredoxin  53 
 
 		 108 aa  124  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4688  thioredoxin  54.46 
 
 		 108 aa  124  3e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.376387  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3433  thioredoxin  54.46 
 
 		 108 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0691  thioredoxin  58.16 
 
 		 107 aa  124  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4204  thioredoxin  51.96 
 
 		 108 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15251  thioredoxin  58.16 
 
 		 107 aa  124  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4070  thioredoxin  53.47 
 
 		 108 aa  124  5e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.282643 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3952  thioredoxin  53.47 
 
 		 108 aa  124  5e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3877  thioredoxin  53.47 
 
 		 108 aa  124  5e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000866569 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5983  thioredoxin  54.9 
 
 		 108 aa  124  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0460  thioredoxin  52.48 
 
 		 108 aa  124  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.810082  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3929  thioredoxin  53.47 
 
 		 108 aa  124  5e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1945  thioredoxin  57.14 
 
 		 124 aa  124  6e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1996  thioredoxin  51.89 
 
 		 106 aa  124  6e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3584  thioredoxin  53.92 
 
 		 108 aa  124  6e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0328783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0448  thioredoxin  52.48 
 
 		 108 aa  124  6e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0338  thioredoxin  54.46 
 
 		 108 aa  124  6e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0300  thioredoxin  53 
 
 		 116 aa  123  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1529  thioredoxin  54.72 
 
 		 106 aa  123  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.643867  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2950  thioredoxin  54.72 
 
 		 106 aa  123  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.184197  normal  0.155868 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0179  thioredoxin  54.72 
 
 		 106 aa  123  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.292519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0351  thioredoxin  56.7 
 
 		 107 aa  123  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.537931  normal  0.872759 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3216  thioredoxin  53.47 
 
 		 108 aa  123  8.000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.604019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11511  thioredoxin  56.12 
 
 		 107 aa  123  9e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4115  thioredoxin  59.57 
 
 		 107 aa  123  9e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4155  thioredoxin  59.57 
 
 		 107 aa  123  9e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.853934 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1501  thioredoxin  56 
 
 		 110 aa  123  9e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2357  thioredoxin  56 
 
 		 110 aa  123  9e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.565357  normal  0.741235 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1456  thioredoxin  51.49 
 
 		 108 aa  122  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.724668  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0308  thioredoxin  52.88 
 
 		 108 aa  122  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717076  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1364  thioredoxin  50 
 
 		 108 aa  122  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283304  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2246  thioredoxin  50 
 
 		 108 aa  122  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0044  thioredoxin  50 
 
 		 108 aa  122  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0410527  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5276  thioredoxin  51.92 
 
 		 108 aa  122  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1125  thioredoxin  50 
 
 		 108 aa  122  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1853  thioredoxin  50 
 
 		 108 aa  122  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0570457  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3190  thioredoxin  53.47 
 
 		 108 aa  123  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.425401  hitchhiker  0.00537167 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>