More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1188 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1188  thioredoxin 1 (redox factor) protein  100 
 
 
108 aa  220  4.9999999999999996e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.945237  normal  0.545287 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1124  thioredoxin  97.22 
 
 
108 aa  216  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0722597  normal  0.17575 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1032  thioredoxin  97.22 
 
 
108 aa  216  1e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0280338  normal  0.216175 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2134  thioredoxin  91.67 
 
 
108 aa  205  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0459983  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2374  thioredoxin 1  88.89 
 
 
146 aa  205  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1125  thioredoxin  88.89 
 
 
108 aa  204  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1364  thioredoxin  88.89 
 
 
108 aa  204  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283304  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2208  thioredoxin  88.89 
 
 
108 aa  204  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0155117  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0044  thioredoxin  88.89 
 
 
108 aa  204  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0410527  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2246  thioredoxin  88.89 
 
 
108 aa  204  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1853  thioredoxin  88.89 
 
 
108 aa  204  3e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0570457  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2117  thioredoxin  90.74 
 
 
108 aa  203  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.124376  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2218  thioredoxin  87.96 
 
 
146 aa  203  6e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.312249  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1739  thioredoxin  87.96 
 
 
108 aa  202  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.146348  normal  0.112507 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5129  thioredoxin  87.96 
 
 
108 aa  202  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025918  normal  0.808925 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1445  thioredoxin  87.96 
 
 
108 aa  202  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0251303  normal  0.275114 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6251  thioredoxin  87.96 
 
 
108 aa  202  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.040042  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1852  thioredoxin  87.96 
 
 
108 aa  202  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0771172  normal  0.135016 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1766  thioredoxin  87.96 
 
 
108 aa  202  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.37558  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1828  thioredoxin  87.96 
 
 
108 aa  202  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0156587  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2362  thioredoxin  83.33 
 
 
108 aa  193  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0224789  normal  0.140308 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1825  thioredoxin  83.33 
 
 
108 aa  193  5.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0606148  normal  0.108292 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0950  thioredoxin  82.41 
 
 
108 aa  192  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.263431  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0639  thioredoxin  81.48 
 
 
108 aa  189  1e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1307  thioredoxin  80.56 
 
 
108 aa  187  4e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1283  thioredoxin 1  81.31 
 
 
109 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.149215  normal  0.0874847 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2805  thioredoxin  76.64 
 
 
109 aa  178  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.686799 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0357  thioredoxin  74.07 
 
 
108 aa  177  4e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2468  thioredoxin  73.15 
 
 
108 aa  174  3e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2323  thioredoxin  75.7 
 
 
110 aa  173  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2898  thioredoxin  73.83 
 
 
133 aa  173  9e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.34978  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2263  thioredoxin  73.83 
 
 
110 aa  171  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1501  thioredoxin  74.77 
 
 
110 aa  171  2.9999999999999996e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2357  thioredoxin  74.77 
 
 
110 aa  171  2.9999999999999996e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.565357  normal  0.741235 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2997  thioredoxin  70.37 
 
 
108 aa  170  5e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.140108  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2195  thioredoxin  73.83 
 
 
110 aa  170  5e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.173373  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2084  thioredoxin  69.52 
 
 
107 aa  170  6.999999999999999e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5276  thioredoxin  70.37 
 
 
108 aa  168  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47420  Thioredoxin 1, trx1  70.37 
 
 
108 aa  167  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0657  thioredoxin  70.37 
 
 
108 aa  167  3e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0806  thioredoxin  70.37 
 
 
108 aa  167  3e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4905  thioredoxin  71.03 
 
 
110 aa  166  8e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3877  thioredoxin  71.3 
 
 
108 aa  166  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000866569 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3952  thioredoxin  71.3 
 
 
108 aa  166  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3929  thioredoxin  71.3 
 
 
108 aa  166  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4070  thioredoxin  71.3 
 
 
108 aa  166  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.282643 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2289  thioredoxin  67.59 
 
 
108 aa  165  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000876713  normal  0.363166 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69200  thioredoxin  69.44 
 
 
108 aa  165  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0036  thioredoxin  67.59 
 
