More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1058 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1058  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 333 aa  685    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.985578  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04310  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  60.7 
 
 		 349 aa  368  1e-101  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0042  periplasmic solute binding protein  52.48 
 
 		 332 aa  308  5.9999999999999995e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000671872  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0547  periplasmic solute binding protein  47.74 
 
 		 318 aa  285  5.999999999999999e-76  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.624279  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2645  periplasmic solute binding protein  41.14 
 
 		 317 aa  246  3e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  40.58 
 
 		 309 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0895  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  39.38 
 
 		 514 aa  221  1.9999999999999999e-56  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00479451  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2435  periplasmic solute binding protein  40.97 
 
 		 301 aa  217  2.9999999999999998e-55  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000148152  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1578  periplasmic solute binding protein  36.24 
 
 		 314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4184  periplasmic solute binding protein  34.47 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0757118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3534  periplasmic solute binding protein  36.98 
 
 		 304 aa  209  4e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2125  ABC transporter, substrate-binding protein  35.89 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.570615  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2413  ABC transporter, substrate-binding protein  35.58 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.423087  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3600  periplasmic solute binding protein  36.98 
 
 		 304 aa  206  6e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1526  periplasmic solute binding protein  34.46 
 
 		 316 aa  206  6e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2025  putative adhesion lipoprotein  35.69 
 
 		 316 aa  204  2e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1885  periplasmic solute binding protein  35.06 
 
 		 316 aa  203  3e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0182568  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0491  periplasmic solute binding protein  36 
 
 		 318 aa  202  5e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3284  putative adhesion lipoprotein  35.08 
 
 		 316 aa  202  8e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0580  periplasmic solute binding protein  34.25 
 
 		 328 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0046  periplasmic solute binding protein  34.15 
 
 		 316 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0535  zinc ABC transporter, zinc-binding adhesion liprotein  36.45 
 
 		 506 aa  196  6e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0968782  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1851  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  33.44 
 
 		 316 aa  196  6e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.623587  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2136  putative adhesion lipoprotein  33.54 
 
 		 316 aa  196  6e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2103  adhesion lipoprotein  33.54 
 
 		 316 aa  195  1e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1841  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  33.44 
 
 		 316 aa  194  1e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.18542  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0461  periplasmic solute binding protein  36.89 
 
 		 313 aa  195  1e-48  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1889  adhesion lipoprotein  33.85 
 
 		 316 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.994637  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2035  adhesion lipoprotein  33.85 
 
 		 316 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0278  periplasmic solute binding protein  36.14 
 
 		 293 aa  192  8e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.664498  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2226  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  35.64 
 
 		 323 aa  191  1e-47  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.118705  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13680  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  34.82 
 
 		 320 aa  190  2e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.785587 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1775  periplasmic solute binding protein  37.5 
 
 		 312 aa  187  2e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.176875  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2986  adhesion lipoprotein  34.08 
 
 		 326 aa  187  3e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1128  periplasmic solute binding protein  35.05 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.29041 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3227  periplasmic solute binding protein  35.66 
 
 		 312 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0202963  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0184  laminin-binding surface protein  32.7 
 
 		 317 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.570136  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0278  laminin-binding surface protein  32.7 
 
 		 317 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2791  periplasmic solute binding protein  32.15 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000435611  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2065  periplasmic solute binding protein  35.29 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2047  periplasmic solute binding protein  32.82 
 
 		 311 aa  177  3e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.862803 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2183  periplasmic solute binding protein  34.42 
 
 		 311 aa  175  8e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.143573 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1859  periplasmic solute binding protein  31.58 
 
 		 362 aa  175  9e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2139  periplasmic solute binding protein  30.69 
 
 		 333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000485962  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3437  periplasmic solute binding protein  32.54 
 
 		 358 aa  171  1e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.18946 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1234  laminin-binding surface protein  33.12 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000444188  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1938  adhesion lipoprotein  32.41 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4439  periplasmic solute binding protein  34.03 
 
