163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4489 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4489  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
202 aa  415  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.495414  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2799  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  74.75 
 
 
202 aa  316  2e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.208629  normal  0.300768 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0636  cyclic nucleotide-binding protein  62.69 
 
 
205 aa  254  5e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1379  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.73 
 
 
187 aa  77.8  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5404  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.72 
 
 
184 aa  75.1  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.243298  normal  0.0626579 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3955  cyclic nucleotide-binding protein  26.32 
 
 
200 aa  72.4  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0028  cyclic nucleotide-binding protein  26.73 
 
 
190 aa  70.1  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1771  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.2 
 
 
188 aa  69.3  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.207903 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3997  cyclic nucleotide-binding protein  25.89 
 
 
216 aa  68.6  0.00000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1138  cyclic nucleotide-binding protein  25.7 
 
 
191 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0914153  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4064  cyclic nucleotide-binding protein  24.18 
 
 
189 aa  67  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1286  cyclic nucleotide binding regulatory protein  25.29 
 
 
190 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0475736  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2178  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.1 
 
 
189 aa  65.5  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2676  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.43 
 
 
192 aa  65.5  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.320981  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4799  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.82 
 
 
193 aa  65.1  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0776586  hitchhiker  0.00198512 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2716  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.52 
 
 
189 aa  63.5  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0503  cyclic nucleotide-binding protein  28.66 
 
 
197 aa  63.2  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4252  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.29 
 
 
189 aa  62.4  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00763  hypothetical protein  29.3 
 
 
190 aa  61.6  0.000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3814  cyclic nucleotide-binding protein  24.57 
 
 
195 aa  61.2  0.000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2316  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.4 
 
 
191 aa  60.1  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.144016  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1942  cyclic nucleotide binding regulatory protein  24.04 
 
 
191 aa  60.1  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0673232  normal  0.0303448 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0851  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 
199 aa  60.5  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4260  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.97 
 
 
192 aa  60.1  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.635964  normal  0.714837 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4303  cyclic nucleotide-binding protein  25.16 
 
 
201 aa  58.9  0.00000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.814789  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4313  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.72 
 
 
189 aa  58.5  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.352776  normal  0.0805957 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1692  cyclic nucleotide-binding protein  25.87 
 
 
196 aa  57.8  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3733  cyclic nucleotide-binding protein  23.73 
 
 
213 aa  57.4  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.263018  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0431  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.08 
 
 
198 aa  57.8  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.7621  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0484  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.73 
 
 
189 aa  57.8  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.46296  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1090  cyclic nucleotide binding regulatory protein  24 
 
 
191 aa  57  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.171648 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6650  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.29 
 
 
196 aa  57  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4579  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.15 
 
 
195 aa  57  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.249739  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2892  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.68 
 
 
192 aa  57  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6187  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.54 
 
 
191 aa  56.2  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.138548 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2895  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.62 
 
 
194 aa  56.6  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3217  cyclic nucleotide-binding protein  25.16 
 
 
189 aa  56.2  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.336611  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0678  cyclic nucleotide binding-regulatory protein  26.78 
 
 
193 aa  55.8  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2257  cyclic nucleotide binding regulatory protein  23.86 
 
 
190 aa  55.8  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0921421  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0302  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.97 
 
 
189 aa  55.5  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2699  cyclic nucleotide-binding protein  26.74 
 
 
192 aa  55.1  0.0000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.378618  normal  0.0569969 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3585  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.06 
 
 
191 aa  54.7  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0241751 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10488  hypothetical protein  23.4 
 
 
194 aa  54.3  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.497163  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0777  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.4 
 
 
198 aa  54.3  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.438607  normal  0.285853 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1116  cyclic nucleotide binding regulatory protein  24.52 
 
 
196 aa  53.9  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.221174  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1452  cyclic nucleotide binding regulatory protein  26.67 
 