 
108 aa  164  2.9999999999999998e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0705575 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5983  thioredoxin  69.44 
 
 
108 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3080  thioredoxin  68.52 
 
 
108 aa  164  2.9999999999999998e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5215  thioredoxin  70.09 
 
 
109 aa  164  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5124  thioredoxin  70.09 
 
 
109 aa  164  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.855003 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0308  thioredoxin  69.44 
 
 
108 aa  164  5e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717076  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2639  thioredoxin  71.03 
 
 
110 aa  164  5e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0886828  hitchhiker  0.00590655 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5243  thioredoxin  70.09 
 
 
109 aa  163  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0406  thioredoxin 1  69.44 
 
 
108 aa  163  6.9999999999999995e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5457  thioredoxin  70.09 
 
 
109 aa  163  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0195643 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0410  thioredoxin  69.44 
 
 
108 aa  163  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3615  thioredoxin  69.44 
 
 
108 aa  163  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0409  thioredoxin  69.44 
 
 
108 aa  163  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00884025 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3433  thioredoxin  69.44 
 
 
108 aa  162  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5038  thioredoxin  67.29 
 
 
109 aa  161  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0338  thioredoxin  70.37 
 
 
108 aa  161  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0127  thioredoxin  67.59 
 
 
108 aa  161  3e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000655412  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3190  thioredoxin  69.44 
 
 
108 aa  161  3e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.425401  hitchhiker  0.00537167 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0475  thioredoxin  70.37 
 
 
108 aa  161  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4110  thioredoxin  66.67 
 
 
108 aa  158  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.465308  hitchhiker  0.0000724164 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0368  thioredoxin  65.74 
 
 
108 aa  158  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.27502 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2056  thioredoxin  64.81 
 
 
108 aa  158  2e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0448  thioredoxin  65.74 
 
 
108 aa  158  3e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0398  thioredoxin  67.59 
 
 
108 aa  158  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2698  thioredoxin  67.59 
 
 
108 aa  158  3e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0171911  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2340  thioredoxin  65.74 
 
 
108 aa  156  7e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0697906  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2583  thioredoxin  67.33 
 
 
110 aa  156  7e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03659  thioredoxin  65.74 
 
 
109 aa  156  9e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000771604  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4196  thioredoxin  65.74 
 
 
109 aa  156  9e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000515955  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03608  hypothetical protein  65.74 
 
 
109 aa  156  9e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000236523  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4222  thioredoxin  65.74 
 
 
109 aa  156  9e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00219843  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4142  thioredoxin  65.74 
 
 
109 aa  156  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4140  thioredoxin  65.74 
 
 
109 aa  156  9e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3997  thioredoxin  65.74 
 
 
109 aa  156  9e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4245  thioredoxin  65.74 
 
 
109 aa  156  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.775484  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4292  thioredoxin  65.74 
 
 
109 aa  156  9e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4196  thioredoxin  65.74 
 
 
109 aa  156  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4127  thioredoxin  65.74 
 
 
109 aa  156  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4304  thioredoxin  65.74 
 
 
109 aa  156  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.234233  normal  0.940905 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5214  thioredoxin  65.74 
 
 
109 aa  156  9e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4145  thioredoxin  65.74 
 
 
109 aa  156  9e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00569  thioredoxin  66.67 
 
 
112 aa  156  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.181003  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00337  thioredoxin  66.67 
 
 
108 aa  155  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0513  thioredoxin  64.81 
 
 
108 aa  155  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4004  thioredoxin  65.74 
 
 
109 aa  155  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.897528  decreased coverage  0.00429034 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0460  thioredoxin  64.81 
 
 
108 aa  155  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.810082  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002097  thioredoxin  66.67 
 
 
108 aa  155  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00313258  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0147  thioredoxin 1  65.74 
 
 
108 aa  155  2e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000169587  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3216  thioredoxin  66.67 
 
 
108 aa  155  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.604019  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4035  thioredoxin  64.81 
 
 
108 aa  153  9e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0966495  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0510  thioredoxin 1  64.81 
 
 
108 aa  153  9e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0310601 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0159  thioredoxin  62.96 
 
 
108 aa  153  9e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.447164 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>