 		 339 aa  170  4e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.914781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1655  periplasmic solute binding protein  33.88 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0598  periplasmic solute binding protein  31.68 
 
 		 333 aa  169  5e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1602  periplasmic solute binding protein  35.05 
 
 		 324 aa  169  5e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.174683  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  32.54 
 
 		 304 aa  169  6e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7033  periplasmic solute binding protein  34.94 
 
 		 315 aa  169  7e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1937  periplasmic solute binding protein  36.01 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.456944  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  34.01 
 
 		 321 aa  166  6.9999999999999995e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0516  periplasmic solute binding protein  32.43 
 
 		 365 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1833  periplasmic solute binding protein  32.69 
 
 		 321 aa  166  6.9999999999999995e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.475081  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3814  periplasmic solute binding protein  34.3 
 
 		 331 aa  165  8e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.906416  normal  0.0575455 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2304  putative ABC-transporter metal-binding lipoprotein  35.54 
 
 		 311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2419  zinc ABC transporter substrate-binding protein  30.98 
 
 		 280 aa  164  2.0000000000000002e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0902077  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2066  putative adhesion lipoprotein  34.7 
 
 		 265 aa  164  3e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  32.99 
 
 		 316 aa  163  3e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4568  periplasmic solute-binding protein  31.48 
 
 		 322 aa  163  4.0000000000000004e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.328746  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1102  periplasmic solute binding protein  32.03 
 
 		 282 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  32.88 
 
 		 309 aa  162  6e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  32.88 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  31.4 
 
 		 305 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  33.22 
 
 		 292 aa  159  6e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0993  zinc ABC transporter, zinc-binding protein  29.83 
 
 		 323 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.27598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0224  periplasmic solute binding protein  32.41 
 
 		 368 aa  155  7e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1015  periplasmic solute binding protein  33.46 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1915  periplasmic solute binding protein  30.09 
 
 		 365 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.163703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2168  periplasmic solute binding protein  36.15 
 
 		 333 aa  153  4e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0250158  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0631  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  32.56 
 
 		 290 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  31.51 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4951  periplasmic solute binding protein  32.5 
 
 		 317 aa  152  7e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  29.1 
 
 		 333 aa  151  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_572  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  32.56 
 
 		 290 aa  149  4e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  30.58 
 
 		 302 aa  149  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0282  periplasmic solute binding protein  29.24 
 
 		 346 aa  148  1.0000000000000001e-34  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000440667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11830  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  32.15 
 
 		 339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00348761  normal  0.825122 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0131  periplasmic solute binding protein  35.38 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0333  periplasmic solute binding protein  29.61 
 
 		 302 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000273282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2317  periplasmic solute binding protein  30.54 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0604  periplasmic solute binding protein  30.51 
 
 		 290 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0833  periplasmic solute binding protein  29.56 
 
 		 345 aa  145  7.0000000000000006e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2383  ABC transporter, substrate-binding protein  32.28 
 
 		 331 aa  145  8.000000000000001e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1533  periplasmic solute binding protein  29.05 
 
 		 308 aa  145  8.000000000000001e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.411014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  31.13 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  31.43 
 
 		 313 aa  145  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0195  periplasmic solute binding protein  29.79 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.591767  normal  0.474509 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0816  periplasmic solute binding protein  29.94 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.313747  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  33.33 
 
 		 346 aa  144  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2343  periplasmic solute binding protein  32.52 
 
 		 312 aa  144  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.04012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36810  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  31.42 
 
 		 288 aa  143  3e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00286711  normal  0.394696 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2430  ribulose-phosphate 3-epimerase  30.7 
 
 		 515 aa  143  4e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000562899  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2478  ribulose-phosphate 3-epimerase  30.7 
 
 		 515 aa  143  4e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00360703  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  30.2 
 
 		 301 aa  143  5e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  30.85 
 
 		 353 aa  142  6e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0205  periplasmic solute binding protein  30.64 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.767408  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>