 
192 aa  52.8  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.177546  normal  0.82146 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1592  cyclic nucleotide-binding protein  23.72 
 
 
192 aa  53.1  0.000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.619308  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4565  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.64 
 
 
197 aa  52.8  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.289048  normal  0.35844 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.34 
 
 
228 aa  52.8  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3758  cyclic nucleotide-binding  27.74 
 
 
199 aa  52  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1390  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.85 
 
 
208 aa  51.6  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0475  cyclic nucleotide-binding protein  20 
 
 
189 aa  51.6  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3193  cyclic nucleotide-binding protein  21.14 
 
 
192 aa  51.6  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5637  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.52 
 
 
189 aa  51.6  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236441  normal  0.598189 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4057  cyclic nucleotide-binding  22.29 
 
 
196 aa  51.2  0.000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.116691  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2856  cyclic nucleotide-binding protein  26.86 
 
 
202 aa  51.2  0.000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.5589 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7034  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.86 
 
 
195 aa  51.2  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000265791  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1586  hypothetical protein  24.57 
 
 
200 aa  50.4  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001710  cAMP-binding protein  25.81 
 
 
192 aa  50.1  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.689486  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3466  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.51 
 
 
196 aa  50.4  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.118195 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4453  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.7 
 
 
195 aa  50.1  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0381566  normal  0.0628964 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3393  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.88 
 
 
192 aa  50.1  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4604  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.56 
 
 
194 aa  50.8  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.31459  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4194  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.28 
 
 
194 aa  50.4  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.153014  normal  0.0498746 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4326  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.22 
 
 
192 aa  49.3  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476237  normal  0.0297051 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2485  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.99 
 
 
189 aa  49.7  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6710  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.16 
 
 
189 aa  49.7  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3164  cyclic nucleotide-binding protein  23.72 
 
 
199 aa  49.3  0.00004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2686  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.12 
 
 
195 aa  49.3  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3827  cyclic nucleotide-binding protein  22.41 
 
 
188 aa  49.3  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.547464  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0397  cyclic nucleotide binding regulatory protein  23.38 
 
 
185 aa  48.9  0.00005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.081454  normal  0.179633 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3131  cyclic nucleotide-binding protein  24.84 
 
 
168 aa  48.9  0.00005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.905779  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0436  transcription regulator  24.08 
 
 
214 aa  48.5  0.00006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0316636  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6003  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.58 
 
 
196 aa  48.5  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2567  cyclic nucleotide-binding protein  22.83 
 
 
189 aa  48.5  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1388  cyclic nucleotide-binding protein  23.98 
 
 
203 aa  48.1  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  22.5 
 
 
210 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.5 
 
 
210 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2485  cyclic nucleotide binding regulatory protein  19.77 
 
 
188 aa  47.4  0.0001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00499605  decreased coverage  0.00906372 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6135  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.32 
 
 
192 aa  47.8  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  22.5 
 
 
210 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  22.5 
 
 
210 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  22.5 
 
 
210 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  22.5 
 
 
210 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  22.5 
 
 
210 aa  47.8  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  22.5 
 
 
210 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  22.5 
 
 
210 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  22.5 
 
 
210 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  22.5 
 
 
210 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  22.5 
 
 
210 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  22.5 
 
 
210 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  22.5 
 
 
210 aa  48.1  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  22.5 
 
 
210 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  22.5 
 
 
210 aa  47.8  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0358  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
192 aa  47.8  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00654303  normal  0.458224 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2756  cyclic nucleotide-binding protein  26.45 
 
 
202 aa  47  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.57693  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2066  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.14 
 
 
224 aa  47  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0111986  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0798  transcription regulator  26.29 
 
 
213 aa  47  0.0002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892201  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4629  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.04 
 
 
194 aa  47  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.483165  normal  0.202471 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0410  putative DNA-binding protein  26.03 
 
 
190 aa  47.4  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.269856  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>